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Copyright © 2006 Zanichelli editore Capitolo 12 La tecnologia del DNA e la genomica.

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Presentazione sul tema: "Copyright © 2006 Zanichelli editore Capitolo 12 La tecnologia del DNA e la genomica."— Transcript della presentazione:

1 Copyright © 2006 Zanichelli editore Capitolo 12 La tecnologia del DNA e la genomica

2 Copyright © 2006 Zanichelli editore La tecnologia del DNA ricombinante 12.1 Mediante lintroduzione dei plasmidi si possono modificare i batteri e indurli a svolgere funzioni utili La maggior parte dei metodi utilizzati per studiare e manipolare il DNA utilizza i batteri e in particolare Escherichia coli. Per manipolare i geni in laboratorio i biologi usano spesso i plasmidi batterici, che possono portare a duplicare allinterno di un batterio qualsiasi gene. I plasmidi sono gli strumenti chiave della clonazione genica, ossia la produzione di molte copie identiche di tratti di DNA.

3 Copyright © 2006 Zanichelli editore I ricercatori possono inserire in un plasmide un pezzo di DNA contenente un gene dando origine a DNA ricombinante. Il plasmide viene poi introdotto nella cellula batterica. Il batterio geneticamente modificato è messo in coltura e si riproduce per formare un clone di cellule (un gruppo di cellule identiche alla cellula madre da cui derivano). Ogni cellula possiede una copia del gene.

4 Copyright © 2006 Zanichelli editore Batterio Cromosoma batterico Plasmide 2 Cellula contenente il gene prescelto DNA Gene prescelto DNA ricombinante (plasmide) Batterio ricombinante Copie di proteine Copie di geni Clone della cellula Il gene per la resistenza alle malattie è inserito nelle piante Il gene modifica i batteri e li rende in grado di eliminare i rifiuti tossici La proteina viene usata per sciogliere i coaguli nella terapia contro gli infarti La proteina consente alla neve di formarsi anche a temperature maggiori Figura 12.1 Si isola un plasmide 1 Si isola il DNA 2 Si inserisce un gene nel plasmide 3 Si introduce il plasmide nella cellula prescelta 4 Si clona la cellula che possiede il gene prescelto 5

5 Copyright © 2006 Zanichelli editore 12.2 Per «tagliare e incollare» il DNA si utilizzano particolari enzimi Gli strumenti per ottenere DNA ricombinante sono: enzimi batterici chiamati enzimi di restrizione che riconoscono brevi sequenze di nucleotidi del DNA e le tagliano in punti precisi; lenzima DNA-ligasi che incolla le estremità dei filamenti di DNA catalizzando la formazione di legami covalenti.

6 Copyright © 2006 Zanichelli editore Lenzima di restrizione riconosce la sequenza G A A T T C C T T A A G DNA 3 C T T A A A AT TC G G A AT T C C T TA A G G A AT T C C T TA A G Lenzima DNA-ligasi incolla i frammenti Lenzima di restrizione taglia il DNA in frammenti DNA ricombinante G G Estremità coesiva G C T T A A Aggiunta di un frammento di DNA di provenienza estranea Due frammenti si attaccano tra loro appaiando le basi azotate 5 Figura 12.2 Produzione di DNA ricombinante tramite luso di enzimi di restrizione e dellenzima DNA-ligasi:

7 Copyright © 2006 Zanichelli editore 12.3 I geni dei plasmidi ricombinanti si possono clonare I plasmidi entrano nei batteri per trasformazione. I batteri, con i plasmidi ricombinanti, sono messi in condizione di riprodursi, dando origine a un clone di cellule con molte copie dei plasmidi e dei geni che trasportano.

8 Copyright © 2006 Zanichelli editore E.coli Plasmide DNA Gene V Estremità coesive Gene V Batterio ricombinante Cellula umana Plasmide con DNA ricombinante Clone batterico in possesso di molte copie del gene umano Clonazione di un gene in un plasmide batterico: Figura 12.3 Si isola il DNA da due fonti diverse 1 Si tagliano entrambi i DNA con un enzima di restrizione 2 Si mescolano le molecole di DNA che si uniscono mediante appaiamento di basi azotate 3 Si aggiunge DNA-ligasi per attaccare il DNA con legami covalenti 4 Si clona il batterio 6 Si inserisce il plasmide in un batterio tramite trasformazione 5

9 Copyright © 2006 Zanichelli editore 12.4 Per ottenere molte copie di una specifica sequenza di DNA si utilizza comunemente la tecnica PCR 1248 Molecola iniziale di DNA Numero di molecole di DNA Figura 12.4 Quando il campione di DNA è scarso o impuro, la reazione a catena della polimerasi (Polymerase Chain Reaction, o PCR) è un metodo più appropriato per ottenere un grande quantitativo di un particolare gene.

