Gramicidina S 2 Phe, 2 Orn, 2 Pro, 2 Leu, 2 Val VOLFP.

Presentazione sul tema: "Gramicidina S 2 Phe, 2 Orn, 2 Pro, 2 Leu, 2 Val VOLFP."— Transcript della presentazione:

1 Gramicidina S 2 Phe, 2 Orn, 2 Pro, 2 Leu, 2 Val VOLFP

2 TOCSY NOESY

3 2) Correlazioni tra protoni alifatici
COSY: cross-picchi evidenziano solo le correlazioni tra protoni connessi da non più di tre legami VOLFP 1) fingerprint NH Ha 2) Correlazioni tra protoni alifatici Protoni a

4 VOLFP Regione amidica: ci si aspettano 4 correlazioni NH-Ha 7.2 9.1 8.7 8.3

5 Regione fingerprint 4.36 4.41 4.57 4.77 8.68 8.34 9.1 7.23

6 HaP5 4.32 4.36

7 Sistema di spin della prolina
b1(1.46) B2(1.94) Hg (2.48) Hd (3.59) Hd Hg Hb2 Hb1 Ha In giallo lo spettro TOCSY dove si vedono correlazioni scalari a più di tre legami

8 Non sembrano esserci ulteriori correlazioni oltra Ha-Hb
L’unico a.a. della sequenza che non ha protoni oltre i beta è Phe Hp: sistema di spin della Phe Ha 4.36

9 Non ho correlazione con i metili a campi alti, quindi può essere solo O
Ha 4.77 Hb1 Hb2 Hg1Hg2 Hd Sistema di spin dell’ornitina

10 P F O Questi due protoni alfa devono essere quelli di Val e Leu
che si distinguono perché la valina ha un sistema di spin più corto

11 Hb 2.08 Ha 4.41 Hg 0.8 Sistema di spin della valina

12 La correlazione rimasta inassegnata nella regione fingerprint a 8
La correlazione rimasta inassegnata nella regione fingerprint a 8.34 e 4.57 deve essere la Leu Ha Hb

13 Regione fingerprint 4.36 4.41 V 4.57 4.77 8.68 8.34 9.1 7.23 L O F

14

15 Typical NOE intensities

16 Sovrapposizione dello spettro COSY e NOESY (rosso)
F O L HaV-HNO Niai-1 HaL-HNF aiNi+1 HaO-HNL aiNi VOLFP

17 F Ha HaL VOLFP

18 Rosso: noesy, azzurro: tocsy
HbL HbO HbV F Har-HbF HbF HNV-HdP HaL HaV HaL NH2O O VOLFP

19 HgP-HaF HdP-HaF Azzurro: TOCSY Rosso: NOESY
Correlazione b1b2P è un picco sia TOCSY che NOESY Si può usare per calibrare le distanze HgP-HaF HdP-HaF

20 Il software ne calcola l’integrale (volume) in modo automatico

21 Nella dimensione F1 c’è poca risoluzione, quindi i picchi non sono ben separati

22 La regione simmetrica ha molta più risoluzione

23

24 NOE aOrn-NHLeu = k/r6 aOrn-NHLeu
Restraints list Object Integral [abs] ν(F2) ν(F1) Integral b1b2 Pro Å Integral aLeu-NHPhe Integral aVal-NHOrn Integral aOrn-NHLeu Integral aOrn-NHLeu Å Integral aLeu-NHPhe Å Integral aVal-NHOrn Å Integral aLeu-NHLeu Å NOE b1b2= k/r6 b1b2 NOE aOrn-NHLeu = k/r6 aOrn-NHLeu