Fabio Rinnone Matricola 667/ Università di Catania Facoltà di SS. MM. FF. NN. Dipartimento di Matematica e Informatica Corso di Laurea di Primo Livello in Informatica Relatore: Prof.ssa Giugno Correlatore: Dott. Pigola Un tool per la visualizzazione e l'analisi di reti biologiche e sociali

Graphtool Visualizzazione ed analisi di reti Reti Sociali Reti Biologiche Resource Description Framework Sviluppato in linguaggio Java Portabilità Estendibilità JUNG Java Universal Network/Graph Framework

Interfaccia utente

Resource Description Framework Standard proposto da W3C Descrizione/modellazione di risorse disponibili nel Web Risorse identificate tramite URI Statements Triple subject predicate object Literals URI Blank Nodes

Resource Description Framework

Sintassi per RDF RDF/XML Notazione basata su XML Blank Node Identifier Typed Literals/Plain Literals Notation3 Notazione testuale Formato compatto e leggibile Maggiore espressività rispetto a RDF/XML Altre notazioni N-Triples Turtle TriG TriX

Centralità: esempio Classe di 30 studenti che devono eleggere il proprio rappresentante Si costruisce la rete che rappresenta i risultati delle votazioni Uno studente è più centrale se più studenti lo hanno votato Misura dipendente dal numero di archi entranti Indegree centrality

Degree Centrality Misura calcolata in funzione del grado (degree) di un vertice Inoutdegree Indegree Outdegree Usata per network statistiche Misura locale Dipende solo dai nodi vicini

Closeness Centrality Trovare la posizione ottimale per un centro commerciale Minimizzare la distanza totale dai clienti Ottimizzazione dello spostamento dei clienti Trovare i vertici con minima distanza totale

Centralità Betwenness Centrality Barycenter Centralità orientate al Web Page Rank Hub & Authority

Subgraph Matching Ricerca di sottostrutture all'interno di un grafo Problema NP-Completo Algoritmo VF2 modificato querytarget

Proprietà delle Query Self-loops Archi multipli Network labeled/not labeled Network directed/not directed

Tipi di Query Query esatte Query approssimate NODO ARCO LABELED UNLABELED

Motifs Feed-Forward Loop

Match totali e distinti Due match sono distinti se sono diversi in almeno un nodo query target match 1 match 2 Trovati 2 match totali Trovati 1 match distinto

Match statisticamente significativi

Motif verification È possibile generare reti casuali con le stesse caratteristiche della rete input Numero di vertici Numero di archi Grado dei vertici Scambio degli archi Default: 100 switch/edge Generazione di network casuali Default: 100 network Calcolo del numero di occorrenze della query in ogni network Calcolo di alcuni indici statistici E-Value/Z-Score

Ringrazamenti Prof.ssa Giugno Dott. Pigola La mia famiglia I miei amici