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PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo.

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Presentazione sul tema: "PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo."— Transcript della presentazione:

1 PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino Carlo Bo

2 Pubmed: che cosa è? Banca dati bibliografica biomedica accessibile gratuitamente online, sviluppata dal National Center for Biotechnology Information (NCBI) presso la NLM (National library of medicines) La NLM è la biblioteca affiliata allNIH (National Institute of Health ) punto di riferimento per la ricerca medica degli Stati Uniti. E la base dati più grande e prestigiosa nel settore biomedico a livello mondiale

3 Cos'è una banca dati bibliografica? è un archivio elettronico di riferimenti bibliografici contiene esclusivamente citazioni di articoli, spesso provvisti di abstract; l'applicazione di software specifici consente lutilizzo di altri servizi di supporto (full text, localizzazione ) a causa dell'alto costo di mantenimento, la maggior parte delle banche dati è consultabile solo a pagamento

4 Vantaggi della ricerca in banche dati (rispetto a ricerche in internet) Alta quantità di risultati positivi e mirati Alta qualità: Il valore scientifico delle informazioni è garantito dalla selezione condotta da qualificati comitati scientifici.

5 un po di storia 1879: INDEX MEDICUS 1964: NASCE IL MEDLARS (Medical literature Analysis and retrieval system) 1971: Dal MEDLARS AL MEDLINE 1980 Riversamento in CD-ROM 1997: DAL MEDLINE AL PUBMED

6 MEDLARS Attualmente è composto da 40 banche dati. Ricordiamo: Pubmed Toxnet: base di dati di tossicologia che permette di interrogare gli archivi CCRIS, DART,IRIS, GENETOX … Cancernet: b.d. per loncologia con gli archivi CANCERLIT (bibliografico) e PDQ (protocolli di trattamento)

7 Pubmed: Cosa contiene? 4 database MEDLINE : citazioni dal 1966 ad oggi; abstract; MESH; aggiornamento settimanale; OLDMEDLINE : con citazioni dal 1951 al 1965, no abstract, no MESH PREMEDLINE (In Process citations) per citazioni non ancora indicizzate; no MeSH ; aggiornamento giornaliero PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS per citazioni ricevute via elettronica direttamente dalleditore. Non ancora pubblicate in cartaceo

8 Medline: Un po di numeri: circa 17 milioni di citazioni di articoli scientifici di ambito biomedico o scienze affini (dalle 500 alle 3000 ogni giorno) Copre circa il 25 % dellintera produzione mondiale di riviste biomediche (4800 riviste) Le riviste provengono per il 40% dallarea statunitense e l88% degli articoli è in lingua inglese Gli abstract sono presenti nel 76 % degli articoli il testo pieno non è previsto a meno che non si trovino articoli disponibili gratuitamente online. Questi sono raggiungibili grazie al sistema di linking ed al software ENTREZ

9 PUBMED e non solo : il sistema ENTREZ ENTREZ (Entrez Molecular Sequenze Database System) sviluppato dal NCBI. Sistema che integra la banca dati Pubmed con archivi sulla biologia molecolare permette, in un insieme integrato, di ricercare sequenze molecolari e informazioni bibliografiche

10 Accesso agli archivi disponibili NUCLEOTIDE: sequenze di DNA PROTEIN: sequenze di proteine GENOME: dati su genoma STRUCTURE : strutture a 3D TAXONOMY OMIM: catalogo dei geni umani e dei disordini genetici PMC (Pubmed central )

11 PUBMED II. LA RICERCA

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13 Maschera per ricercare Per raffinare la ricerca Accesso a servizi aggiuntivi e strumenti utili

14 La Citazione bibliografica: autore Titolo articolo Rivista, anno, vol,fascicolo, pagine n. Identificativo del premedline

15 I record bibliografici : Base dati è una collezione di dati organizzati in record Ogni record è una citazione bibliografica Record è un insieme di campi Campo è un singolo specifico dato Ogni campo è contraddistinto da etichette o TAG importanti per effettuare ricerche mirate

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17 TAG PRINCIPALI utili nella ricerca (elenco completo nellhelp) [AU] campo autore [TI] campo titolo [TA] nome della rivista [LA] lingua di pubblicazione dellarticolo [MH] Mesh terms (soggetti) [DP] data di pubblicazione(A/M/G) [EDAT] data di inserimento nel pubmed (A/M/G) [AB] abstract

