BIOINFO3 - Lezione 381 ESERCIZIO Dato un programma con la sola istruzione: $a=Hasta la vista! Quanto vale length($a) ?15 substr($a,0) ? substr($a,$b) ?

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1 BIOINFO3 - Lezione 381 ESERCIZIO Dato un programma con la sola istruzione: $a=Hasta la vista! Quanto vale length($a) ?15 substr($a,0) ? substr($a,$b) ? Hasta la vista! length(substr($a,$c,1) ) ?1 (ovvio!) substr($a,lenght($a)-1) ?! index ($a, ) ?5

2 BIOINFO3 - Lezione 382 ESERCIZIO (TIPO ESAME?) Dato un programma con la sola istruzione: $a=10; Quanto valgono $b e $a dopo $b=++$a; ?$a=11 e $b=11 Quanto valgono $b e $a dopo un ulteriore $b=$a++; ? Quanto vale $c dopo $c=Formula $b; ? $a=12 e $b=11 $c=Formula 11 Quanto vale $d dopo $d=Formula $b; ?$d=Formula $b Quanto vale $c dopo $c.=$d ?$c=Formula 11 Formula $b

3 BIOINFO3 - Lezione 383 ESERCIZIO (TIPO ESAME?) Quante volte viene eseguito il seguente ciclo? Quali numeri stampa? for ($i=0;$i<10;$i){ print $i\n; } Il ciclo non termina mai perché $i non viene mai modificata e non sarà mai > o = a 10. Stampa una colonna interminabile di 0, finchè non viene ucciso con ^C Quante volte viene eseguito il seguente ciclo? Quali numeri stampa? for ($i=0;$i<10;$i++){ print $i\n; $i++; } Stampa i numeri pari da 0 a 8. Il ciclo è eseguito 5 volte! Primo ciclo $i=0 e alla fine del ciclo $i=2 … Quinto ciclo $i=8 e alla fine $i=10;

4 BIOINFO3 - Lezione 384 ESERCIZIO Leggere un file di sequenze EST in formato FASTA. Considerare solo le righe che contengono il pattern >gi|numero. Inserire in un array questi numeri. Copiare larray in altri 2 array. Eseguire un ciclo su tutti gli elementi di questi 2 array incrementando di 1 tutti i numeri del primo e raddoppiando tutti i numeri del secondo

5 BIOINFO3 - Lezione 385 Il pattern che ci interessa è descritto dallespressione regolare /^>gi\|(\d+)/ Ovvero tutte le stringhe che iniziano con > seguito da gi e da un | (ricordarsi di anteporre \ davanti a |, altrimenti conserva il suo significato di alternativa). Segue quindi un numero di almeno una cifra. Ci interessa catturare questo numero, pertanto racchiudiamo il pattern relativo tra parentesi. In esecuzione ritroveremo la parte di stringa che soddisfa il pattern tra parentesi nella variabile di perl $1. N.B. Non è possibile fare assegnamenti a $1. Se avessimo avuto altri pattern tra parentesi li ritroveremo in $2, $3, ecc… /^>gi\|(\d+)/ >gi|8777287|gb|AB044776.1| $1=8777287

6 BIOINFO3 - Lezione 386 Notare come $1, se la riga letta ($r) contiene il pattern descritto dallespressione regolare, sia aggiunto alla lista @lista.

7 BIOINFO3 - Lezione 387 Il pattern è ritrovato nella stringa $r, quindi ( $r=~ /^>gi\|(\d+)/ ) è VERA e si entra dentro allif per eseguire la push

8 BIOINFO3 - Lezione 388 Per queste tra altre righe lette successivamente il pattern descritto dallespressione regolare non viene trovato (infatti non iniziano con il maggiore, non contengono gi| ed un numero). Quindi lespressione ( $r=~ /^>gi\|(\d+)/ ) è FALSA e non si entra nellif per eseguire la push.

9 BIOINFO3 - Lezione 389 Nel debugger si possono fissare dei breakpoint, tipicamente quando si devono eseguire dei cicli molto lunghi e non vogliamo premere decine o centinaia di volte il tasto invio. b numero-di-linea Fissa un breakpoint alla riga dal numero specificato c Fa procedere il programma fino al prossimo breakpoint Lesecuzione fino al breakpoint ci posiziona alla fine del ciclo di lettura delle righe del file. Si può notare il contenuto dellarray @lista a fine del ciclo (22 elementi) BREAKPOINT NEL DEBUGGER Fissa un breakpoint alla riga 11

10 BIOINFO3 - Lezione 3810 Lassegnamento ai 2 array @p e @d crea 2 array identici a @lista, anchessi di $n elementi (con indice da 0 $n-1)

11 BIOINFO3 - Lezione 3811 Ora viene eseguito un ciclo, controllato dalla variabile $i sui $n elementi dei array @p e @d. Allinterno del ciclo viene incrementato di 1 li-esimo elemento di @p ($p[$i]) e raddoppiato li-esimo elemento di @d ($d[$i]) $p[$i] prima … …e dopo $d[$i] prima … …e dopo? Perché non viene il doppio?

12 BIOINFO3 - Lezione 3812 Dando un altro comando c al debugger facciamo ripartire lesecuzione. Non essendoci altri break-point settati dopo la riga 11, lesecuzione procede fino alla fine del programma. Notare la stampa dei tre array come desiderato.

