BIOINFO3 - Lezione 081 create table est( gi int unsigned primary key auto_increment, acc char(8)not null, nome varchar(20), descrizione varchar(255),

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2 BIOINFO3 - Lezione 081 create table est( gi int unsigned primary key auto_increment, acc char(8)not null, nome varchar(20), descrizione varchar(255), sequenza text ); insert into est values(,BU275994, Cr_Emb_01B02_TEXF1,, GGGGAATAATGCTC );

3 BIOINFO3 - Lezione 082 QUERY Ci interessano tutti i nomi degli enzimi ordinati alfabeticamente Vogliamo vedere i nomi degli enzimi, ordinati per lunghezza del nome e, a parità di lunghezza, alfabeticamente

4 BIOINFO3 - Lezione 083 QUERY Vorremmo vedere tutti i nomi degli enzimi e la corrispondente lunghezza della sequenza, ordinati per lunghezza decrescente e, a parità di lunghezza, in ordine alfabetico

5 BIOINFO3 - Lezione 084 QUERY Ci interessa sapere il numero degli enzimi che tagliano in posizione 1

6 BIOINFO3 - Lezione 085 QUERY Ci interessa sapere il nome e la posizione di taglio degli enzimi che tagliano fuori della sequenza

7 BIOINFO3 - Lezione 086 QUERY Come si chiama lenzima che riconosce la sequenza GGATCC Ci interessano i nomi e le sequenze riconosciute degli enzimi che riconoscono sequenze contenenti basi indefinite, ordinati alfabeticamente secondo il nome

8 BIOINFO3 - Lezione 087 BACKUP Per sicurezza, vogliamo effettuare un dump del database

9 BIOINFO3 - Lezione 088 Tabella orfconsensus Tabella orfannotation

10 BIOINFO3 - Lezione 089 Vogliamo selezionare il campo name dalla tabella orfconsensus e il campo description dalla tabella orfannotation relativo ai geni sul chromosoma 1 che vanno dalla base 100 alla base 5000 select orfconsensus.name, orfannotation.description, orfconsensus.chromStart, orfconsensus.chromEnd from orfconsensus,orfannotation where orfconsensus.chromStart>=100 and orfconsensus.chromEnd<=5000 and orfconsensus.name=orfannotation.name and orfconsensus.chrom='chr1';

11 BIOINFO3 - Lezione 0810 Vogliamo selezionare il campo name, chromStat, chromEnd dalla tabella orfconsensus e il campo description dalla tabella orfannotation relativo ai primi 10 geni sul chromosoma 1 che hanno una descrizione che contiene la parola transporter, ordinati per posizione sul cromosoma. select orfconsensus.name, orfannotation.description, orfconsensus.chromStart, orfconsensus.chromEnd from orfconsensus,orfannotation where orfannotation.description like '% transporter %' and orfconsensus.name=orfannotation.name and orfconsensus.chrom='chr1' order by orfconsensus.chromStart limit 10;

12 BIOINFO3 - Lezione 0811 REQUISITI UTENTE Parallelamente (ma spesso è la prima cosa da fare!) bisogna pensare allo schema esterno, cioè al progetto di una interfaccia che permetta agli utenti finali di interagire (tipicamente attraverso INTERNET) in modo intuitivo e semplice (non di certo attraverso SQL!) con il database e la tabella enzimir in particolare. E importante che siano chiare quali saranno le esigenze degli utenti (REQUISITI UTENTE) Nel nostro esempio, tipicamente un utente vorrà poter visualizzare i record del database impostando dei criteri di ricerca. Si potrebbe poi decidere che gli utenti possano anche cancellare o modificare i record oppure inserirne di nuovi

13 BIOINFO3 - Lezione 0812 SCHEMA ESTERNO Query Inserimento Inserimento da file ENZIMI R ENZIMI R. nome sequenza posiz. sito RICERCA nome sequenza posiz. sito INSERISCI nome sequenza posiz. sito MODIFICA nome sequenza posiz. sito CANCELLA file INSERISCI TROVA nomesequenzaposiz. sito Form per linserimento di un record Form per linserimento di un file di record Form per la modifica di un record Form per la cancellazione di un record Pagina WEB iniziale (MENU) Form di ricerca Tabella con i record selezionati

14 BIOINFO3 - Lezione 0813 SCHEMA ESTERNO Pagina WEB iniziale (MENU) Funziona da menu, cioè permette allutente di scegliere quale operazione eseguire tra quelle disponibili Form di ricerca Permette di inserire in alcune caselle di input, corrispondenti ai vari campi, i valori richiesti per i record da visualizzare (o di selezionare i valori da un insieme già predisposto) Tabella con i record selezionati Elenca, sotto forma tabellare, i record selezionati dalla query Form per la modifica di un record Permette di modificare un record selezionato, sostituendo direttamente il valore dei campi Form per la cancellazione di un record Permette di cancellare un record selezionato Form per linserimento di un record Permette di inserire un record, digitando direttamente i valori dei campi nelle corrispondenti caselle Form per linserimento di un file di record Permette di inserire più record, leggendoli da un file, il cui nome è inserito in una casella di input

15 BIOINFO3 - Lezione 0814 ESERCIZIO SQL Supponiamo che esista una tabella di sequenze EST creata con il seguente comando create table est( gi int unsigned primary key, acc char(8), nome varchar(20), descrizione varchar(255), sequenza text )

16 BIOINFO3 - Lezione 0815 ESERCIZI SQL Selezionare tutti i nomi delle est in ordine alfabetico select nome from est order by nome Selezionare le sequenze delle est che non contengono nucleotidi indefiniti (N) select sequenza from est where not (sequenza like %N%) OPPURE select sequenza from est where sequenza not like %N% Selezionare tutte le sequenze est e la loro lunghezza ordinate per lunghezza crescente select sequenza,length(sequenza) from est order by length(sequenza)

17 BIOINFO3 - Lezione 0816 ESERCIZI SQL Selezionare gi e sequenza delle est che non contengono N e sono di lunghezza superiore a 200 basi, ordinate per gi select gi, sequenza from est where sequenza not like %N% and length(sequenza)>200 order by gi

18 BIOINFO3 - Lezione 0817 LE PROSSIME LEZIONI Nelle prossime lezioni impareremo a progettare delle pagine web contenenti delle form in grado di ricevere degli input dallutente Impareremo successivamente anche a scrivere dei semplici programmi per interpretare gli input ricevuti, interagire con il database e restituire allutente delle pagine web con i risultati opportunamente formattate

19 BIOINFO3 - Lezione 0818 RIEPILOGO Progettazione di un database di enzimi di restrizione (creazione di un modello informatico di un aspetto ben preciso e limitato del mondo reale) Analisi Schema concettuale Schema logico Implementazione Schema esterno Query a volontà...