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By NA Famiglie di DNA ripetuto Lezione 7. By NA  DNA RIPETUTO IN TANDEM: i blocchi possono mappare su piu’ cromosomi a seconda delle dimensioni medie.

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1 By NA Famiglie di DNA ripetuto Lezione 7

2 By NA  DNA RIPETUTO IN TANDEM: i blocchi possono mappare su piu’ cromosomi a seconda delle dimensioni medie delle unita si suddivide in: DNA satellite DNA minisatellite DNA microsatellite  DNA RIPETUTO INTERSPERSO: Le singole unita’ sono sparse nel genoma. Contengono sequenze che possono essere retrotrasposte attraverso un intermedio di RNA. Famiglie di DNA ripetuto non genico

3 By NA Il DNA satellite Al pari del DNA codificante si distingue in: ripetuto in tandem intersperso RIPETUTO IN TANDEM MICROSATELLITE, 2-4 bp ripetuti in tandem. Espansioni di triplette sono responsabili di alcune patologie MINISATELLITE, monomero 6-64bp, altamente polimorfico. Utilizzato per esami di fingerprint del DNA. Es.DNA telomerico (TTAGGG) SATELLITE, tipico delle sequenze centromeriche (a-satellite, monomero di 171 bp)

4 By NA DNA ripetuto in tandem

5 By NA DNA ripetuto in tandem

6 By NA Origine DNA ripetuto

7 By NA HSA C-BANDE

8 By NA PTR Eterocromatina

9 By NA GGO C-BANDE

10 By NA Il centromero cinetocore

11 By NA central domain: CENP-B  -satellite DNA kinetochore microtubules outer plate: CENP-E CENP-F Dynein Mad’s Bub’s kinetochore inner plate: cen DNA CENP-C CENP-A CENP-G CENP-H CENP-I pairing domain: INCENP cohesin middle plate Struttura del centromero

12 By NA CENP-C CENP-A/CENP-C CENP-B Central domain Inner Plate Le proteine centromeriche

13 By NA SATELLITI CENTROMERICI UMANI

14 By NA DNA ALFOIDE HOR: higher order repeat

15 By NA pBR12 DNA alfoide organizzazione genomica Dimero Tetramero Decamero Enzimi di restrizione diversi su genomico totale umano

16 By NA pBR12 DNA alfoide:mappatura Genomico totale di ibridi somatici uomo-hamster digeriti con lo stesso enzima HSACHO

17 By NA pBR12 23 kb Variabilta’ dell’alfoide nella popolazione Genomici totali di individui diversi digeriti con lo stesso enzima

18 By NA pLAY5.5 Alfoide specifico per il crom.Y

19 By NA pDMX1 Alfoide specifico per il crom.X

20 By NA pMC15 Alfoide specifico per il crom.15

21 By NA p21ZA Alfoide per i crom.13,21 Questi cromosomi condividono l’alfoide anche ad alta stringenza

22 By NA Alfoide per i crom.14,22 Questi cromosomi condividono l’alfoide anche ad alta stringenza

23 By NA PRINS  PCR in situ: un ciclo di estensione con primers costruiti sulla sequenza consensus si vedono alfoidi anche in regioni non centromeriche sono le tracce di riarrangiamenti avvenuti durante l’evoluzione recente

24 By NA  Un po’ di dati sulle divergenze: HSA-PTR (Pan troglodytes) 5.5 mya HSA-GGO (Gorilla gorilla) 6.7 mya HSA-PPY (Pongo pygmeus) 8.2 mya * Alcune differenze citogenetiche: inversioni pericentriche e paracentriche fusione per dare l’attuale cromosoma 2 traslocazione reciproca in GGO tra 5 e 17 Localizzazione dell’eterocromatina PPY GGO HSA PTR L’uomo e le great apes

25 By NA Il cariotipo comparativo

26 By NA Il cromosoma 2 di HSA HSA=uomo PTR= scimpaze’ GGO=gorilla PPY=orango 2 HSA PTR GGO PPY

27 By NA probechr. pBR12 12 p pMC15 15 pZ16A 16 pZ Xba 18 pZ20 20 pZ21A pI pDMX1 X pLAY5.5Y pTRI-6Sat.I pTRI-2Sat.III probechr. pAL1 1 pBS4D 2 pAE p4n1/4 4 pZ pZ pG-A pEDZ6 6 pZ7.5 7 pZ8.4 8 pMR9A 9 pZ pRB11 11 LISTA DI ALFOIDI Ognuna di queste sonde e’ diversa per organizzazione genomica, HOR anche quelle che mappano sullo stesso cromosoma: questo vuol dire che ogni cromosoma ha piu’ di un subset, inoltre a bassa stringenza.....

28 By NA pDMX1 (fam 3) p2Xba (fam.2) FISH a bassa stringenza Una sonda specifica per un cromosoma riconosce anche altri centromeri.... Ma sempre gli stessi e ogni alfoide specifico per uno di loro, vede anche gli altri e solo quelli

29 By NA Famiglie sopracromosomiche 1: : : X 4: Y Alexandrov et al.1993 Questa classificazione e’ operativa, probabilmente evidenzia un meccanismo evolutivo che ha generato questi raggruppamenti

30 By NA Monochr. hybrid (#19) Sonde alfoidi specifiche per (1-5-19) (5-19) Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Fibre

31 By NA Cromosoma 18 Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Fibre

32 By NA Cromosoma 15 Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Fibre

33 By NA Cromosoma 4 Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Fibre

34 By NA Cromosoma 1 Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma Fibre

35 By NA Sonda alfoide p82H su cromosomi di babbuino

36 By NA Cromosomi di topo

37 By NA Cosa succede se si ibridano le sonde umane su cromosomi di Great Apes? pDMX1 HSA X X GGO X

38 By NA pBR12 Cosa succede se si ibridano le sonde umane su cromosomi di Great Apes HSA 12 GGO 12


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