Area Governo Clinico Knowledge Management Perché e come il Clinico deve consultare Medline-PubMed Dott. Carlo Descovich UOC Governo Clinico Staff Direzione.

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1 Area Governo Clinico Knowledge Management Perché e come il Clinico deve consultare Medline-PubMed Dott. Carlo Descovich UOC Governo Clinico Staff Direzione Aziendale AUSL Bo Sabato 9 ottobre 2010 - Aula Informatica – Polo Formazione Ausl di Bologna Via di Porta Sant Isaia, 94/A

2 Obiettivi: conoscenza delle dinamiche di gestione delle citazioni in PubMed e della sua interfaccia grafica conoscenza dei termini MeSH e loro utilizzo conoscenza delle regole di sintassi per ricerche in PubMed (operatori booleani, tag…) regole per ottimizzare le ricerche conoscenza di strumenti di gestione delle ricerche conoscenza dello strumento Clinical Queries …suggerimenti?

3 RB Haynes. Evid. Based Med. 2006;11;162-164 The Evolution of information services for evidence-based healthcare decisions

4 Utilità di una banca dati di studi primari per il clinico: scarsità a tutt’oggi di pubblicazioni secondarie “EBM oriented” (sinopsi) poche revisioni sistematiche, concentrate in topic limitati esigenza di informazioni dettagliate su studi primari (es. criteri di inclusione dei pazienti) esigenze di ricerca (foreground questions) esigenza di aggiornamento specifico … (to be continued!)

5 Slawson et al. J Fam Pract 1994 Uselfulness of Medical Information = Relevance x Validity Work

6 Banche Dati di Lavori Primari MEDLINE EMBASE BD SPECIALISTICHE NB: non esiste un unico Database che contenga tutti i lavori pubblicati!

7 PubMed

8 Tutorials. PubMed

9 Pubmed Banca dati sviluppata dalla National Center for Biotechnology Information (NCBI) settore della National Library of Medicine (NLM) del National Institute of Health (NIH) americano Vengono archiviati articoli di circa 4.800 riviste di oltre 70 paesi e 30 lingue (oltre 14 milioni di citazioni) Old Medline: citazioni archiviate prima del 1966, senza indicizzazione.

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11 PubMed – L’interfaccia grafica - 1 Casella e comandi di ricerca Database di riferimento Comandi aggiuntivi di ricerca Strumenti aggiuntivi di ricerca

12 PubMed – L’interfaccia grafica - 2 Comandi di visualizzazione dei risultati della ricerca Record (articolo) Filtri e strumenti aggiuntivi

13 PubMed – L’interfaccia grafica - 3 Articolo Collegamenti Full Text Articoli correlati

14 Pubmed - STRUTTURA Il database è organizzato in Record (un recordo = una citazione = un articolo) Ogni Record è composto da Campi che lo caratterizzano (titolo, autore, rivista, data…) Uno dei campi viene definito dagli operatori che gestiscono il database di PubMed con delle parole che identificano gli argomenti dell’articolo (MeSH term)

15 RECORD Campo TITOLO Campo ABSTRACT

16 Campi AUTORE Campi PUB TYPE Campi MeSH

17 CampoDescrizioneTAG Author NameNomi degli Autori dell’articolo[au] JournalTitolo abbreviato della Rivista°[jour] LanguageLingua di pubblicazione[la] Date of PublicationData di pubblicazione[dp] Publication TypeTipo di pubblicazione[pt] Text wordStringa di testo # [tw] TitleTitolo[ti] MeSHTermine di indicizzazione § [mh] Major Topic Termine MeSH che indica gli aspetti principali dell’articolo [majr] MeSH SubheadingSpecifiche del termine MeSH[sh] ° vedi Journal Browser § vedi MeSH Browser # ricerca estesa ai campi Title, Abstact, MeSH, Pubblication Type, Subheading, Substance

