Criniti Brunino Misale Claudia

OBIETTIVO APPLICAZIONE: Integrazione di risorse ampiamente utilizzate nel campo della ricerca biomedica: allineamento di sequenze, proteiche o nucleotidiche, e la consultazione di database genomici, in genere accessibili tramite internet. Risorse: Softwares allineamento Blast. database genomico Ensembl.

A TTIVITA SVOLTE Web service che estende sevizi offerti dal web service di Embl-Ebi. Client che permette di integrare in ununica applicazione i dati delle ricerche da effettuare.

A TTIVITA SVOLTE

F UNZIONALITÀ A GGIUNTE

TECNOLOGIE E STRUMENTI UTILIZZATI PER LO SVILUPPO DI ENSEMBLAST Tecnologie e Metodologie Linguaggio di programmazione: Java. Web Server: Apache Tomcat. Librerie per lo sviluppo del Web Service: Apache Axis. implementazione SOAP 1.1/1.2; supporto JWS (Java Web Services) per il deploy dei WS; supporto serializzazione/de-serializzazione; implementazione WSDL; utility WSDL2Java e Java2WSDL; JFreeChart. Lobo. Jdom.

TECNOLOGIE E STRUMENTI UTILIZZATI PER LO SVILUPPO DI ENSEMBLAST Ambienti e Strumenti Ambiente di sviluppo NetBeans IDE, realizzato dalla Sun Microsystems. Per la realizzazione dei tasti è stato utilizzato il software Button Shop 4. Per la fase di progettazione è stato utilizzato enterprice architect

SCHEMA GENERALE APPLICAZIONE

W EB S ERVICE : B LAST Wrapper che permette al client di comunicare con i database forniti da Embl-Ebi.

W EB S ERVICE : B LAST

C LIENT

C LIENT : M ODEL Package rappresentante lo stato dellapplicazione.

C LIENT : VIEW Package della gestione dellinterfaccia grafica. In particolare: Drag and drop moduli. Esecuzione alberi di lavoro.

C LIENT : M ODULI Moduli: rappresentano le azioni permesse allutente. I seguenti moduli possono essere inseriti tramite drag and drop nel pannello di visualizzazione. Vengono collegati tra di loro per creare un piano di lavoro.

C LIENT : A LBERO DI ESECUZIONE Il programma una volta avviata lesecuzione degli alberi, effettua le seguenti operazioni: Controlla che lutente abbia effettuato le impostazioni dei moduli. Avvia la richiesta al web service. Permette anche la visualizzazione dei risultati tramite i moduli di Output.

T IPI DI VISUALIZZAZIONE DELL OUTPUT Output: BlastN/BlastP Tabellare: Grafico:

T IPI DI VISUALIZZAZIONE DELL OUTPUT Output: Ensembl

GRAZIE PER LATTENZIONE