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• Puoi utilizzare le peak list per cercare su Mascot

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Presentazione sul tema: "• Puoi utilizzare le peak list per cercare su Mascot"— Transcript della presentazione:

1 • Puoi utilizzare le peak list per cercare su Mascot • Il software utilizzato per creare la peak list rimuove automaticamente picchi di contaminanti come cheratine e autolisi della tripsina (842, 1475, 1794 etc.). • Prima di essere eliminati dalla lista, pero’, I contaminanti vengono utilizzati per ricalibrare lo spettro MS. Questo garantisce la massima accuratezza. • Cerca la banca dati Swiss Prot, Taxonomy : human, Fixed mod: carbamidomethyl cysteine (cisteine alchilate con iodoacetammide). • Gioca con parametri come MC (da 0 a 3) e pep tol (accuratezza con la quale sono state determinate le masse: parti da 200 ppm e riduci progressivamente la finestra). Dopo aver analizzato 3-4 spettri potresti provare a stabilire un valore ottimale per questi due parametri in base agli score ottenuti ? • Una volta ottenuta l’identificazione, clicca sul codice della proteina per rilevare il sequence coverage e l’accuratezza con la quale sono state determinate le masse dei peptidi.

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