18 Funzioni di ricerca comuni a tutte le basi dati Stopwords (articoli, congiunzioni…): trascrizione superflua Troncamento: (*) si cercano le varianti che hanno radice in comune Operatori booleani: AND, OR, NOT n.b. trascriverli in maiuscolo Parentesi: si stabilisce un ordine di priorità

19 Tipologie di ricerca : semplice o complessa RICERCA SEMPLICE Per cercare gli articoli più recenti Quando si ha un solo termine di ricerca Per cercare gli articoli di un autore Per cercare gli articoli con il titolo di un periodico Può essere LIBERA (1) o PER CAMPI (2)

20 1. RICERCA LIBERA la maschera di ricerca consente di inserire liberamente i termini che vengono così ricercati in tutti i campi. N.B.: Utile usare la funzione Limits (filtri) per delimitare la ricerca

21 Ricerca libera

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25 2. RICERCA PER CAMPI Serve a limitare i risultati di una ricerca con termine non qualificato che ha dato troppi risultati Come limitare ? Termine [TAG del campo]

26 Esempi di ricerca per campi Cell Cell [AU] Cell [TA] Cell [TI] Come si ricerca un autore : Cognome + iniziale/i nome (es Veronesi U) oppure Cognome [AU]

27 RICERCA COMPLESSA: Quando: si utilizza più di un concetto e bisogna combinare più termini o più ricerche si vogliono usare voci di soggetto (MESH)

28 Ricerca complessa con più termini Utilizzare gli operatori booleani (in maiuscolo): AND (intersezione) per recuperare documenti che contengono entrambi i termini inseriti in ricerca OR (unione) per recuperare documenti che contengono almeno uno dei due termini NOT per recuperare documenti che contengono solo il primo termine di ricerca escludendo laltro

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30 Ricerca per frase Racchiudere i termini fra virgolette o usare il tag [tw] Automaticamente trova le frasi da una lista preordinata Esempio: -Breast tumours = così trova i casi di tumore – non necessariamente al seno - and ghiandola mammaria (145593) -breast tumours = tumori al seno (1347)

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32 Ricerca con parentesi: ordine di priorità nella lettura della stringa di ricerca

33 Ricerca per soggetto: i MESH Tesauro MeSH (Medical Subject Headings) dizionario di termini controllati usati per sintetizzare i soggetti del documento e descrivere il contenuto informativo dellarticolo Vantaggi: Ricerca completa: non si perdono i sinonimi o voci affini Precisione nella ricerca Svantaggi : Non si trovano record premedline e publisher supplied (i più recenti!)

34 I Mesh Per ogni articolo vengono assegnati uno o più intestazioni (max=15) Per specificare meglio il soggetto o un aspetto (es: pathology, drug therapy) di questo vengono inserite sottointestazioni (subheadings) per ogni mesh Per visualizzare le intestazioni scegliere il formato di visualizzazione Medline

35 Ricerca con il TAG Mesh: risultati 0

36 Il Mesh database = Archivio dei soggetti

37 Vantaggi del Mesh Database Controllo del termine immesso : se non presente vengono proposte voci simili o affini e le definizioni Visualizzazione: dei sinonimi (entry terms), della struttura ad albero delle sottointestazioni Automatic explosion, No expl Argomento principale (Major Topic)

38 Esempio di ricerca con il mesh database Definizione del concetto

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41 Mesh database: Struttura ad albero

42 Ricerca con sottointestazioni, senza esplosione

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45 visualizza come viene interpretata la strategia di ricerca da pubmed Si possono inserire altri termini liberi o intestazioni usando AND,OR,NOT

46 Altre funzioni utili nella ricerca : A. La barra degli strumenti 1. Limits 2. Preview/Index 3. History 4. Clipboard 5. Details

47 3. History (archivio delle ricerche) Pubmed conserva le strategia di ricerca e i risultati numerandole e ponendole nellordine in cui sono state eseguite Si possono combinare le ricerche eseguite usando gli operatori booleani (si deve riportare il simbolo cancelletto) Accetta un massimo di 100 ricerche Le ricerche vanno perse dopo unora

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49 2. Preview/index (no premedline, né publisher supplied ) Permette di vedere e selezionare i soggetti presenti nel DB in ordine alfabetico partendo dal termine in esame fra parentesi accanto cè lindicazione del numero dei record

