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Gramicidina S 2 Phe, 2 Orn, 2 Pro, 2 Leu, 2 Val VOLFP.

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Presentazione sul tema: "Gramicidina S 2 Phe, 2 Orn, 2 Pro, 2 Leu, 2 Val VOLFP."— Transcript della presentazione:

1 Gramicidina S 2 Phe, 2 Orn, 2 Pro, 2 Leu, 2 Val VOLFP

2 NOESY TOCSY

3 1) fingerprint NH Ha 2) Correlazioni tra protoni alifatici COSY: cross-picchi evidenziano solo le correlazioni tra protoni connessi da non più di tre legami VOLFP Protoni

4 VOLFP Regione amidica: ci si aspettano 4 correlazioni NH-H 9.18.78.3 7.2

5 Regione fingerprint 4.36 4.41 4.57 4.77 8.688.349.1 7.23

6 4.36 4.32 H P 5

7 1 (1.46) 2 (1.94) H (2.48) H (3.59) Sistema di spin della prolina In giallo lo spettro TOCSY dove si vedono correlazioni scalari a più di tre legami H H H H H

8 Non sembrano esserci ulteriori correlazioni oltra H -H 1 2.98 2 2.88 Lunico a.a. della sequenza che non ha protoni oltre i beta è Phe Hp: sistema di spin della Phe H 4.36

9 H H H H Non ho correlazione con i metili a campi alti, quindi può essere solo O Sistema di spin dellornitina H

10 P O Questi due protoni alfa devono essere quelli di Val e Leu che si distinguono perché la valina ha un sistema di spin più corto F

11 H H H Sistema di spin della valina

12 La correlazione rimasta inassegnata nella regione fingerprint a 8.34 e 4.57 deve essere la Leu H H

13 Regione fingerprint 4.36 4.41 V 4.57 4.77 8.688.349.1 7.23 F L O

14

15 Typical NOE intensities

16 F O L F Sovrapposizione dello spettro COSY e NOESY (rosso) VOLFP i N i i N i+1 N i i-1 H L-H N F H V-H N O H O-H N L

17 F H VOLFP H L

18 Rosso: noesy, azzurro: tocsy F VOLFP H L H O O H V H F Har-H F H N V-H P NH 2 O

19 Correlazione 1 2 P è un picco sia TOCSY che NOESY Si può usare per calibrare le distanze Azzurro: TOCSY Rosso: NOESY H P-H F

20 Il software ne calcola lintegrale (volume) in modo automatico

21 Nella dimensione F1 cè poca risoluzione, quindi i picchi non sono ben separati

22 La regione simmetrica ha molta più risoluzione

23

24 ObjectIntegral [abs] ν(F2) ν(F1) Integral 1151810000.001.94401.4917 1 2 Pro 1.8 Å Integral 236027000.009.09264.5819 Leu-NHPhe Integral 345930000.008.67214.4108 Val-NHOrn Integral 454024000.008.32494.7702 Orn-NHLeu Integral 554753000.004.76048.3298 Orn-NHLeu 2.16 Å Integral 642051000.004.57229.0999 Leu-NHPhe 2.27 Å Integral 749753000.004.40108.6818 Val-NHOrn 2.20 Å Integral 8 6340100.004.5728.329 Leu-NHLeu 3.12 Å NOE 1 2 = k/r 6 1 2 NOE Orn-NHLeu = k/r 6 Orn-NHLeu Restraints list


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