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Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI 2005 15/11/2005 Dr. Claudio Arlandini, PhD HPC System Administrator.

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1 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 Dr. Claudio Arlandini, PhD HPC System Administrator

2 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 CILEA Productive Unit for High Performance Computing Support (http://www.cilea.it/servizi/b/) Hardware Resources Exadron 32 & 64bit cluster: 256 CPUs Intel Xeon 3.06GHz + Myrinet 72 CPUs AMD Opteron 2.2GHz + Infiniband HP Cluster: SuperDome SD (64 CPUs) V2500 Enterprise Server (20 CPUs) 2 N4000 Enterprise Server (8 + 8 CPUs) Vector Computing Machine: NEC SX-5/4s (4 CPUs) ( )

3 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 CILEA High Performance Computing Resources (http://www.supercomputing.it/fcilea.htm)

4 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 Exadron 32bit cluster O.S.: Linux Red-Hat CPU Intel Xeon Peak performance: 1567 GFlops/s Linpack performance: 1084 GFlops/s Clock:3.06 GHz RAM: 2 GB/cpu Disks:2 TB local TB shared Conn: Myrinet 2000 [message passing] Gigabit ethernet [file sharing]

5 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 Exadron 64bit cluster O.S.: Linux Fedora Core release 3 72 CPU AMD Opteron Peak performance: 317 GFlops/s Clock:2.2 GHz RAM: 1 GB/cpu Disks:5.2 TB shared Conn: Infiniband 4X [message passing] Myrinet 2000 [message passing] Gigabit ethernet [file sharing]

6 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 HP SuperDome SD Model: SuperDome SD O.S.: HP-UX bit 64 CPU PA-RISC PA-8700 Peak performance: 192 Gflops Clock:750 MHz RAM: 64 GB Disks:1600 GB

7 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 NEC SX-5/4s Model: Nec SX-5/4s vector 4 CPU Peak performance: 16 Gflops Clock: 250 MHz RAM: 16 GB Disks: 340 Gb O.S.: Super-UX bit

8 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 HP cluster 64 GF Superdome 192 GF Xeon cluster 1567 GF Una storia di successo

9 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 Il CILEA è partner organizzatore del progetto LITBIO, laboratorio finanziato dal MIUR attraverso un bando FIRB 2003 per il periodo I principali obiettivi del laboratorio: Rendere disponibile alla comunità bioinformatica italiana un supercalcolatore dedicato di altissimo livello Rendere disponibile alla comunità bioinformatica italiana un supercalcolatore dedicato di altissimo livello Costruire una solida piattaforma informatica per ogni tipo di analisi genomiche e proteomiche Costruire una solida piattaforma informatica per ogni tipo di analisi genomiche e proteomiche Sviluppare attraverso la tecnologia Grid un network europeo della bioinformatica Sviluppare attraverso la tecnologia Grid un network europeo della bioinformatica Fungere da incubatore per nuove iniziative e da creatore di sinergie tra ricerca accademica e privata Fungere da incubatore per nuove iniziative e da creatore di sinergie tra ricerca accademica e privata

10 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 Michelangelo: un nuovo supercalcolatore per la Bioinformatica italiana Il progetto: 364 cores AMD Opteron 364 cores AMD Opteron 1,6 TFlops/s peak performance 1,6 TFlops/s peak performance Infiniband 4X Infiniband 4X Schede acceleratrici per algoritmi specifici Schede acceleratrici per algoritmi specifici

11 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 Analisi Strutturale Termofluidodinamica Chimica & Bioinformatica Abbiamo la più vasta disponibilità di codici commerciali e open-source per ogni settore di interesse computazionale, in particolare:

12 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 ABAQUS NASTRAN PATRAN DYTRAN LS-DYNA ANSYS RADIOSS

13 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 CFX FIDAP FLUENT STAR-CD TASCFLOW KIVA

14 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 GAUSSIAN GAMESS CPMD AMBER GROMACS NAMD CHARMM BLAST

15 Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI /11/2005 Teniamo regolarmente corsi di: –Introduzione alle tecniche di calcolo parallelo e distribuito –Elementi di XML per trattare e presentare i dati –Introduzione alla programmazione orientata agli oggetti in C++ ( ) Produciamo ed ottimizziamo codici su commissione Forniamo assistenza allutilizzo di codici commerciali e strumenti di sviluppo alla bisogna creando sinergie tra competenze accademiche e richieste industriali

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