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51 Altre funzioni : B. La barra a sinistra PUBMED TUTORIAL (guida ufficiale interattiva) PUBMED help (strutturato a capitoli come un libro) 1. SINGLE CITATION MATCHER 2. CLINICAL QUERIES ( per articoli che si riferiscono alla ricerca clinica) 3. JOURNAL DATABASE

52 1. Single citation matcher utile per rintracciare rapidamente una citazione si conoscono già alcuni dati del riferimento, ma la citazione è incompleta o sbagliata utile anche per trovare gli indici della rivista indicando la rivista e lanno

53 2. CLINICAL QUERIES Scopo: facilitare la ricerca di articoli che si riferiscono alla ricerca clinica Strategia di ricerca: suddivisione degli articoli in - 4 ambiti: terapia – diagnosi - prognosi – eziologia - 2 livelli: Sensitivity (< precisione) – specificity

54 Ricerca clinica Revisioni sistematiche, metanalisi, revisioni di clinical trial, evidence-based medicine, linee guida

55 3. JOURNAL DATABASE Permette di selezionare un periodico tramite il titolo (anche abbreviato), ISSN. Serve per cercare citazioni tratte da quel periodico

56 PUBMED III.I RISULTATI DELLA RICERCA IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI

57 I risultati Quadro sintetico ma esauriente dello stato della ricerca in determinati settori

58 Visualizzazione dei risultati

59 Risultati Lista in ordine cronologico inverso (dal più recente al meno recente) Per visualizzarne uno cliccare sugli autori Per visualizzarne più di uno: spuntare le citazioni e cliccare su display dopo aver scelto il formato Il formato automatico è il summary Altri formati: Brief (con primo autore parte del titolo e pmid) Abstract con abstract ma non i mesh Citation con abstract più mesh Medline: con tutti i campi

60 PUBMED: dalla citazione al full-text (A sinistra di ogni citazione) Foglio vuoto: citazione priva di abstract Foglio scritto: citazione con abstract Foglio evidenziato in arancio e verde: citazione con fulltext disponibile in nellarchivio pubmed central Foglio evidenziato in verde: citazione con link al sito delleditore che offre gratuitamente il full text

61 Pubmed: i servizi Related articles permette di cercare articoli su argomenti simili, in ordine di somiglianza Links: si può accedere a books (libri attinenti), link out (ulteriori risorse online), composti e altro. Variano per ogni citazione

62 Link out: esempio

63 Selezionando la citazione : Links al full text delleditore e del PMC = related articles

64 IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI TEMPORANEA: Clipboard = blocco appunti max 500 citazioni selezionate si svuota dopo 8 ore di inattività PERMANENTE: Send to file = salva fino a record alla volta in formato.txt o.html

65 Per salvare Per stampare

66 Anteprima di stampa (selezionando send to print)

67 Per Stampare Selezionare send to print Oppure Selezionare formato con abstract per le citazioni che interessano e selezionare il file stampa del browser

68 Per salvare una strategia di ricerca : MyNcbi Utile per strategie che hanno dato ottimi risultati Occorre registrarsi (gratuita) Salva fino a 100 ricerche Permette aggiornamenti: servizio che ripete periodicamente le ricerche e invia i risultati alla mail data in fase di registrazione

69 Salvare in MyNCBI

70 Filtri in MyNCBI

71 TOXNET: linformazione tossicologica

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73 TOXNET: archivi contenuti Base datiProduttoreContenuto CCRIS Chem. Carc. Res Inform sys NCI National Cancer Inst 8000 record chimici con risultati di test di carcinogeneticità e mutagenicità CHEMID PLUSNLM schede di sostanze chimiche DART/ETIC Develop. Reproductive toxic / Environ. Terat. Inform center NLM > citazioni bibliografiche relative alla tossicologia dello sviluppo e della riproduzione TOXLINENLM + di 3 milioni di citazioni bibliografiche a carattere tossicologico GENE-TOXEPA Environm Protection Ag Dati di mutagenesi su oltre 3000 sostanze IRISEPA Dati relativi al rischio umano da esposizione a oltre 500 sostanze chimiche TRIEPA Stime annue dei rilasci di sostanze chimiche nellambiente

74 HSDB (Hazardous Substances Data Bank) Base dati fattuale prodotta dalla NLM Contiene informazioni sulla tossicità di oltre 4500 sostanze chimiche potenzialmente pericolose Dati peer-reviewed = revisionati da una commisione di esperti (fra pari) nominati dalla NLM Lactmed (Drugs and Lactation Database) Base dati con informazioni riguardanti lallattamento al seno e la tossicità dei farmaci ai quali sono esposte madri e neonati

