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Distributore per l’Italia Sistema LightScanner ® Rilevazione delle mutazioni e genotipizzazione ad alta resa.

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Presentazione sul tema: "Distributore per l’Italia Sistema LightScanner ® Rilevazione delle mutazioni e genotipizzazione ad alta resa."— Transcript della presentazione:

1 Distributore per l’Italia Sistema LightScanner ® Rilevazione delle mutazioni e genotipizzazione ad alta resa

2 Distributore per l’Italia Sistema LightScanner La caratteristica che contraddistingue il sistema LightScanner è la tecnica High Resolution Melting (Hi-Res Melting™). –Hi-Res Melting è una tecnica post PCR per la rilevazione e lo scanning delle mutazioni omogenee.  VELOCE – risultati in meno di 5 minuti.  SEMPLICE – nessun procedimento post PCR.  ECONOMICO – costi nettamente inferiori rispetto alla concorrenza

3 Distributore per l’Italia Scanning con Hi-Res Melting  Tubo-chiuso –dye dsDNA prima della PCR –Nessun processamento, aggiunte o separazioni –Nessuna esposizione esterna Rapido –5-10 min per 96/384 campioni Non distruttivo –Se necessario, è possibile eseguire procedimenti downstream (ex: sequenziamento) Manutenzione minima –Smaltimento dei rifiuti non dispendioso

4 Distributore per l’Italia Componenti essenziali della Hi-Res Melting  Dye specifico per DNA a doppio filamento LCGreen Plus™, specifico per la rilevazione degli eteroduplex che si formano durante la PCR, è prodotto esclusivamente da Idaho Technology. Strumentazione ad alta risoluzione Lo strumento LightScanner è progettato specificatamente per le applicazioni Hi-Res melting

5 Distributore per l’Italia LCGreen Plus rileva gli eteroduplex, a differenza dei dye usati tradizionalmente per la real-time PCR (ex: SYBR Green I) Dye LCGreen ® Plus

6 Distributore per l’Italia Dye non saturante Dye saturante LC Green – un dye “di saturazione”

7 Distributore per l’Italia Strumento LightScanner Disponibile per piastre da 96 o da 384 pozzetti Uniformità sulla piastra +/- 0.15°C 100 punti di rilevamento raccolti per °C a 0.10 °C/sec

8 Distributore per l’Italia Tecnica Hi-Res Melting 1.Amplificazione dei campioni con il dye LCGreen 2 ore inclusa la preparazione della PCR 2.Melting dei campioni 5-10 minuti 3.Analisi dei dati 5-10 minuti 4.Recupero dei campioni per il sequenziamento (se necessario) minuti

9 Distributore per l’Italia Heterozygote Amplification Two Homoduplexes Two Heteroduplexes Observed Combination of 4 Duplexes

10 Distributore per l’Italia Analisi di melting

11 Distributore per l’Italia Analisi di melting

12 Distributore per l’Italia SNP 1 homozygote SNP 2 SNP 1 SNP Analisi di melting

13 Distributore per l’Italia SNP 1 homozygote SNP SNP 1 SNP 2 Analisi di melting

14 Distributore per l’Italia Prodotto di 100 bp C/C Omozigote C/G Eterozigote C/T Eterozigote C/A Eterozigote Gli omozogoti vengono facilmente distinti dagli eterozigoti Eterozigoti diversi tra loro tracciano profili di melting unici

15 Distributore per l’Italia Rilevazione delle varianti omozogotiche

16 Distributore per l’Italia “ Blinded Samples” di tumore

17 Distributore per l’Italia Dosaggio del target

18 Distributore per l’Italia Highsmith et al., Electrophoresis (1999) Plasmidi costruiti con un contenuto in GC di 40%, 50%, e 60% e con A, C, G, o T in posizione uno Primers di PCR spaziati di 50 bp su ogni filamento Utilizzo di un “toolbox” DNA come sistema modello per l’individuazione delle mutazioni X       Reed and Wittwer Clin. Chem. 2004, 50(10):

19 Distributore per l’Italia Sensibilità e specificità in funzione della lunghezza del prodotto N=1248, ogni strumento Tre target differenti Tutti gli SNPs e i WTs possibili Clin Chem. 2004;50: Sensibilità e specificità

20 Distributore per l’Italia Benefici del sistema Hi-Res Melting Hi-Res Melting utilizzando strumenti per real-time PCR –Gli strumenti per real-time PCR in commercio non permettono il controllo preciso della temperatura, l’acquisizione della totalità dei dati e non sono dotati di un software di analisi che garantisca un corretto sviluppo del metodo. CaratterisicaLightScannerPiattaforme Real-time RisoluzioneAltaBassa Software di analisi specifico per la Hi-Res Melting SìNo Compatibilità con la fluorescenza SìNon tutti sono compatibili con il dye LCGreen Risultato in5 minuti>30 minuti

21 Distributore per l’Italia Curve melting normalizzate di un amplicone di 110-bp in presenza del dye LCGreen Plus. I dati mostrano i vantaggi del sistema Hi-Res Melting. I profili reali di Hi-Res Melting permettono la distinzione tra campioni wild type (AA) in verde, mutanti eterozigoti (AT) in blu e mutanti omozigoti (TT) in rosso. La capacità dell’analisi di melting dipende direttamente dalla risoluzione dello strumento utilizzato La precisione delle curve di melting permette l’identificazione di campioni genotipicamente diversi tra loro Benefici del sistema Hi-Res Melting

22 Distributore per l’Italia Presupposti: DHPLC a 2 temperature Sequenziamento in una direzione con utilizzo del sequenziatore a 48 capillari e del software per la rilevazione Tempo necessario per processare 96 campioni Data Taken from Dr C Taylor: Cancer Research UK Clinical Centre, St James's University Hospital, Leeds, UK Processamento del campione

23 Distributore per l’Italia Costi per DHPLC, FSSCP e sequenziamento basati sui costi reali per campioni processati nel biennio Costi per la Hi-Res Melting basati sul costo reale e stimato dei consumabili Data Taken from Dr C Taylor: Cancer Research UK Clinical Centre, St James's University Hospital, Leeds, UK Costi

24 Distributore per l’Italia È possibile eliminare il 99% dei sequenziamenti? Scanning dei frammenti di PCR per le varianti Sequenziamento del DNA ~1% Non identificato Genotipizzazione con sonda non marcata delle varianti note Variante genotipizzata ~ 9% Identificato ~ 90% Normale ~10% Anomalo Wild type

25 Distributore per l’Italia Conclusioni Nel sistema LightScanner sono già incluse tutte le componenti necessarie al successo nelle applicazioni Hi-Res Melting –Dye LCGreen Plus –Master Mix per LightScanner –Strumento LightScanner Software disponibile per la progettazione di test, la rilevazione delle mutazioni e la genotipizzazione –Protocolli on-line Risparmio di tempo e denaro Alta resa nella rilevazione delle mutazioni e nello scanning dei geni

26 Distributore per l’Italia Per maggiori informazioni sul sistema LightScanner Vi preghiamo di contattare: Labogen S.r.l. (distributore per l’Italia) Tel.: – Fax:


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