DATABASE DI GENETICA E BIOLOGIA MOLECOLARE OMIMOnline Mendelian Inheritance in Man LOCUSLINKcurated sequence and descriptive information about genetic.

Presentazione sul tema: "DATABASE DI GENETICA E BIOLOGIA MOLECOLARE OMIMOnline Mendelian Inheritance in Man LOCUSLINKcurated sequence and descriptive information about genetic."— Transcript della presentazione:

1 DATABASE DI GENETICA E BIOLOGIA MOLECOLARE OMIMOnline Mendelian Inheritance in Man LOCUSLINKcurated sequence and descriptive information about genetic loci UniGeneexperimental system for automatically partitioning GenBank sequences into a non- redundant set of gene-oriented clusters GenCardsdatabase of human genes, their products and their involvement in diseases GDBGenome Database: stores information about genes and other genomic features HGMDHuman Gene Mutation Database: information about disease-causing mutations in genes

2 DATABASE DI GENETICA E BIOLOGIA MOLECOLARE OMIM http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/ LOCUSLINK http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/ UniGene http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=unigene GenCards http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards/ GDB http://gdbwww.gdb.org/ HGMD http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

3 OMIM Online Mendelian Inheritance in Man Catalogo di geni umani e malattie genetiche (Dr. Victor A. McKusick, Johns Hopkins + NCBI) Contiene informazione testuale, riferimenti bibliografici e links a MEDLINE, sequenze e ad altre risorse OMIM gene map Posizioni di mappa citogenetica di geni-malattia e altri geni descritti in OMIM OMIM morbid map Posizioni di mappa citogenetica di geni-malattia indicizzati in OMIM

4 OMIM OMIM Numbering and Symbols ID e’ un numero di 6 cifre. * 1----- (100000- ) Autosomal dominant (entries created before May 15, 1994) * 2----- (200000- ) Autosomal recessive (entries created before May 15, 1994) * 3----- (300000- ) X-linked loci or phenotypes * 4----- (400000- ) Y-linked loci or phenotypes * 5----- (500000- ) Mitochondrial loci or phenotypes * 6----- (600000- ) Autosomal loci or phenotypes (entries created after May 15, 1994)

5 OMIM Varianti alleliche: stesso ID piu’ un altro numero di 4 cifre. For example, allelic variants (mutations) at the factor IX (hemophilia B) locus are numbered 306900.0001 to 306900.0101. The beta-globin locus (HBB) is numbered 141900; sickle hemoglobin is numbered 141900.0243. Asterisco (*) significa che il fenotipo legato al gene e’ diverso da quelli rappresentati da altre entries con l’asterisco e che si conosce il tipo di ereditabilita’. Se manca l’asterisco non sono chiari la separazione da altri loci o il modo in cui si eredita il fenotipo. (#) il fenotipo puo’ essere causato da 2 o piu’ geni (eterogeneita’ genetica).

6 OMIM Esempio di ricerca: search for... 1.DYSTROPHY 2.CORNEAL DYSTROPHY OMIM Statistics All Entries : 14315 Established Gene Locus (*) : 10628* Phenotype Descriptions (#) : 1269# Other Entries ( ) : 2418 Autosomal Entries : 13417 X-Linked Entries : 795 Y-Linked Entries : 43 Mitochondrial Entries : 60

7 LOCUSLINK Interfaccia unificata per cercare informazioni su sequenze e loci genetici. Presenta informazioni sulla nomenclatura ufficiale, accession numbers, fenotipi, MIM numbers, UniGene clusters, omologia, posizioni di mappa e link a numerosi altri siti web. Sequence accessions include a subset of GenBank accessions for a locus, as well as a new type, the NCBI Reference Sequence (RefSeq). Refseq

8 LOCUSLINK Records for Homo sapiens Review statusNumber of reference sequences Number of loci Validated17 Inferred33 Provisional78907749 Predicted39913963 Reviewed81715470 Genomic992 Total2106418194 LocusLink records with sequence data for Homo sapiens 21933

9 LOCUSLINK LocusLink and the curated RefSeq records are created via a process that includes automated computational methods,collaboration, and manual data curation by NCBI Staff. LocusLink & RefSeq Development

