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• Puoi utilizzare le peak list per cercare su Mascot

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Presentazione sul tema: "• Puoi utilizzare le peak list per cercare su Mascot"— Transcript della presentazione:

1 • Puoi utilizzare le peak list per cercare su Mascot http://www.matrixscience.com/cgi/search_form.pl?FORMVER=2&SEARCH=PMF http://www.matrixscience.com/cgi/search_form.pl?FORMVER=2&SEARCH=PMF • Il software utilizzato per creare la peak list rimuove automaticamente picchi di contaminanti come cheratine e autolisi della tripsina (842, 1475, 1794 etc.). • Prima di essere eliminati dalla lista, pero’, I contaminanti vengono utilizzati per ricalibrare lo spettro MS. Questo garantisce la massima accuratezza. • Cerca la banca dati Swiss Prot, Taxonomy : human, Fixed mod: carbamidomethyl cysteine (cisteine alchilate con iodoacetammide). • Gioca con parametri come MC (da 0 a 3) e pep tol (accuratezza con la quale sono state determinate le masse: parti da 200 ppm e riduci progressivamente la finestra). Dopo aver analizzato 3-4 spettri potresti provare a stabilire un valore ottimale per questi due parametri in base agli score ottenuti ? • Una volta ottenuta l’identificazione, clicca sul codice della proteina per rilevare il sequence coverage e l’accuratezza con la quale sono state determinate le masse dei peptidi.

2 656.0602 910.4360 928.5198 962.4435 1002.5443 1213.5343 1222.6001 1314.7558 1451.7070 1460.6733 1521.7440 1614.7683 1729.9056 1780.8290

3 656.0860 672.0551 688.0317 709.3744 754.4404 849.4825 857.4808 891.4791 955.5541 979.5847 1004.6301 1148.8822 1168.6489 1194.6206 1209.5842 1232.6729 1237.6138 1259.6325 1318.6121 1397.6265 1525.7808 1583.6891 1630.7902 1650.7139 1672.7947 1710.7810 1807.7604 2055.8486 2077.0899 2810.2349

4 656.0566 672.0249 704.4098 748.3688 766.3796 800.3789 806.4546 1018.5026 1072.5277 1088.5899 1143.6083 1330.7072 1406.7000 1425.7179 1495.7639 1508.7683 1542.7355 1556.7525 1572.7695 1574.7273 1633.8017 1644.8093 1668.7718 1804.9457 1812.8293 1939.9590 1960.9018 2031.9930 2273.1015

5 650.0545 656.0638 666.0209 672.0407 688.0143 709.3565 798.3550 810.3606 814.3527 877.4926 893.0156 946.5097 978.5447 1084.5730 1127.7315 1140.5401 1172.5461 1188.5313 1204.5292 1236.5170 1341.6784 1347.7072 1359.6665 1369.6641 1418.6993 1469.7790 1515.7525 1579.8280 1617.7885 1619.7431 1639.7349 1652.7591 1664.7716 1680.7542 1696.7523 1741.8648 1832.9277 1869.9631 1886.9808 2470.1432 2575.2150 3312.3332


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