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Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Luciana BALDONI Istituto di Genetica Vegetale, Perugia PROGETTO INTERREGIONALE OLVIVA: ANALISI DELLE.

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Presentazione sul tema: "Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Luciana BALDONI Istituto di Genetica Vegetale, Perugia PROGETTO INTERREGIONALE OLVIVA: ANALISI DELLE."— Transcript della presentazione:

1 Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Luciana BALDONI Istituto di Genetica Vegetale, Perugia PROGETTO INTERREGIONALE OLVIVA: ANALISI DELLE ATTIVITA IN CORSO E RISULTATI RAGGIUNTI AZIONE 1: 'Caratterizzazione molecolare e morfologica' Fase di monitoraggio 24 maggio Settembre 2008

2 Analisi morfologica Discriminazione delle varietà attraverso luso di un set definito e comune di descrittori morfologici stabili per tutte le cultivar SCHEDA DI RILEVAZIONE DEI DATI MORFOLOGICI Obiettivi di OLVIVA Analisi molecolare Identificazione delle varietà Soluzione dei casi di sinonimia Discriminazione di cloni e varieta-popolazioni Azione 1. Analisi morfologica e molecolare Definizione e applicazione di un metodo di fingerprinting applicabile a livello nazionale per la certificazione genetica del materiale di propagazione attraverso tecnologie biomolecolari Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008

3 Costituzione di una rete di laboratori Individuazione delle 200 varietà di interesse vivaistico per le regioni coinvolte nel Progetto Raccolta dei campioni da fonte qualificata (collezioni regionali e/o di istituzioni pubbliche di ricerca) Analisi molecolare e morfologica Validazione dei dati Sviluppo di una piattaforma diagnostica per il riconoscimento rapido dellidentità delle varietà di olivo più importanti Realizzazione e gestione di un data-base comune Attività programmate Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008

4 Cultivar da analizzare per ciascuna regione Regione Numero di varietà Liguria 8 Toscana 20 Umbria 10 Marche 8 Lazio 20 Campania 20 Molise 8 Basilicata 10 Puglia 40 Calabria 22 Sicilia 24 Sardegna 10 TOTALE200 Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008

5 Varietà di ciascuna regione SVILUPPO DEGLI STRUMENTI DI CERTIFICAZIONE GENETICA Laboratori di analisi molecolare Raccolta di campioni di foglie da 2 alberi/varietà Analisi con un set comune di 18 SSR Verifica della ripetibilità dei risultati tra laboratori mediante RING TEST Validazione dei dati complessivi Laboratori di analisi morfologica Raccolta di campioni di foglie dagli stessi alberi Analisi dei parametri morfologici secondo la scheda di rilevazione Raccolta di immagini digitalizzate da campioni rappresentativi di frutti e foglie Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008

6 Set di marcatori SSR selezionati 1 DCA-18 2 UDO-43 3 DCA-16 4 DCA-09 5 GAPU DCA-04 7 DCA-17 8 DCA-03 9 DCA GAPU DCA EMO DCA DCA DCA GAPU EMO-L 18 GAPU-71B I marcatori SSR sono stati sottoposti ad una selezione preliminare basata sui seguenti criteri: Potere di discriminazione (qualità dei segnali, assenza di bande multiple o alleli nulli, basso stuttering) Segregazione indipendente Informazioni di sequenza Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008

7 Cultivar Liguria – P2 – SSSA-Pisa 1.CASTELNOVINA 2.LAVAGNINA 3.LICCIONE 4.MERLINA 5.MORTINA 6.PIGNOLA 7.RAZZOLA 8.TAGGIASCA 16 campioni (2 x 8 cv) analizzati con 18 loci SSR Rilievi dei caratteri bio-morfologici di 8 cultivar liguri per la compilazione delle schede elaiografiche Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Campo collezione: Campo Catalogo Regione Liguria – La Spezia Forniti 5 campioni x Ring Test reciproco al CNR-IGV Perugia.

8 Cultivar Toscana P6 – Università Siena 1.AMERICANO 2.COLOMBINO 3.CORREGGIOLO 4.CUORICINO 5.GIOGOLINO 6.GRAPPOLO 7.GREMIGNOLO DI B. 8.GROSSOLANA 9.LECCIO DEL CORNO 10.MADREMIGNOLA 11.MIGNOLO 12.OLIVASTRA 13.ORNELLAIA 14.PENDAGLIOLO 15.PIANGENTE 16.QUERCETANA 17.ROSSELLINO 18.SAN DONATO 19.SAN FRANCESCO 20.SCARLINESE Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi allalbero e ai suoi organi. Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Campo collezione ARSIA - Follonica 2 piante/cultivar (40 campioni) sono state sottoposte a caratterizzazione genetico- molecolare con 18 loci SSR.