10 LOCUSLINK Examples of LocusLink Queries: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/help.html Search for... Nebulin Rhodopsin

11 UniGene è il principale "gene indexing" database, mantenuto all'NCBI UniGene si propone di rappresentare l'insieme dei geni umani espressi attraverso il raggruppamento in un unico "cluster" di tutte le EST e le sequenze annotate di DNA genomico, mRNA, derivanti dai database GenBank e dbEST, simili tra loro e ipoteticamente afferenti alla medesima unità trascrizionale. Il sistema di "clusterizzazione" si basa sulla similarità di sequenza e non sull'allineamento e le sequenze di scarsa qualità non vengono prese in considerazione. Le sequenze vengono comparate ognuna con tutte le altre in occasione di ciascuna delle frequenti versioni di UniGene e quelle che mostrano una similarità statisticamente significativa vengono inserite in un unico gruppo. UniGene

12 Non viene costruita alcuna sequenza di consenso tra quelle di un "cluster", poiché a una singola unità trascrizionale possono corrispondere diversi contigui di sequenze espresse, a causa di fenomeni molto comuni quali o lo splicing alternativo o l'uso di diversi promotori per diverse isoforme. Il processo di "clusterizzazione" si svolge in diversi passaggi, con stringenza decrescente. Prima vengono filtrate le sequenze contaminanti, ripetute o a bassa complessità e quelle ribosomiali e mitocondriali, in modo che ogni restante sequenza, di lunghezza superiore a 100 bp sia candidata per far parte di un "UniGene cluster". Poi vengono comparate tra loro e raggruppate le sequenze di geni e messaggeri; a questi "cluster" vengono aggiunte le EST correlate per similarità di sequenza o per informazioni sul clone di derivazione. UniGene

13 I "cluster" che non contengono il segnale di poliadenilazione vengono scartati, mantenendo solo i "cluster" "ancorati", ovvero quelli per cui è nota la sequenza 3', requisito fondamentale per l'identificazione di un gene. Gli ultimi stadi del processo provvedono all'assegnazione delle EST "orfane" e dei "cluster" di dimensione 1 a uno dei "cluster" "ancorati", con minore stringenza. Infine a ogni "cluster" viene assegnato il numero di identificazione, cercando di assicurare la massima continuità possibile con le precedenti versioni del database. I parametri usati da UniGene per il processo di raggruppamento delle sequenze in "UniGene entry" sono caratterizzati da un grado di stringenza piuttosto basso percio’ ci si aspetta che esista in UniGene un singolo gruppo di trascritti a rappresentare ogni gene umano, ovvero che, di converso, le sequenze di trascritti diversi, ottenuti per splicing alternativo da un medesimo gene, siano raggruppate insieme in un'unica "entry". UniGene Search for... nebulin Search for... Nebulin Rhodopsin

14 GDB http://gdbwww.gdb.org/ GDB contiene i seguenti tipi di dati: Regions of the human genome, including genes, clones, amplimers (PCR markers), breakpoints, cytogenetic markers, fragile sites, ESTs, syndromic regions, contigs and repeats.Regions of the human genome Maps of the human genome, including cytogenetic maps, linkage maps, radiation hybrid maps, content contig maps, and integrated maps. These maps can be displayed graphically via the Web.Maps of the human genome Variations within the human genome including mutations and polymorphisms, plus allele frequency data.Variations within the human genome

15 GDB Search and Browsing Options http://gdbwww.gdb.org/gdb/advancedSearch.html Example Searches http://gdbwww.gdb.org/gdb/queryfaq.html Search for... Nebulin Rhodopsin

16 HGMD http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html Human Gene Mutation Database (HGMD) raccoglie le mutazioni conosciute (pubblicate) in geni umani, responsabili di malattie genetiche Creato per studiare il meccanismo delle mutationi nel genoma umano, per riconoscere le regioni e i loci ipermutabili Ora e’ importante anche come raccolta di dati. Utile per diagnosi molecolare di patologie e consulenza genetica. Non include mutazioni somatiche o mitocondriali, mutazioni silenti. Dal marzo 1999, HGMD include disease-associated polymorphisms. Basato sull’analisi di >250 riviste scientifiche. Search for... Nebulin Rhodopsin