10 Copyright © 2006 Zanichelli editore 12.5 I geni clonati possono essere conservati in «librerie» genomiche Lintera collezione di tratti di DNA clonati tramite shotgun, derivanti dalla frammentazione di tutto il genoma di una cellula, è chiamata libreria genomica. Plasmide ricombinante Genoma tagliato con lenzima di restrizione DNA fagico ricombinante oppure Clone batterico Clone fagico Libreria fagica Libreria plasmidica Figura 12.5

11 Copyright © 2006 Zanichelli editore 12.6 Si può produrre DNA da clonare anche mediante lenzima trascrittasi inversa Figura 12.6 Lenzima trascrittasi inversa può essere usato per ottenere librerie di DNA complementare (cDNA) contenenti solo i geni espressi da un particolare tipo di cellula.

12 Copyright © 2006 Zanichelli editore 12.7 Cellule e organismi ricombinanti sono utilizzati per ottenere prodotti genici su larga scala Le applicazioni della clonazione genica includono la produzione di prodotti genici su larga scala per usi medici e altri usi. I batteri si sono spesso dimostrati gli organismi migliori per sintetizzare un prodotto proteico. Alcune volte è preferibile o necessario utilizzare le cellule eucariotiche di lieviti e mammiferi.

13 Copyright © 2006 Zanichelli editore 12.8 La tecnologia del DNA sta cambiando lindustria farmaceutica e la ricerca biomedica La tecnologia del DNA ha avuto un enorme impatto sullindustria farmaceutica e sulla medicina umana. Le sue tecniche sono ampiamente utilizzate per produrre farmaci e per la diagnosi delle malattie. COLLEGAMENTI

14 Copyright © 2006 Zanichelli editore Terapie ormonali Linsulina e lormone della crescita umani sono stati i primi prodotti farmaceutici ottenuti con luso della tecnologia del DNA ricombinante. Prima del 1982, le principali fonti di insulina erano i tessuti di suini e bovini prelevati nelle macellerie. Figura 12.8A

15 Copyright © 2006 Zanichelli editore Diagnosi e cura delle malattie In campo medico la tecnologia del DNA sarà, probabilmente, sempre più usata per diagnosticare le malattie. Oltre alla sua evidente importanza nellidentificazione degli alleli associati alle malattie genetiche, si rivela infatti utile nel localizzare le infezioni.

16 Copyright © 2006 Zanichelli editore Vaccini Grazie alla tecnologia del DNA i ricercatori sono in grado si sintetizzare anche nuovi vaccini. Un vaccino è una variante o un derivato innocuo di un agente patogeno (di solito un batterio o un virus) ed è utilizzato per prevenire una malattia infettiva. Figura 12.8B

17 Copyright © 2006 Zanichelli editore 12.9 Le sonde molecolari identificano i cloni che portano determinanti geni La tecnologia del DNA può essere usata per identificare specifici frammenti di DNA. I metodi utilizzati per individuare direttamente un gene si basano tutti sullaccoppiamento tra le basi azotate del gene in questione e quelle di una sequenza complementare appartenente a unaltra molecola di acido nucleico (DNA o RNA). Lanalisi dei frammenti di restrizione e le impronte genetiche

18 Copyright © 2006 Zanichelli editore Per trovare una specifica sequenza nucleotidica allinterno di un certo quantitativo di DNA si usa una molecola chiamata sonda. Le sonde di acidi nucleici sono brevi filamenti singoli di DNA o RNA marcati radioattivamente o fluorescente che possono legarsi a un determinato gene in una libreria. Sonda radioattiva (DNA) DNA a filamento singolo La sonda viene mescolata col DNA a filamento singolo prelevato da vari cloni batterici o fagici Mediante lappaiamento delle basi azotate si individua il gene prescelto A T C C G A A T G C G C T T A T C G A G C C T T A T G C A T A T C C G A A G G T A G G C T A A Figura 12.9

19 Copyright © 2006 Zanichelli editore I microarray a DNA forniscono contemporaneamente informazioni sullespressione di molti geni Per effettuare analisi su larga scala, per determinare quali geni sono attivi in una particolare cellula in un dato momento, si può usare la tecnica che impiega i microarray a DNA. Il microarray a DNA è un vetrino rettangolare, non più grande dellimpronta di un pollice, contenente uno strato di molecole a filamento singolo di DNA, che portano migliaia di geni noti e diversi.