9 Cultivar Lazio – P10 – Università Tuscia, Viterbo 1.BROCANICA 2.CANINO 3.CELLAVECCHIA 4.CORVA 5.CROGNOLO 6.MARINA 7.MAURINO 8.MONTANESE 9.OLIVAGO 10.OLIVASTRA 11. OLIVASTRO 12. OLIVASTRONE 13. OLIVONE DI VITERBO 14. PENDOLINO 15. RAJA SABINA 16. REALE 17. ROSCIOLA 18. ROTONDA DI TIVOLI 19. SALVIANA 20. VALLANELLA 3 piante/cultivar (60 campioni + 5) sono state sottoposte a caratterizzazione genetico-molecolare con 10/18 loci SSR con 3 approcci: capillare, HRM e Beckman System. Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi allalbero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo. Collezione Montopoli- ARSIAL Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008

10 Cultivar Umbria – P3-CNR-IGV Perugia P4- Università Perugia 1. MORAIOLO 2.DOLCE AGOGIA 3. FRANTOIO 4. LECCINO 5. RAIA 6. RAIO 7. BORGIONA 8. SAN FELICE 9. NEBBIA (o BIANCHELLA) 10. NOSTRALE DI RIGALI 11. ROSCIOLA DI PANICALE 12. TENDELLONE 1. PG01 ANT/15 2. PG02 BORGIONA clone 2 3. PG03 CMS/16A 4. PG04 FRANTOIO 4 5. PG05 FRANTOIO PG07 LECCINO PG11 POCCIOLO clone 2 8. PG12 RAIA clone 1 9. PG14 TENDELLONE 1 2 piante/cultivar 1 pianta/cultivar Collezione CRA-OLI Spoleto Collezione CRA-PAV, Roma 2 piante/cultivar ( campioni) sono state sottoposte a caratterizzazione genetico-molecolare con 18 loci SSR. Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio- metrici relativi allalbero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo. Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008

11 Cultivar Marche – P3 - CNR-IGV Perugia P5 - Università Ancona 1. RAGGIA 2. ASCOLANA TENERA 3. PIANTONE DI MOIANO 4. MIGNOLA 5. CARBO' 6. MIGNOLONE 7. SARGANELLA 8. CORONCINA 9. RAGGIOLA 10 PIANTONE DI FALERONE 2 piante/cultivar (20 campioni) sono state sottoposte a caratterizzazione genetico- molecolare con 18 loci SSR. Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi allalbero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo. Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Collezione ASSAM

12 1.ASCOLANA TENERA 2.BELLA DI CERIGNOLA 3.CAROLEA/OLIVONA 4.CELLINA NARDÒ 5.CERASELLA 6.CIMA DI BITONTO 7.CIMA DI MELFI 8.CIMA DI MOLA 9.CORATINA 10.DOLCE DI CASSANO 11.DONNA FRANCESCA 12.DONNA GIULIETTA 13.FRANGIVENTO 14.FRANTOIANA 15.FRANTOIO 16.LECCINO 17.MAIATICA 18.MORAIOLO 19.NOCELLARA 20.NOCIARA 21.NOLCA/NOCE 22. OGLIAROLA 23. OGLIAROLA BARESE 24. OGLIAROLA GARGANICA 25. OGLIAROLA LECCESE 26. OLIVA ROSSA 27. PASOLA 28. PASOLA DI ANDRIA 29. PENDOLINO 30. PICHOLINE 31. PROVENZALE 32. RACIOPPA 33. RACIOPPA LUCANA 34. ROTONDELLA 35. ROTONDELLA/CERASELLA 36. SANT AGOSTINO 37. SILLETTA 38. SIMONE O SIMONA 39. TERMITE DI BITETTO 40. TOSCANINA Cultivar Puglia – P17 Università Bari P18 Università Bari Campi collezione: - Az. Didattico Sperimentale Valenzano – Università Bari - Campo di Pre-Moltiplicazione – Palagiano - Vivai Giannoccaro - Campi privati Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre piante/cultivar 24/40 cultivar sono state sottoposte a caratterizzazione genetico-molecolare con 13/18 loci SSR. Sulle stesse piante sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi allalbero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo.

