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1 Collegarsi al sito : e nella query inserire myoglobin horsehttp://www.uniprot.org/ ESERCITAZIONE 1: calcolo della massa teorica.

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1 1 Collegarsi al sito : e nella query inserire myoglobin horsehttp://www.uniprot.org/ ESERCITAZIONE 1: calcolo della massa teorica e sperimentale di mioglobina equina a) Calcolo massa teorica di mioglobina equina

2 2. Copiare la sequenza escludendo il peptide segnale

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4 3. Aprire il programma Molecular Weight Calculator, nella barra tools aprire il sottoprogramma peptide sequence fragmentation modelling e inseire la sequenza nellapposito spazio. Annotare i valori della massa media e monoisotopica della forma monoprotonata

5 1. Aprire il programma Xcalibur e quindi il sottoprogramma Qual Browser 2. Aprire il file myoglobin e visualizzare lo spettro di massa b) Calcolo massa sperimentale di mioglobina equina mediante deconvoluzione

6 3. Cliccando con il tasto destro del mouse, selezionare clipboard e quindi export (exact mass)

7 4. Aprire il programma magtrans, con il tasto destro cliccare su paste data. In tal modo compare lo spettro di massa con le cariche assegnate

8 5. Andare su options, transform options e quindi impostare i parametri

9 6. Annotare la massa della proteina nello spettro deconvoluto

10 b) Calcolo massa sperimentale di mioglobina equina mediante analisi pattern isotopico 1. Magnificare lo spettro di massa fino a visualizzare il pattern isotopico di un segnale multicarica (es. il pattern a )

11 2. Selezioanre il delta m/z di tue linee tra adiacenti e calcolare lo stato di carica [z=1/ m/z)] (n.b. IMPORTANTE con il tasto destro selezionare display options quindi labels e digitare 5 cifre decimali 3. Calcolare la massa sulla base del rapporto m/z e dello stato di carica MW= [(m/z x z)-z]

12 c) Calcolo massa sperimentale di mioglobina equina mediante sistema a due variabili 1. A partire dallo spettro di massa, identificare due ioni multicarica tra loro adiacenti (es. m/z e ) = (Mr+z1)/z1(1.1) = [Mr+(z1-1)]/(z1-1)(1.2) p1= valore m/z del picco p1 p2= valore m/z del picco p2 z1= carica del picco p1 Mr= massa media della proteina Le equazioni 1.1 e 1.2 possono essere risolte mediante un sistema a due incognite (Mr e z1). 2. La risoluzione delequazione sovra riportata permette di calcolare il valore z1 e quindi la massa 3. Calcolare laccuratezza a partire dalla massa teorica e sperimentale

13 Risultati Riportare i valori di massa teorica e sperimentale (questultima determinata nei tre differenti modi) e quindi calcolare laccuratezza per ogni valore di massa sperimentale in ppm applicando la seguente formula: Accuratezza= [(massa teroica-massa sperimentale)/massa teroica]x


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