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Riunione CRESCO Infrastruttura HPC Cresco Analisi Preliminare.

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Presentazione sul tema: "Riunione CRESCO Infrastruttura HPC Cresco Analisi Preliminare."— Transcript della presentazione:

1 Riunione CRESCO Infrastruttura HPC Cresco Analisi Preliminare

2 Riunione CRESCO Caratteristiche codici CRESCO Codici seriali ( UNIX) Codici paralleli fortemente accoppiati Codici paralleli debolmente accoppiati Più codici paralleli fortemente accoppiati che interagiscono fra loro ( es. accoppiamento fluido struttura) Codici particolari con funzioni molto spinte su alcuni algoritmi ( es. analisi immagini, genomica) Data base grandi dimensione Codici seriali ( windows) …….

3 Riunione CRESCO Accesso ai file di input ed output –frequenza –flusso per accesso Dimensione della memoria RAM –visibile direttamente dal singolo nodo –totale su tutti i nodi Data base grandi dimensione File grandi dimensioni (maggiori 20GB) ….. Caratteristiche dei dati dei codici CRESCO

4 Riunione CRESCO Infrastruttura HPC Cresco sistema di supercalcolo HPC sistema di storage ad alte prestazioni sistema software –software di sistema –software di gestione –middleware ENEA-GRID –software di monitoring –ambienti per lo sviluppo applicativi ad alto parallelismo –software applicativo rete di interconnessione –alta banda e bassa latenza –alta banda –interconnessioni di servizio rete di interconnessione alla rete locale sistema di backup sistema di sicurezza sistema di alimentazione e di continuità adeguamento sistema condizionamento

5 Riunione CRESCO Sistema di supercalcolo HPC (1) struttura in funzione dei codici Codici seriali ( UNIX, Windows) Sezione 1 ( dimensionamento preliminare) Codici seriali che necessitano di memoria RAM maggiore di 4 GByte –Una sezione con almeno 512 core organizzata ad uno o più nodi ad immagine unica di ciascuno di tipo SMP con almeno 16 Core per nodo. –doppia interconnessi in fibra per il calcolo con una rete di almeno 1 Gbit/s; –una memoria ram di almeno 2 GBit/s per core; –due dischi almeno da 73GByte; –predisposizione connessione InfiniBand Sezione GRID Codici seriali che necessitano di memoria RAM minore di 2 GByte Su GRID si trovano alcune macchine che soddisfano le condizioni della Sezione 1 ( AIX, SGI, LinuxSGI)

6 Riunione CRESCO Sistema di supercalcolo HPC (2) struttura in funzione dei codici Codici paralleli fortemente accoppiati Sezione 2 ( dimensionamento preliminare) –Una sezione con almeno 2048 core organizzata con nodi ad immagine unica di ciascuno di tipo SMP con almeno 8 Core per nodo, con configurazione 2 socket quad-core –doppia connessione Gbit ( per ogni 8 core ) –doppia connessione Infiniband 4X ( per ogni 8 core ) ( reti proprietarie per immagini uniche SMP maggiori di 16 core) –1 GByte per core –Un disco da 73GB SAS (per 8 core) Sezione GRID Su GRID si trovano alcune macchine che soddisfano le condizioni della Sezione 2 ( AIX, LinuxSGI, LinuxCRAY) per parallelismo fino ad un massimo di 192 proc.

7 Riunione CRESCO Sistema di supercalcolo HPC (4) struttura in funzione dei codici Codici paralleli debolmente accoppiati Sezione 1 + Sezione 2 –Una sistema toale con almeno 2560 core –doppia connessione Gbit ( per ogni 8/16 core) –1 GByte per core –Un disco da 73GB SAS (per 8 core) Sezione GRID Per codici fortemente disaccoppiati si possono sperimentare anche casi con circa 3000 core.

8 Riunione CRESCO Sistema di supercalcolo HPC (3) struttura in funzione dei codici Più codici paralleli fortemente accoppiati che interagiscono fra loro ( es. accoppiamento fluido struttura) Soluzioni possibili: –Partizionando la Sezione 2 (2 codici fortemente accoppiati) –Sezione 1 ( codice poco scalabile) Sezione 2 (codice scalabile) –Sezione GRID codici su più site

9 Riunione CRESCO Sistema di supercalcolo HPC (4) struttura in funzione dei codici Codici particolari con funzioni molto spinte su alcuni algoritmi ( es. analisi immagini, genomica) Piccola sezione integrata CELLBE ( 8 CPU) Data base grandi dimensione Storage ad alte performance

10 Riunione CRESCO Sistema di supercalcolo HPC (4) struttura in funzione dei codici Codici particolari con funzioni molto spinte su alcuni algoritmi ( es. analisi immagini, genomica) Piccola sezione integrata CELLBE ( 8 CPU) Data base grandi dimensione Dischi ad alte performance Codici seriali ( windows) 4-5 nodi 4 core 64 bit 16 GByte RAM insieme a nodi di servizio ( Fuori gara)

11 Riunione CRESCO Sistema di supercalcolo HPC (5) Dischi ad alte prestazioni Caratteristiche Funzionali Il sistema dischi che ha come riferimento una capacità di circa 100 TByte nominali dovrà avere al minimo le seguenti caratteristiche: –Capacità nominale minima 120 TByte –Capacita con in configurazione RAID6 96 TByte ( ovvero con due dischi di parità) –Prestazioni di picco minime 3 GByte/s –Prestazioni sostenute minime, con File system GPFS, 2GByte/s –Interfaccie minime: (preliminare) n. 8 FC4 supporto nativo InfiniteBand (IB) IB e FC4 devono poter essere inteconnesse allo stesso controller –Caratteristiche di merito Velocità di scrittura e lettura uguali; Verifica della parità in scrittura e lettura ( questo è estremamente significativo per avere unaffidabilità nelle fasi di lettura) Livello di degrado delle prestazioni nella fase di ricostruzione del dato

12 Riunione CRESCO Configurazione fisica di massima Sala Calcolo Portici Ingresso Sezione 1 (4-5 Rack) Sezione 2 (4-5 Rack) Rete e servizi ( 3 Rack) Dischi (1 Rack) Backup (1 Rack) Condizionamento 4 x 50 K watt + 1 predisposizione Rete HPC Rete HPC Rete LAN


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