18 PubMed MeSH (Medical Subject Headings) È un vocabolario controllato aggiornato annualmen- te, con una organizzazione gerarchica ad albero delle terminologie mediche. Nella fase di indicizzazione, vengono attribuiti alla citazione i termini MeSH (keywords) che identificano gli argomenti trattati nell’articolo. Fra le parole chiave MeSH selezionate, alcune sono evidenziate con un asterisco ad identificare l’argomento principale dell’articolo (major topic)

19 PubMed MeSH (Medical Subject Headings) Ogni termine MeSH può inoltre essere ulteriormente specificato con ancora maggior dettaglio dai SUBHEADING, definizioni puntuali proprie per ogni termine MeSH Lo strumento di PubMed per utilizzare i termini MeSH è il MeSH Database

20 PubMed MeSH (Medical Subject Headings)

21 Regole di sintassi. scrivere i termini della ricerca unendoli con gli opertatoi booleani (AND, OR, NOT) scritti in maiuscolo es Paziente AND intervento AND confronto… scrivere le definizioni dei campi (tag) entro parentesi quadre es. Rossi[au], diuretic[ti]… PubMed

22 Regole di sintassi. il carattere “*” di troncamento permette di estendere la ricerca a più termini partendo dalla radice di una parola es. risk* = risk, risks, risk-taking… per ricercare una frase intera, scriverla fra virgolette es. “heart failure”, “transient ischaemic attack” PubMed

23 Strategie di ricerca - Gli operatori booleiani. AND: seleziona articoli che contengono contemporaneamente i termini della ricerca (operatore di inserzione) Es. diuretic [tw] AND “heart failure” [tw]= 1.963 citazioni PubMed

24 Strategie di ricerca - Gli operatori booleiani. OR: seleziona articoli che contengono almeno uno dei termini della ricerca (operatore di unione) Es. diuretic [tw] OR “heart failure” [tw]= 95.143 citazioni PubMed

25 PubMed Strategie di ricerca - Gli operatori booleiani. NOT: seleziona articoli che contengono solo il primo di due o più termini di ricerca (operatore di esclusione) Es. diuretic [tw] NOT “heart failure” [tw]= 12.042 citazioni

26 Strategie di ricerca - Gli operatori booleiani. Quando si usano più operatori, PubMed processa in ordine il primo da sinistra che incontra nella stringa, quindi usare le parentesi per definire i termini di ricerca. Esempio per cercare i lavori sullo scompenso cardiaco trattato con diuretici o beta bloccanti: “heart failure” [tw] AND diuretic [tw] OR “beta blocker” [tw] “heart failure” [tw] AND (diuretic [tw] OR “beta blocker” [tw]) PubMed

27 Clinical Queries Sono strumenti di ricerca adattati allo scopo/quesito di partenza. Nascono da stringhe strutturate per ottimizzare i risultati (in termini di sensibilità e specificità) della ricerca. PubMed

28 Primary research Haynes RB, et al. J Am Med Inform Assoc 1994;1:447-58 Etiology Max Sens. risk*[Title/Abstract] OR risk*[MeSH:noexp] OR risk *[MeSH:noexp] OR cohort studies[MeSH Terms] OR group*[Text Word] Max Spec. (relative[Title/Abstract] AND risk*[Title/Abstract]) OR (relative risk[Text Word]) OR risks[Text Word] OR cohort studies[MeSH:noexp] OR (cohort[Title/Abstract] AND stud*[Title/Abstract]) Diagnosis Max Sens. sensitiv*[Title/Abstract] OR sensitivity and specificity[MeSH Terms] OR diagnos*[Title/Abstract] OR diagnosis[MeSH:noexp] OR diagnostic * [MeSH:noexp] OR diagnosis,differential[MeSH:noexp] OR diagnosis[Subheading:noexp] Max Spec. specificity[Title/Abstract] Prognosis Max Sens. incidence[MeSH:noexp] OR mortality[MeSH Terms] OR follow up studies[MeSH:noexp] OR prognos*[Text Word] OR predict*[Text Word] OR course*[Text Word] Max Spec. prognos*[Title/Abstract] OR (first [Title/Abstract] AND episode[Title/Abstract]) OR cohort [Title/Abstract] Therapy Max Sens. (clinical[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]) OR clinical trials[MeSH Terms] OR clinical trial[Publication Type] OR random*[Title/Abstract] OR random allocation[MeSH Terms] OR therapeutic use [MeSH Subheading] Max Spec. randomized controlled trial[Publication Type] OR (randomized[Title/Abstract] AND controlled[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]) Clinical Queries PubMed

29 PubMed

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31 ESERCITAZIONE - 1 Partendo da un quesito clinico (es PICO), sviluppare la corretta stringa di ricerca.