13 BIOINFO3 - Lezione 3813 ESERCIZIO Passare al programma un argomento. Verificare che largomento sia esattamente uno, altrimenti far morire il programma con un messaggio derrore. Largomento è il nome di un file di nomi da aprire in lettura. Se il file non esiste far morire il programma con un messaggio derrore. Leggere con un ciclo while le righe del file una alla volta fino alla fine del file, inserendo le righe in coda ad una lista. Stampare la lista ordinata, un elemento per riga (ciclo con listruzione foreach) in un file aperto in scrittura assegnandogli un nome uguale a quello letto, con in più il suffisso.ord

14 BIOINFO3 - Lezione 3814 Vediamo passo passo lesecuzione del programma. Larray @ARGV contiene gli argomenti passati da linea di comando (N.B. non i nomi dei file di redirezione) nomi1 @ARGV $ARGV[0]$ARGV[1] @ARGV in un contesto scalare (!=1) vale 2, che è diverso da 1 e quindi si entra nellif che termina il programma

15 BIOINFO3 - Lezione 3815 Ora @ARGV=(nominonesiste)

16 BIOINFO3 - Lezione 3816

17 BIOINFO3 - Lezione 3817 Ora @lista=(Marta,Anna)

18 BIOINFO3 - Lezione 3818 Ora @lista=(Marta,Anna,Lucia)

19 BIOINFO3 - Lezione 3819 Alla fine della lettura delle righe del file @lista=(Marta,Anna,Lucia,Elda, Irma,Sonia) La lettura successiva restituisce la stringa vuota ($riga= =) cioè falso e quindi si esce dal while

20 BIOINFO3 - Lezione 3820 Dopo listruzione di sort @lista=(Anna, Elda, Irma, Lucia, Marta,Sonia) Si apre quindi il file nomi.ord in scrittura (viene creato se non esiste) associandolo alla handle O O nomi.ord

21 BIOINFO3 - Lezione 3821 @lista=(Anna, Elda, Irma, Lucia, Marta,Sonia) Il foreach esegue un ciclo per ogni elemento della lista quindi farà 6 cicli. In ogni ciclo $a prende il valore di uno degli elementi della lista. Le istruzioni di print sono eseguite sulla handle O e quindi sul file nomi.ord 2 1 3

22 BIOINFO3 - Lezione 3822 Terminati i 6 cicli il foreach termina non trovando più altri elementi in @lista Si può poi verificare il contenuto del file nomi.ord 4 5 6

23 BIOINFO3 - Lezione 3823 ESEMPIO (Esercitazione 5 – es. 3) Leggere un file di nomi (uno per riga) e stampare la frequenza dei nomi (quante volte compare ogni nome). Suggerimento: usare un array associativo avente come indici i nomi e come valori la frequenza Larray associativo è indicato come %freq nel suo complesso. 1 31 %freq Marco Matteo 6 Luca Quanto vale $freq{Matteo}? Quanto vale $freq{Marco}? 3 Quanto vale $freq{Giovanni}? 0 oppure la stringa vuota (dipende dal contesto) Quanto vale keys (%freq) ? (Marco,Matteo,Luca) Quanto vale sort ( keys (%freq)) ? (Luca, Marco, Matteo)

24 BIOINFO3 - Lezione 3824

25 BIOINFO3 - Lezione 3825 $riga dopo il chop vale Luca $freq{$riga}=$freq{Luca}=0 $freq{$riga}++ equivale a $freq{$riga}= $freq{$riga}+1 $freq{Luca}++ equivale a $freq{Luca}=$freq{Luca}+1=0+1=1 %freq 1 Luca

26 BIOINFO3 - Lezione 3826 1 %freq Marco 2 Luca

27 BIOINFO3 - Lezione 3827 1 %freq Matteo 5 Luca 3 Marco Alla fine del ciclo di lettura

28 BIOINFO3 - Lezione 3828

29 BIOINFO3 - Lezione 3829 ESEMPIO (Esercitazione 6 – Esercizio 2) Leggere tutti i nomi dei file della directory corrente, inserirli in una lista solo se non contengono il carattere.. Ordinare e stampare la lista (un nome per riga) Il file. indica la directory corrente Il file.. indica la directory padre della corrente Lopendir è lequivalente della open per le directory anziche per i file normali I nomi dei file contenuti nella directory vengono letti con la funzione readdir anziché con, sempre facendo riferimento alla handle con cui abbiamo aperto la directory

30 BIOINFO3 - Lezione 3830 Il primo file letto è. che però non verifica la condizione dellif. Analogamente per il secondo:.. Pattern matching: VERO se $f non contiene punti. /\./ indica tutte le stringhe che contengono punti Con !~ il pattern matching è VERO se la stringa $f non contiene punti (si fa il not della condizione)

31 BIOINFO3 - Lezione 3831 Poi si continua a ciclare. Tutti i file $f che contengono. non fanno entrare nellif

32 BIOINFO3 - Lezione 3832 Dopo molti cicli in cui vengono letti file contenenti un punto finalmente si trova un file, sequenze senza il punto che viene inserito nellarray @lista

33 BIOINFO3 - Lezione 3833 Finalmente si riesce a terminare lelenco dei file e quindi a far diventare falsa listruzione $f=readdir(D). A questo punto @lista contiene 7 nomi di file: (sequenze, nomi, numeri, nomi1, nomi2, seqfasta, nn)

34 BIOINFO3 - Lezione 3834 Dopo lesecuzione della sort @lista contiene diventa: (nn, nomi, nomi1, nomi2, numeri, seqfasta, sequenze ) Si eseguono quindi 7 cicli col foreach usando la variabile $f come indice del ciclo. $f viene in ogni ciclo stampata sullo STDOUT ovvero a video 1 2 3 4 5

35 BIOINFO3 - Lezione 3835 Al termine del programma avremo 6 7