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ESERCITAZIONE ALLINEAMENTI. CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR Calcolare l'identità e la percentuale di identità

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Presentazione sul tema: "ESERCITAZIONE ALLINEAMENTI. CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR Calcolare l'identità e la percentuale di identità"— Transcript della presentazione:

1 ESERCITAZIONE ALLINEAMENTI

2 CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR Calcolare l'identità e la percentuale di identità

3 CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA | | || || | | || ACISTIE---NEDGNEDH---VR Percentuale di identità = 10*2 / (23+17) = 0.50

4 CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIL---NEDGNEDH---VC Inserimento gap = -6 Estensione gap = -2 Calcolare il punteggio di similarità usando una vera matrice di sostituzione

5 ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY A A C C D D E E F F G G H H I I K K L L M M N N P P Q Q R R S S T T V V W W Y Y ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY

6 CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIL---NEDGNEDH---VC Punteggio di similarità = = = = -28

7 CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR Rappresentare il seguente allineamento su di una matrice

8 CLSSIEQKSNEEGEHGPEVREDA A C I S T I E N E D G N E D H V R

9 Dedurre l'allineamento rappresentato nella seguente matrice

10 EIANSPEEAISLATFDEAMADLH I L N S C N L A K Q A F D E A E L

11 EIANSPEEAISLA--TFDEAMADLH ILNS----CNLAKQAFDEA--EL Soluzione:

12 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N Fare l'allineamento locale delle 2 sequenze utilizzando la matrice di sostituzione e gaps = -5

13 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N Esercizio Usare Gap penalty -5

14 ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY A A C C D D E E F F G G H H I I K K L L M M N N P P Q Q R R S S T T V V W W Y Y ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY

15 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N

16 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N

17 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N

18 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N

19 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N

20 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N

21 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N

22 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N

23 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N

24 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N

25 NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N WHNNLC-RH WY--MCGKQ


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