Gramicidina S 2 Phe, 2 Orn, 2 Pro, 2 Leu, 2 Val VOLFP

TOCSY NOESY

2) Correlazioni tra protoni alifatici COSY: cross-picchi evidenziano solo le correlazioni tra protoni connessi da non più di tre legami VOLFP 1) fingerprint NH Ha 2) Correlazioni tra protoni alifatici Protoni a

VOLFP Regione amidica: ci si aspettano 4 correlazioni NH-Ha 7.2 9.1 8.7 8.3

Regione fingerprint 4.36 4.41 4.57 4.77 8.68 8.34 9.1 7.23

HaP5 4.32 4.36

Sistema di spin della prolina b1(1.46) B2(1.94) Hg (2.48) Hd (3.59) Hd Hg Hb2 Hb1 Ha In giallo lo spettro TOCSY dove si vedono correlazioni scalari a più di tre legami

Non sembrano esserci ulteriori correlazioni oltra Ha-Hb L’unico a.a. della sequenza che non ha protoni oltre i beta è Phe Hp: sistema di spin della Phe Ha 4.36

Non ho correlazione con i metili a campi alti, quindi può essere solo O Ha 4.77 Hb1 Hb2 Hg1Hg2 Hd Sistema di spin dell’ornitina

P F O Questi due protoni alfa devono essere quelli di Val e Leu che si distinguono perché la valina ha un sistema di spin più corto

Hb 2.08 Ha 4.41 Hg 0.8 Sistema di spin della valina

La correlazione rimasta inassegnata nella regione fingerprint a 8 La correlazione rimasta inassegnata nella regione fingerprint a 8.34 e 4.57 deve essere la Leu Ha Hb

Regione fingerprint 4.36 4.41 V 4.57 4.77 8.68 8.34 9.1 7.23 L O F

Typical NOE intensities

Sovrapposizione dello spettro COSY e NOESY (rosso) F O L HaV-HNO Niai-1 HaL-HNF aiNi+1 HaO-HNL aiNi VOLFP

F Ha HaL VOLFP

Rosso: noesy, azzurro: tocsy HbL HbO HbV F Har-HbF HbF HNV-HdP HaL HaV HaL NH2O O VOLFP

HgP-HaF HdP-HaF Azzurro: TOCSY Rosso: NOESY Correlazione b1b2P è un picco sia TOCSY che NOESY Si può usare per calibrare le distanze HgP-HaF HdP-HaF

Il software ne calcola l’integrale (volume) in modo automatico

Nella dimensione F1 c’è poca risoluzione, quindi i picchi non sono ben separati

La regione simmetrica ha molta più risoluzione

NOE aOrn-NHLeu = k/r6 aOrn-NHLeu Restraints list Object Integral [abs] ν(F2) ν(F1) Integral 1 151810000.00 1.9440 1.4917 b1b2 Pro 1.8 Å Integral 2 36027000.00 9.0926 4.5819 aLeu-NHPhe Integral 3 45930000.00 8.6721 4.4108 aVal-NHOrn Integral 4 54024000.00 8.3249 4.7702 aOrn-NHLeu Integral 5 54753000.00 4.7604 8.3298 aOrn-NHLeu 2.16 Å Integral 6 42051000.00 4.5722 9.0999 aLeu-NHPhe 2.27 Å Integral 7 49753000.00 4.4010 8.6818 aVal-NHOrn 2.20 Å Integral 8 6340100.00 4.572 8.329 aLeu-NHLeu 3.12 Å NOE b1b2= k/r6 b1b2 NOE aOrn-NHLeu = k/r6 aOrn-NHLeu