32 ESERCITAZIONE - 1 Una mamma vi porta il proprio bambino perché dopo aver consultato vari “specialisti” non ha ancora capito cosa sia meglio fare. Il bambino soffre di otiti ricorrenti e alcuni “specialisti” le hanno consigliato di fare una terapia antibiotica profilattica, approccio che altri “specialisti” hanno invece sconsigliato. Cosa dicono le evidenze disponibili in merito?

33 ESERCITAZIONE - 1 a)Accuratezza diagnostica della PCR nella appendicite acuta b)Rischio di Guillain-Barrè dopo vaccinazione influenzale c) La retinopatia nei pazienti con diabete tipo 1 d) Efficacia dell’ivermectina per os nel trattamento della pediculosi di difficile gestione.

34 a) Accuratezza diagnostica della PCR nella appendicite acuta CRP, APPENDICITIS b) Rischi di Guillain-Barrè dopo vaccinazione influenzale FLU, VACCINATION c) La retinopatia nei pazienti con diabete tipo 1 TYPE 1 DIABETES, RETINOPATHY d) Efficacia dell’ivermectina per os nel trattamento della pediculosi di difficile gestione. IVERMECTIN, LICE

35 Strumenti di gestione delle ricerche. HISTORY. Strumento che memorizza le ricerche effettuate (conservandole per circa 8 ore) e permette di combinarle con strumenti di associazione. Ci si accede dal comando “ADVANCED SEARCH” PubMed

36 HISTORY.

37 Strategie di ricerca – Come cambiare sensibilità e specificità della ricerca. Estendere i termini di ricerca usando testo [tw], tag specifiche (es. [au], [ti], [majr]…) o termini troncati (es. infect*) Utilizzare lo strumento Limits… PubMed

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39 ESERCITAZIONE - 2 Ottimizzare la strategia di ricerca.

40 ESERCITAZIONE - 2 Dalla ricerca effettuata sull’efficacia della terapia antibiotica profilattica per le otiti ricorrenti, volete considerare solo i lavori in inglese o italiano, su bambini. Successivamente, limitate la ricerca solo ai Core Clinical Journals.

41 ESERCITAZIONE - 2 a)Accuratezza diagnostica della PCR nella appendicite acuta, solo metanalisi in inglese b)Rischi di Guillain-Barrè dopo vaccinazione influenzale, lavori pubblicati negli ultimi 2 anni su soggetti sosso i 18 anni. c) La retinopatia nei pazienti con diabete tipo 1, solo lavori in italiano d) Efficacia dell’ivermectina per os nel trattamento della pediculosi di difficile gestione, solo articoli in italiano o inglese, su bambini fra i 6 e i 12 anni di età, pubblicati su Core Clinical Journals.

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43 ESERCITAZIONE - 4 Utilizzare lo strumento Single Citation Matcher

44 a) Ann Emerg Med. 2006 May;47(5):448-54. b) JAMA. 2006 Jan 11;295(2):199-207. c) N Engl J Med 2006; 355: 1300-1303 d) BMJ 2006; 333: 675-681. e) J Trauma. 2006 Sep;61(3):558-66. ESERCITAZIONE - 4

45 PubMed Comandi aggiuntivi

46 PubMed Lo strumento Clipboard

47 My NCBI Strumenti aggiuntivi personalizzabili di gestione di ricerche complesse. Scheduler e-mail alert LABORATORI EBM – Medline PubMed PubMed

48 My NCBI LABORATORI EBM – Medline PubMed PubMed

49 Biblioteca On Line