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Bioinformatica Dr. Giuseppe Pigola –

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Presentazione sul tema: "Bioinformatica Dr. Giuseppe Pigola –"— Transcript della presentazione:

1 Bioinformatica Dr. Giuseppe Pigola –

2 Banche dati biologiche e sistemi di interrogazione; Allineamento e ricerca di similarità in DB; Gene Prediction e Backtranslation; Predizione della struttura secondaria; Microarray e Data Mining; Predizione di Target di miRNA; Linguaggi PERL e PHP; Network Biologiche; Algoritmi per la classificazione; Bioinformatica2 Piano

3 Banche dati Biologiche: GenBank - (NCBI – National Center for Biotechnology Information ); EMBL - (EMBL – European Molecular Biology Laboratory ); DDBJ - (DNA Database of Japan ); Sistemi di Interrogazione: Entrez (Sviluppato da NCBI); SRS (Sviluppato da EMBL); Altre Banche Dati (con relativi sistemi di interrogazione on line) : Swissprot / Uniprot; PIR – Protein Information resource; Bioinformatica3 Banche Dati

4 Banche dati specializzate: PDB: Banca dati di riferimento per i dati strutturali 3D di proteine; OMIM: Contiene informazioni sui geni umani e sulle patologie ad ereditarietà genetica nell'uomo; SNP – Single Nucleotide Polymorphism (integrato in NCBI): Banca dati di mutazioni; GEO Gene Expression Omnibus (integrato in NCBI): Database di dataset e espressioni geniche provenienti da esperimenti di microarray; Genome (Integrato in NCBI): Browser genomico; UCSC Genome Browser: Browser genomico; ENSEMBL: Browser Genomico; GO Gene Ontologies: Vocabolario unificato per la descrizione di tutte le funzioni dei geni e dei prodotti genici in generale; Bioinformatica4 Banche Dati

5 Banche dati specializzate: BioSystems – Pathways (Integrato in NCBI); KEGG Pathway Database; Pathway Commons; mirBase: microRNA Database; TarBase: microRNA Database; Mirò: Dati riguardanti target di miRNA predetti o validati corredati anche da informazioni su processi, funzioni e malattie; EST: Espressed Sequence Tag. Bioinformatica5 Banche Dati

6 Matrici Dot-Plot: DotLet; Allineamento Pairwise: Matrici di score; EMBOSS; BLAST; FASTA; Allineamento Multiplo: CLUSTAW; T-COFFEE; ANTICLUSTAL; MUSCLE; PROBCONS; Bioinformatica6 Allineamento e ricerca di similarità in DB

7 Catene di Markov, Distribuzioni Stazionarie, Hasting Metropolis, Gibbs Sampling, applicazioni; Hidden Markov Models; GenScan; EasyBack; Bioinformatica7 Gene prediction e backtranslation

8 MFOLD; Bioinformatica8 Predizione della struttura secondaria

9 Introduzione ai microarray; Tecniche di Data Mining; Bioinformatica9 Microarray

10 miRanda; miRiam: Scansiona sequenze mRNA alla ricerca di binding site per miRNA. Utilizza proprietà termodinamiche ed empiriche; Bioinformatica10 Predizione di target per miRNA

11 Linguaggio PERL (bioperl); Linguaggio PHP (in breve); Entrez-Utilities; Bioinformatica11 Linguaggi

12 Cytoscape: Visualizzazione e analisi di network biologiche; NetMatch: Ricerca di strutture in una network; Mirscape: Annotazione di network biologiche con miRNA, processi, funzioni; Bioinformatica12 Network Biologiche

13 Support Vector Machine (SVM); Bioinformatica13 Classificazione

14 Prova Orale: Un esercizio pratico al PC (Banche Dati, BLAST, allineamenti, Tool vari); Una domanda di carattere biologico; Una domanda di carattere informatico; Progetti (uno tra questi): Seminario su una pubblicazione bioinformatica; Realizzazione di un software per la Bioinformatica (argomento di ricerca o implementativo); Bioinformatica14 Modalità di Esame


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