13 26 varietà 2 piante/cultivar analizzate con i 18 loci SSR Cultivar Calabria – P23 CRA-OLI Rende P22 Università di Reggio Calabria Non sono state riscontrate differenze tra le due piante analizzate per ogni varietà, eccetto che per Imperiale, Nera di Cantinella e Tonda di Filogaso, nelle quali le due piante si differenziano tra loro per uno o due alleli. La caratterizzazione morfologica è stata corredata da unopportuna documentazione fotografica relativa ai principali caratteri morfologici di pianta, foglia, mignola, drupa ed endocarpo. Forniti 5 campioni x Ring Test reciproco al CNR-IGV Perugia. AGRISTIGNA BORGESE CAROLEA CASSANESE CICIARELLO CORNIOLA DOLCE DI CERCHIARA GERACESE IMPERIALE SANTOMAURO SINOPOLESE TOMBARELLO TONDA DI FILADELFIA TONDA DI FILOGASO TONDA DI STRONGOLI TONDA DOLCE TONDINA ZINZIFARICA MAFRA NERA DI CANTINELLE NOSTRANA OLIVELLA DI CERCHIARA OTTOBRATICA PENNULARA ROMANELLA ROSSANESE Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Campo collezione di Mirto-Crosia (CS)

14 Cultivar Campania – P12 – Università Portici Rilievi dei caratteri bio-morfologici di 20 cultivar campane di olivo per la compilazione delle schede elaiografiche 11. SALELLA 12. BIANCOLILLA 13. CORNIA 14. PAMPAGLIOSA 15. RITONNELLA 16. TENACELLA 17. RUVEIA 18. ASPRINIA 19. FEMMINELLA 20. OLIVA BIANCA 1.ROTONDELLA 2.PISCIOTTANA 3.ORTICE 4.RAVECE 5.TONDA 6.CARPELLESE 7.OGLIAROLA CAMPANA 8.ORTOLANA 9.CAIAZZANA 10.RACIOPPELLA 14/20 varietà sono state sottoposte allanalisi molecolare con 6/18 loci SSR Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Campo collezione

15 Cultivar Molise – P13 – Università degli Studi del Molise 1.GENTILE DI LARINO 2.OLIVA NERA DI COLLOTORTO 3.AURINA 4.ROSCIOLA DI ROTELLO 5.CERASA DI MONTENERO 6.SPERONE DI GALLO 7.PAESANA BIANCA 8.SALEGNA DI LARINO Per ciascuna cultivar sono state scelte e contrassegnate le piante apparentemente migliori e si è proceduto al prelievo del materiale vegetale da sottoporre a caratterizzazione molecolare con 18 loci SSR Dalle stesse piante madri delle principali cultivar di olivo molisane utilizzate per la caratterizzazione molecolare è stato prelevato materiale vegetale (foglie, frutti, fiori, ecc.) e sottoposto a caratterizzazione morfologica. Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Campo collezione ARSIAM

16 Cultivar Basilicata – P14 Univerisità Basilicata P15 Univerisità Basilicata Rilievi dei caratteri bio-morfologici di 10 cultivar lucane per la compilazione delle schede elaiografiche 20 campioni (2 x 10 cv) analizzati con 18 loci SSR 1.AUGELLINA 2.CIMA DI MELFI 3.CORNACCHIOLA 4.FARESANA 5.GHIANNARA 6.MAIATICA 7.OGLIAROLA DEL BRADANO 8.OGLIAROLA DEL VULTURE 9.SAMMARTINENGA 10.SPINOSO Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Campo collezione

17 Cultivar Sicilia – P24 – Università Palermo P25-CNR-IGV Palermo 24 cultivar analizzate con 15/18 loci SSR 2 piante adulte/cultivar sono state sottoposte a caratterizzazione genetico- molecolare. Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi allalbero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo. 1.AITANA 2.BIANCOLILLA 3.BOTTONE DI GALLO 4.BRANDOFINO 5.CALATINA 6.CAVALIERI 7.CERASUOLA 8.CRASTU 9.ERBANO 10.GIARRAFFA 11.LUMIARO 12.MINUTA 13. MORESCA 14. NASITANA 15. NERBA 16. NOCELLARA DEL BELICE 17. NOCELLARA ETNEA 18. NOCELLARA MESSINESE 19. OGLIAROLA MESINESE 20. OLIVO DI MANDANICI 21. PIRICUDDARA 22. SANTAGATESE 23. TONDA IBLEA 24. VERDELLO Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Campo collezione: ESA – Campo Carboi

