Dr. Giuseppe Pigola – pigola@dmi.unict.it Bioinformatica Dr. Giuseppe Pigola – pigola@dmi.unict.it.

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1 Dr. Giuseppe Pigola – pigola@dmi.unict.it
Bioinformatica Dr. Giuseppe Pigola –

2 Piano Banche dati biologiche e sistemi di interrogazione;
Allineamento e ricerca di similarità in DB; Gene Prediction e Backtranslation; Predizione della struttura secondaria; Microarray e Data Mining; Predizione di Target di miRNA; Linguaggi PERL e PHP; Network Biologiche; Algoritmi per la classificazione; Bioinformatica

3 Banche Dati Sistemi di Interrogazione: Banche dati Biologiche:
GenBank - (NCBI – National Center for Biotechnology Information ); EMBL - (EMBL – European Molecular Biology Laboratory ); DDBJ - (DNA Database of Japan ); Sistemi di Interrogazione: Entrez (Sviluppato da NCBI); SRS (Sviluppato da EMBL); Altre Banche Dati (con relativi sistemi di interrogazione on line): Swissprot / Uniprot; PIR – Protein Information resource; Bioinformatica

4 Banche Dati Banche dati specializzate:
PDB: Banca dati di riferimento per i dati strutturali 3D di proteine; OMIM: Contiene informazioni sui geni umani e sulle patologie ad ereditarietà genetica nell'uomo; SNP – Single Nucleotide Polymorphism (integrato in NCBI): Banca dati di mutazioni; GEO Gene Expression Omnibus (integrato in NCBI): Database di dataset e espressioni geniche provenienti da esperimenti di microarray; Genome (Integrato in NCBI): Browser genomico; UCSC Genome Browser: Browser genomico; ENSEMBL: Browser Genomico; GO Gene Ontologies: Vocabolario unificato per la descrizione di tutte le funzioni dei geni e dei prodotti genici in generale; Bioinformatica

5 Banche Dati Banche dati specializzate:
BioSystems – Pathways (Integrato in NCBI); KEGG Pathway Database; Pathway Commons; mirBase: microRNA Database; TarBase: microRNA Database; Mirò: Dati riguardanti target di miRNA predetti o validati corredati anche da informazioni su processi, funzioni e malattie; EST: Espressed Sequence Tag. Bioinformatica

6 Allineamento e ricerca di similarità in DB
Matrici Dot-Plot: DotLet; Allineamento Pairwise: Matrici di score; EMBOSS; BLAST; FASTA; Allineamento Multiplo: CLUSTAW; T-COFFEE; ANTICLUSTAL; MUSCLE; PROBCONS; Bioinformatica

7 Gene prediction e backtranslation
Catene di Markov, Distribuzioni Stazionarie, Hasting Metropolis, Gibbs Sampling, applicazioni; Hidden Markov Models; GenScan; EasyBack; Bioinformatica

8 Predizione della struttura secondaria
MFOLD; Bioinformatica

9 Microarray Introduzione ai microarray; Tecniche di Data Mining;
Bioinformatica

10 Predizione di target per miRNA
miRanda; miRiam: Scansiona sequenze mRNA alla ricerca di binding site per miRNA. Utilizza proprietà termodinamiche ed empiriche; Bioinformatica

11 Linguaggi Linguaggio PERL (bioperl); Linguaggio PHP (in breve);
Entrez-Utilities; Bioinformatica

12 Network Biologiche Cytoscape: Visualizzazione e analisi di network biologiche; NetMatch: Ricerca di strutture in una network; Mirscape: Annotazione di network biologiche con miRNA, processi, funzioni; Bioinformatica

13 Classificazione Support Vector Machine (SVM); Bioinformatica

14 Modalità di Esame Prova Orale:
Un esercizio pratico al PC (Banche Dati, BLAST, allineamenti, Tool vari); Una domanda di carattere biologico; Una domanda di carattere informatico; Progetti (uno tra questi): Seminario su una pubblicazione bioinformatica; Realizzazione di un software per la Bioinformatica (argomento di ricerca o implementativo); Bioinformatica