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Epidemiologia della tubercolosi in Toscana. Il questionario.

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Presentazione sul tema: "Epidemiologia della tubercolosi in Toscana. Il questionario."— Transcript della presentazione:

1 Epidemiologia della tubercolosi in Toscana

2 Il questionario

3 La rete dei laboratori Laboratori di I livello Laboratori di I livello –Invio dei campioni al rispettivo laboratorio di II livello per lesecuzione della coltura Laboratori di II livello Laboratori di II livello –Conservazione di tutti i ceppi di M. tuberculosis complex –Raccolta delle notizie epidemiologiche –Invio di ceppi e schede al Laboratorio di III livello Laboratorio di III livello Laboratorio di III livello –Esecuzione o completamento dellidentificazione –Eventuale esecuzione dellantibiogramma –Conservazione dei ceppi –Elaborazione dei dati epidemiologici –Studio dei ceppi a livello molecolare (Univ. Pisa)

4 Gli aderenti Tutte le Aziende dellarea fiorentina Tutte le Aziende dellarea fiorentina Microbiologia Ospedale di Arezzo Microbiologia Ospedale di Arezzo Microbiologia Ospedale di Grosseto Microbiologia Ospedale di Grosseto Microbiologia Ospedale di Lucca Microbiologia Ospedale di Lucca Microbiologia Università di Pisa Microbiologia Università di Pisa Malattie Infettive Ospedale di Pistoia Malattie Infettive Ospedale di Pistoia Malattie Infettive Ospedale di Prato Malattie Infettive Ospedale di Prato Microbiologia Università di Siena Microbiologia Università di Siena Microbiologia Ospedale di Empoli Microbiologia Ospedale di Empoli

5 Pazienti per classe di età

6 Distribuzione in base al sesso

7 Le resistenze 1

8 Le resistenze 2

9 Sede della malattia

10 Paese di origine

11 HIV-status

12 Isolamenti per provincia

13 http//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

14 Epidemiologia molecolare Ricerca di marcatori, allinterno del genoma del microorganismo, dotati di specificità di ceppo Ricerca di marcatori, allinterno del genoma del microorganismo, dotati di specificità di ceppo Permette di ricostruire i flussi epidemici Permette di ricostruire i flussi epidemici Permette di raggruppare i ceppi in grandi famiglie che riflettono il cammino dellevoluzione Permette di raggruppare i ceppi in grandi famiglie che riflettono il cammino dellevoluzione

15 Fingerprinting in base al IS6110

16 Alcuni pattern RFLP

17 RFLP: anno 2002 Ceppi raccolti: 245 Ceppi raccolti: 245 Pattern RFLP: 215 Pattern RFLP: 215 Cluster Cluster –di 2 ceppi: 19 –di 3 ceppi: 3 –di 4 ceppi: 1 Nessun focolaio epidemico Nessun focolaio epidemico Tre contaminazioni di laboratorio Tre contaminazioni di laboratorio

18 Il locus DR (direct repeat)

19 Da 9 a 50 sequenze ripetute di 36 bp (DR) inframmezzate da sequenze non ripetute di bp (spaziatori) Da 9 a 50 sequenze ripetute di 36 bp (DR) inframmezzate da sequenze non ripetute di bp (spaziatori) DR H37Rv DR BCG spaziatore DR Il locus DR

20 Spoligotyping BCG H37Rv X

21 I ceppi Beijing I ceppi della famiglia Beijing hanno soltanto gli spaziatori I ceppi della famiglia Beijing hanno soltanto gli spaziatori Individuati 7 ceppi Beijing pari al 3% Individuati 7 ceppi Beijing pari al 3% H37Rv Beijing

22 I ceppi Beijing

23 I ceppi Beijing toscani

24 RFLP e spoligotyping RFLP: interessa lintero cromosoma RFLP: interessa lintero cromosoma –Alto potere discriminante –Impossibile limpiego dellamplificazione Spoligotyping: interessa una porzione limitata de genoma Spoligotyping: interessa una porzione limitata de genoma –Ceppi diversi possono avere identico spoligotipo –Possibilità di ricorso allamplificazione Possibile compromesso: esecuzione dello spoligotyping su tutti i ceppi e approfondimento mediante RFLP su quelli risultati identici o interessanti Possibile compromesso: esecuzione dello spoligotyping su tutti i ceppi e approfondimento mediante RFLP su quelli risultati identici o interessanti

25 Raccomandazioni finali Centralizzazione dellesame colturale nei Laboratori di II livello Centralizzazione dellesame colturale nei Laboratori di II livello Coinvolgimento dei Laboratori che non hanno ancora aderito allo studio epidemiologico Coinvolgimento dei Laboratori che non hanno ancora aderito allo studio epidemiologico Esecuzione dellantibiogramma su tutti i nuovi isolati Esecuzione dellantibiogramma su tutti i nuovi isolati


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