20 Copyright © 2006 Zanichelli editore Un microarray a DNA: 1 LmRNA viene isolato Mediante la trascrittasi inversa si ottengono tratti di DNA fluorescenti 2 DallmRNA viene ottenuto cDNA 4Il cDNA non legato viene allontanato 3 Il cDNA viene applicato ai pozzetti Microarray a DNA Ogni pozzetto contiene il DNA di un gene particolare Dimensioni effettive (6400 geni) Punto non fluorescente Punto fluorescente cDNA DNA di un gene espresso DNA di un gene non espresso Figura 12.10

21 Copyright © 2006 Zanichelli editore Lelettroforesi su gel separa i frammenti di DNA in base alle loro dimensioni ++ Generatore elettrico Gel Miscela di molecole di DNA di dimensioni diverse Molecole più lunghe Molecole più corte Disposizione finale Figura

22 Copyright © 2006 Zanichelli editore Il polimorfismo della lunghezza dei frammenti di restrizione permette di individuare le differenze tra sequenze di DNA I marcatori genetici comprendono geni, siti di restrizione e tratti di DNA non codificante. Lanalisi dei frammenti di restrizione è un metodo per individuare le differenze nelle sequenze nucleotidiche tra campioni omologhi di DNA. Il numero dei frammenti di restrizione e la loro lunghezza riflettono la sequenza specifica di nucleotidi nel DNA di partenza.

23 Copyright © 2006 Zanichelli editore In che modo i frammenti di restrizione riflettono la sequenza del DNA Le differenze tra i frammenti di restrizione che vengono prodotte sono dette poliformismi della lunghezza dei frammenti di restrizione (Restriction Fragment Length Polymorphisms o RFLP) e riflettono le differenze nelle sequenze del DNA di partenza. Allele I (scena del crimine) Allele II (indiziato) w x yy z Taglio DNA prelevato dai cromosomi C C G G G G C C A C G G T G C C C C G G G G C C C C G G G G C C Figura 12.12A

24 Copyright © 2006 Zanichelli editore – + Frammenti più lunghi Frammenti più corti x w y z y 12 Figura 12.12B Dopo il taglio con gli enzimi di restrizione, i frammenti vengono separati su un gel:

25 Copyright © 2006 Zanichelli editore Per individuare gli alleli difettosi si possono usare le sonde a DNA Unimportante applicazione dellanalisi dei frammenti di restrizione consiste nellindividuare alleli con alterazioni correlabili a patologie genetiche non manifeste. Le sonde radioattive possono rivelare bande di DNA dinteresse su un gel.

26 Copyright © 2006 Zanichelli editore 1 Preparazione dei frammenti di restrizione 2 Elettroforesi su gel 3 Assorbimento 4 Sonda radioattiva 5 Rilevamento della radioattività (autoradiografia) IIIIII IIIIII Frammenti di restrizione Carta da filtro Sonda Filamento singolo di DNA radioattivo (sonda) Pellicola I II III I II III Figura 12.12C Utilizzo dellanalisi dei frammenti di restrizione per individuare un allele dannoso:

27 Copyright © 2006 Zanichelli editore Impieghi della tecnologia del DNA in campo legale La tecnologia del DNA viene ampiamente utilizzata in medicina legale per analizzare le prove rinvenute sulla scena di un crimine. Il test del DNA può consentire di individuare il responsabile con una certa sicurezza poiché la sequenza di basi azotate del DNA di ogni persona è unica (tranne nel caso dei gemelli identici). COLLEGAMENTI

28 Copyright © 2006 Zanichelli editore Sangue dellimputato Sangue rinvenuto sui vestiti dellimputato Sangue della vittima Figura 12.13A Figura 12.13B Unimpronta genetica (DNA fingerprint) può aiutare a risolvere in crimine:

29 Copyright © 2006 Zanichelli editore Un giorno la terapia genica potrebbe fornire la cura per molte malattie La terapia genica può correggere le malattie imputabili a un singolo gene difettoso, sostituendolo o integrandolo con un allele normale. COLLEGAMENTI Gene clonato (allele normale) 1 Inserimento del gene normale nel virus 2 Le cellule del midollo osseo vengono infettate con il virus 3 Il DNA virale si inserisce nei cromosomi 4 Le cellule vengono iniettate nel paziente Midollo osseo Cellule di midollo osseo del paziente Acido nucleico virale Retrovirus Figura 12.14

30 Copyright © 2006 Zanichelli editore La terapia genica potrebbe un giorno essere usata per curare sia le malattie genetiche, sia le malattie non genetiche. Anche se è uno strumento molto promettente, esistono ancora poche prove scientifiche evidenti della sua efficacia. La ricerca continua seguendo linee guida nuove e più sicure. La terapia genica sulluomo solleva problemi sia tecnici sia etici.

