ESERCITAZIONE ALLINEAMENTI
CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR Calcolare l'identità e la percentuale di identità
CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA | | || || | | || ACISTIE---NEDGNEDH---VR Percentuale di identità = 10*2 / (23+17) = 0.50
CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIL---NEDGNEDH---VC Inserimento gap = -6 Estensione gap = -2 Calcolare il punteggio di similarità usando una vera matrice di sostituzione
ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY A A C C D D E E F F G G H H I I K K L L M M N N P P Q Q R R S S T T V V W W Y Y ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY
CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIL---NEDGNEDH---VC Punteggio di similarità = = = = -28
CLSSIEQKSNEEG--EHGPEVREDA ACISTIE---NEDGNEDH---VR Rappresentare il seguente allineamento su di una matrice
CLSSIEQKSNEEGEHGPEVREDA A C I S T I E N E D G N E D H V R
Dedurre l'allineamento rappresentato nella seguente matrice
EIANSPEEAISLATFDEAMADLH I L N S C N L A K Q A F D E A E L
EIANSPEEAISLA--TFDEAMADLH ILNS----CNLAKQAFDEA--EL Soluzione:
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N Fare l'allineamento locale delle 2 sequenze utilizzando la matrice di sostituzione e gaps = -5
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N Esercizio Usare Gap penalty -5
ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY A A C C D D E E F F G G H H I I K K L L M M N N P P Q Q R R S S T T V V W W Y Y ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N
NWHNNLCRHW C W Y M C G K Q N WHNNLC-RH WY--MCGKQ