75 Basi dati bibliografiche Basi dati fattuali Dizionario chimico

76 ChemIDPlus: linformazione chimica

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78 LINK UTILI NLM Gateway: interfaccia unica per la ricerca contemporanea in tutte le risorse della NLM Dizionario dei termini medici in internet (italiano/inglese) Mesh / traduzione italiana a cura dellIstituto superiore di Sanità: accesso gratuito previa registrazione

79 LINK utili SCIRUS (http://www.scirus.com) motore di ricerca specializzato per informazione scientifica (selezione di oltre 300 milioni di pag web) integra ricerca su web con ricerca su basi dati disponibili online (citazioni Medline, articoli di archivi come Biomed central,e-prints depositati in ArXiv e CogPrints) DOAJ (directory of open access journal) archivio di oltre 2500 periodici scientifici disponibili gratuitamente online

80 NLM Gateway: interfaccia unica

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82 Ricerca nel gateway con linguaggio indicizzato

83 Esempi

84 Esempi di ricerca: allinizio libera

85 Poi con due termini per specificare laspetto che interessa

86 Poi con frase esatta

87 Associando più termini con operatori

88 Infine qualificando il termine come soggetto

89 E associando il soggetto con un altro termine

90 Riassumendo:

91 Esempio di ricerca integrata: pubmed- Omim Ricerca di articoli sulla Corea di Huntington (termine di soggetto) Invia la ricerca in Pubmed

92 Selezionare Linkout

93 Link al Medline Plus: linformazione per il grande pubblico Link ad un archivio del Toxnet

94 Archivio Hazardous Substances Database (toxnet )

95 Medline Plus: informazione medica per tutti Spiegazione del difetto genetico e link a banche dati genetiche

96 Link allarchivio OMIM dei disordini genetici

97 Per la localizzazione su cromosoma

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99 Corea di Huntington: localizzazione sul cromosoma ricerca in archivi GENE e OMIM

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101 Struttura dellemoglobina

102 Esercitazioni 1 Ricercare articoli di Johnson J sulla rivista science pubblicati negli ultimi 5 anni Usando i mesh Ricercare articoli di Grossbard ML sul tumore al seno, e precisamente sulla diagnosi e terapia con tamoxifen. Articoli dal 1990 al 2006 Cercare articoli sullischemia cerebrale (cerebral ischemia) come argomento principale nella fascia di età fra i 45 e 60 anni. Articoli in italiano con carattere di rassegna (review ) Ricercare articoli sulla osteoporosi (osteoporosis) che insorge dopo la menopausa e la terapia alimentare

103 Esercitazioni 2 Incidenza dellipertensione nella malattie cardiache sopra i 50 anni Obesità, come argomento principale, nei bambini e malattie correlate. Articoli in italiano Mammografia: può causare tumori al seno? cancro al cervello: prognosi e terapia Ruolo dellubiquitina nellapoptosi cellulare e nell insorgenza delle neoplasie Comparsa della TBC farmaco resistente in Italia negli ultimi 10 anni Distrofia muscolare e Corea di Huntigton: localizzazione cromosomica e bibliografia correlata Studio di una proteina a piacere con Structure

104 Come impostare una strategia di ricerca: consigliato luso del mesh database Scrivi la frase che esprime la tua ricerca Es cerco articoli che parlino del sangue dal naso in rapporto allipertensione) Dividi il soggetto in concetti essenziali es. sangue dal naso e ipertensione Traduci in inglese (nosebleed, hypertension) Cerca i termini nel Mesh database (epistaxis, hypertension) Combina i concetti con AND, OR, NOT

105 Per approfondimenti : PubMed Tutorial : guida realizzata dalla National Library of Medicine, contiene anche dimostrazioni animate delle procedure di interrogazione, un glossario e link ad altre pagine web PubMed Tutorial Pubmed in pillole : (come imparare ad usare PubMed in un'ora o poco più), a cura di Carlo Drago e Rita Strazzeri, Università di Roma "La Sapienza" Pubmed in pillole La ricerca nelle banche dati bibliografiche: l'esempio di PubMed : (una piccola introduzione per i non addetti ai lavori), di Caterina Barazia La ricerca nelle banche dati bibliografiche: l'esempio di PubMed


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