18 Cultivar Sardegna – P3 CNR IGV Perugia P4 - Università Perugia 1. BOSANA 2. MANNA 3. NERA DI GONNOS 4. NERA DI VILLACIDRO 5. OGLIASTRINA 6. OLIEDDU 7. NERA DI OLIENA 8. PIBIREDDU 9. SEMIDANA 10. TONDA DI CAGLIARI 10 cultivar analizzate con 18 loci SSR 2 piante/cultivar sono state sottoposte a caratterizzazione genetico- molecolare. Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi allalbero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo. Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Campo collezione: AGRIS

19 DNA delle varietà di ciascuna regione; DNA dei 5 campioni anonimi previsti nel Ring Test e che il P3-CNR-IGV di Perugia ha inviato a tutti gli altri laboratori; DNA di 3 varietà (Frantoio, Leccino e Nociara) da utilizzare come riferimento comune. Analisi molecolare Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Ciascun laboratorio ha analizzato i seguenti campioni:

20 Sono stati realizzati i seguenti esperimenti: Amplificazione PCR Separazione degli amplificati tramite elettroforesi su gel di agarosio o su capillare Trasformazione dei dati grezzi forniti dagli strumenti nelle lunghezze reali degli alleli microsatellitari (binning) Esperimenti di RING TEST Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008

21 I dati ottenuti dai 9 laboratori sui 5 campioni ignoti distribuiti dal P3-CNR-IGV Perugia sono confluiti presso lo stesso laboratorio, che sta provvedendo a: Verificare che i risultati ottenuti dai diversi laboratori sui campioni del Ring Test corrispondano tra loro e, in caso negativo, verificarne le ragioni e procedere alle azioni di correzione; Verificare che le lunghezze degli alleli ottenute dai diversi laboratori per le varietà di riferimento siano tutte identiche tra loro; Verificare che tutti i laboratori abbiano ottenuto il previsto range di alleli. Una volta svolto questo lavoro si potrà finalmente procedere ad elaborare congiuntamente i dati delle varietà di tutte le regioni coinvolte nel Progetto, per unanalisi complessiva dei casi di identità e di similarità. Queste attività sono in corso di realizzazione durante questa ultima fase del progetto e saranno oggetto del prossimo rendiconto. Ring Test Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008

22 Lab. 1 Lab. 2 Lab. 3 Lab. 4 Lab. 5 Lab Allele miscalling Lab. 1 Vede entrambi gli alleli Lab. 2 Vede solo allele corto Lab. 3 Vede solo allele lungo Allele drop out Lab. 1 Lab. 2 Lab. 3 Lab. 4 Lab. 5 Lab Wrong allele Allele misinterpretation Errori comuni nellidentificazione degli alleli Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008 Lo stesso allele viene arrotondato a valori che differiscono tra loro di 1 o 2 basi

23 Catalogo delle immagini Raccolta di campioni rappresentativi (almeno 50) di fiori, frutti e foglie Conferimento ad un unico laboratorio Acquisizione delle immagini digitalizzate in condizioni uniformi di luce, distanza focale, sfondo, ecc. Analisi computerizzata dei parametri morfometrici Pubblicazione cartacea e online delle immagini Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008

24 Aprile Avvio in serra delle prove di valutazione della resistenza alla tracheoverticilliosi delle varietà di olivo fornite come talee autoradicate da alcune Regioni partecipanti al Progetto. Basilicata Augellina, Cima di Melfi, Faresana, Fasolina, Fasolona, Ghiannara, Maiatica di Ferrandina, Ogliarola del Bradano, Ogliarola del Vulture e Rotondella. Liguria Merlina e Razzola. Molise Aurina, Cerasa di Montrenero, Gentile di Larino, Oliva Nera di Colletorto, Paesana Bianca, Rosciola di Rotello e Sperone di Gallo. Sicilia Abunara, Biancolilla, Bottone di Gallo, Calatina, Cavalieri, Cerasuola, Erbano, Giarraffa, Minuta, Nasitana, Nerba, Nocellara del Belice, Olivo di Mandanici, Piricuddara e Vaddarica. P16 - Dipartimento di Biologia e Patologia Vegetale – Università Bari Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008

25 Gravità dei sintomi interni (Curva di progressione della malattia nel tempo e Imbrunimento vascolare) della verticilliosi su piante di olivo di due anni di età provenienti dalla Basilicata, Liguria, Molise e Sicilia Progetto Interregionale OLVIVA Bari, 6-7 Novembre 2008


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