31 Copyright © 2006 Zanichelli editore La genomica e gli OGM Il Progetto Genoma Umano Lo scopo primario del Progetto Genoma Umano (PGU) è mappare lintero genoma delluomo e determinare la sequenza nucleotidica completa del DNA umano. Iniziato nel 1990, è oggi largamente completato: nel 2001 sono stati pubblicati i risultati del sequenziamento di oltre il 90% del genoma umano. Figura 12.15

32 Copyright © 2006 Zanichelli editore I dati ottenuti stanno fornendo informazioni su sviluppo, evoluzione e molte malattie. I benefici che possono derivare dalla conoscenza del genoma umano riguardano essenzialmente la ricerca di base. Lenorme numero di dati raccolti è depositati in un archivio accessibile in rete ai ricercatori di tutto il mondo.

33 Copyright © 2006 Zanichelli editore La maggior parte del genoma umano non è costituito da geni Il genoma umano comprende circa geni che codificano per varie proteine, nonché per i tRNA e gli rRNA. Oltre a questi geni, come quello della maggior parte degli eucarioti complessi, il genoma umano include unenorme quantità di DNA non codificante (circa il 97% del totale).

34 Copyright © 2006 Zanichelli editore Nella porzione di DNA non codificante sono comprese le sequenze regolatrici, come i promotori e gli enhancer. Il restante DNA, che comprende gli introni, e il DNA non codificante localizzato tra i geni, è stato chiamato junk DNA, ossia «DNA spazzatura».

35 Copyright © 2006 Zanichelli editore Grazie alla scienza della genomica sono stati sequenziati interni genomi Oltre a mappare il DNA umano, ricercatori di tutto il mondo stanno lavorando anche sui genomi di altre specie. Alcuni genomi sono stati completamente sequenziati. La maggior parte dei genomi in corso di studio riguarda i procarioti, il gruppo include però anche una ventina di specie eucariotiche (tra cui vertebrati, invertebrati e piante).

36 Copyright © 2006 Zanichelli editore Tabella Ogni singolo genoma è interessante di per sé, ma è utile in particolare ai fini dellanalisi comparativa con il genoma umano, che gli scienziati stanno tentando di interpretare. Figure 12.17A, B

37 Copyright © 2006 Zanichelli editore La proteomica è lo studio sistematico degli insiemi completi di proteine (proteomi) codificati dai genomi. Il numero delle proteine presenti negli organismi umani supera di gran lunga quello dei geni.

38 Copyright © 2006 Zanichelli editore COLLEGAMENTI Gli organismi geneticamente modificati stanno trasformando lagricoltura Gli scienziati che si occupano del fabbisogno alimentare mondiale hanno cominciato a usare la tecnologia del DNA per produrre organismi geneticamente modificati (OGM), piante e animali, da utilizzare in agricoltura. Un organismo geneticamente modificato è un organismo ottenuto grazie alla modificazione o allaggiunta di uno o più geni. Un OGM si può ottenere anche con i normali metodi di incrocio.

39 Copyright © 2006 Zanichelli editore Agrobacterium tumefaciens DNA contenente il gene prescelto Plasmide Ti 1 Inserimento del gene di un plasmide mediante lenzima di restrizione e la DNA-ligasi Plasmide Ti ricombinante 2 Inserimento in cellule vegetali in coltura 3 Crescita della pianta Pianta con caratteristiche nuove Il T DNA inserito porta il nuovo gene Cellula vegetale T DNA Sito di restrizione Figura 12.18A Utilizzo del plasmide Ti (un plasmide che proviene dal batterio del suolo Agrobacterium tumefaciens) come vettore per modificare geneticamente le piante:

40 Copyright © 2006 Zanichelli editore I genetisti molecolari sono in grado di produrre animali transgenici che hanno, inseriti nel proprio genoma, geni provenienti da altri organismi. Anche molte colture e piante sono geneticamente modificate. Figura 12.18B

41 Copyright © 2006 Zanichelli editore Gli organismi GM possono danneggiare lambiente o la salute umana? Lo sviluppo di organismi GM richiede severe misure di sicurezza. COLLEGAMENTI Figura 12.19A

42 Copyright © 2006 Zanichelli editore Gli organismi GM possono rappresentare un rischio per lambiente o la salute. Il maggior pericolo per lambiente potrebbe essere rappresentato dal trasferimento di geni modificati dalle colture GM alle colture vicine. Figura 12.19B


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