Bioinformatics Da wikipedia: Involve the use of techniques including:

Presentazione sul tema: "Bioinformatics Da wikipedia: Involve the use of techniques including:"— Transcript della presentazione:

1 Bioinformatics Da wikipedia: Involve the use of techniques including:
applied mathematics, informatics, statistics, computer science, artificial intelligence, chemistry and biochemistry to solve biological problems usually on the molecular level

2 I Computers nella scienza
Comunicazione Informazione Calcolo

3 Banche dati Sequenze: (proteine, geni, reg. regolative, rna
- 100 miliardi di basi 100 milioni di sequenze 100 mila organismi Testi: letteratura scientifica 15 milioni di articoli 5 mila riviste Altre: strutture, enzimi, malattie, promotori etc..

4 Analisi di sequenze Sequenze: (proteine, geni, reg. regolative, rna)
1 sequenza nel 1977 nel in banca dati strumenti e metodi per l'analisi delle sequenze sono alla base di quasi tutta la bioinformatica

5 Annotazione funzionale
Ricerche in banche dati Motivi funzionali

6 Analisi filogenetiche
Ricostruire la storia evolutiva di geni e organismi

7 Bioinformatica strutturale
Classificazione e funzione Visualizzazione

8 Predire la struttura Trovare la struttura 3D di una proteina a partire dalla sua sequenza

9 Simulazioni Drug design Protein design Docking

10 Genomica Genomi al 4-2006 Finiti Incompleti In corso Totale Procarioti
acaccacacc cacaccacac ccacacccac acaccacacc cacacacaca cacacaccac acccacacac acccacacac cacaccacac ccacacacca cccacacaca cacaacacta ccctaatcta accctgtcca acctgtctcc aaacttaccc tccattacct tacctccccactcgttaccc tgccccattt aaccatacca cagcgaacca cgatccacat ctctacttcc taccaccaac ccaccgtcca ccataaccgt taccctccaa ctacccatat cctactccac tgccacttac cctgccattc ctctaccatc catcatctgg tactcactat actgttgttc tacccaccat attgaaacgc taacaaatga tcgtaaataa tacacatata cttaccctaccactccaatc ccaccaccac atgccatact caccttcact tgtatattga tatgccatac gcccacggat gctatagtat ataccatctc aaacttaccc tactttcaca ttccactcca tggcccatct ctcactaaat cagtaaatat gcacccacat cattatgcac ggcgcttgcc tcagcggtct ataccctttg ccatttaccc ataaattcca tgattatcta cattttaata tctatatctc atttggcggc ccaaaatatt gtataactgc ccttaataca tacgttatac tattttacac cgtatactaa ccactcaatt tatatacact tatgtcaatg t Genomi al Finiti Incompleti In corso Totale Procarioti 330 238 342 910 Funghi 9 33 20 62 Altri eucarioti 11 41 110 162 350 312 472 1134

11 Assemblaggio Ricostruire un genoma da milioni di sequenze di DNA

12 Annotazione genomica Cercare geni e promotori all’interno di un genoma

13 Browser genomici 200 Mb 1 Mb 10 Kb 200 bp

14 Genomica Comparata

15 altri "...omi" Proteoma Trascrittoma Interattoma Metaboloma
Nuove tecnologie + dati - qualità

16 Analisi dei microarrays
Classificare i geni a seconda di quando e dove sono trascritti in RNA

17 Systems biology Studio dei processi biologici (spesso a livello cellulare e molecolare) considerati come sistemi composti da molte parti interagenti Raccolta dati Modello matematico Simulazione e previsione Verifica

18 Reti di interazioni

19 Reti metaboliche

20

21 Simulazioni

22 Cellule virtuali in vitro in vivo in silicio

23 Analisi di testi Cercare di estrarre in modo automatico informazione scientifica dalla letteratura

24 Analisi di testi

25 Ontologie Classificare e ordinare la conoscenza biologica