Molti processi chimici e fisici, non solo fisiologici, sono il frutto delle interazioni di ligandi con macromolecole, specialmente con proteine. I più.

Presentazione sul tema: "Molti processi chimici e fisici, non solo fisiologici, sono il frutto delle interazioni di ligandi con macromolecole, specialmente con proteine. I più."— Transcript della presentazione:

1 Molti processi chimici e fisici, non solo fisiologici, sono il frutto delle interazioni di ligandi con macromolecole, specialmente con proteine. I più comuni sono le interazioni degli enzimi con i loro substrati e con altre molecole che ne influenzano l'attività. Vi sono inoltre le interazioni degli ormoni con i recettori degli ormoni, le interazioni delle piccole molecole con le proteine che ne garantiscono il trasporto, quelle tra ioni ed acidi nucleici o proteine, e così via. TERMODINAMICA DEL LEGAME CON SUBSTRATI

2 Prima di discutere l'associazione di ligandi su più siti di una macromolecola è utile discutere brevemente la distinzione tra costante microscopica e costante macroscopica. COSTANTE MACROSCOPICA E MICROSCOPICA Un esempio concreto è la titolazione dell'amminoacido glicina: esso può essere visto come un acido dibasico. Indichiamo le forme aventi due, uno e nessun protone rispettivamente come: GH 2 +, GH e G -.

3 costanti macroscopiche: Gli equilibri macroscopici sono: GH 2 +  GH + H + GH  G - + H + I due valori di pK possono essere ottenuti dalla titolazione a 25° C ed estrapolando a forza ionica zero; essi sono pK 1 = 2.35 e pK 2 = 9.78.

4 Esaminiamo adesso gli stati microscopici della glicina durante la titolazione. Nell'insieme ci sono quattro forme: GH 2 + = + H 3 NCH 2 COOH GH = + H 3 NCH 2 COO – + H 2 NCH 2 COOH G – = H 2 NCH 2 COO –

5 Riscrivendo le costanti di equilibrio macroscopiche si ha: Le quattro costanti microscopiche non sono indipendenti:

6 una quarta relazione può essere ottenuta assumendo che la costante k 2 abbia lo stesso valore della costante di dissociazione singola dell'estere metilico della glicina: Secondo questa assunzione si ha pk 2 = 7.7. Conoscendo i valori di pK 1 e pK 2, dati precedentemente, si possono ottenere gli altri tre valori delle costanti microscopiche: pk 1 = 2.35 pk 3 = 9.78 pk 4 = 4.43

7 Consideriamo una molecola A che abbia due siti equivalenti per un ligando specifico; per esempio A potrebbe essere un acido dicarbossilico con una lunga catena alifatica, nel quale la costante di dissociazione è la stessa per ciascun gruppo carbossilico, quando non vi siano influenze sullo stato di ionizzazione dell'altro gruppo (questa condizione può essere rispettata se la catena alifatica è lunga abbastanza da rendere trascurabili le interazioni elettrostatiche tra i due gruppi carbossilici).

8 La chimica di un gruppo funzionale dipende dal proprio intorno chimico. Esempio: variazioni di pK in funzione della lunghezza di catena. EquilibriopK 1 pK 2 NH 3 + -CH(CH 3 )-COOH  NH 3 + -CH(CH 3 )-COO   NH 2 -CH(CH 3 )-COO  2.349.69 +Ala-Ala  +Ala-Ala   Ala -Ala  3.128.30 +Ala-Ala-Ala  +Ala-Ala-Ala   Ala Ala-Ala  3.398.03 +Ala-Ala-Ala-Ala  +Ala-Ala-Ala-Ala   Ala-Ala-Ala-Ala  3.427.94

9 Gli equilibri macroscopici sono: A + H + A(H + ) 1 A(H + ) 1 + H + A(H + ) 2 e le costanti di dissociazione macroscopiche sono date da:

10 Gli equilibri microscopici possono essere schematicamente scritti in questo modo: A + H + AH + A + H + + HA AH + + H + + HAH + + HA + H + + HAH + dove la costante di dissociazione k è la stessa per ciascun equilibrio HOOC L -(CH 2 ) n -C R OOH

11 Le forme macroscopiche possono essere descritte tenendo conto delle forme microscopiche nel modo seguente: A = A A(H + ) 1 = AH + + + HA A(H + ) 2 = + HAH + dalle equazioni precedenti si può concludere che: In questo modo, anche se la costante di dissociazione microscopica è la stessa per ciascuna ionizzazione, gli effetti statistici rendono la prima costante macroscopica apparente quattro volte più piccola della seconda

12 SITI INDIPENDENTI ED IDENTICI Calcolo del numero delle specie microscopiche Consideriamo una macromolecola M che contiene n siti per il ligando L. Ciascun sito ha la stessa costante di dissociazione microscopica, k. I siti sono indipendenti. Gli equilibri coinvolti sono: M o + L  M 1 M 1 + L  M 2...................... M n-1 + L  M n

13 In generale ci sono  n,i modi diversi di mettere i ligandi su n siti, dove: P. es., se n=4 e se rappresentiamo schematicamente la macromolecola con un quadrato con quattro siti:

14 = moli di ligando legato per mole di macromolecola

15 La costante di dissociazione k si riferisce all’equilibrio di una particolare specie microscopica mentre la costante macroscopica K i coinvolge l’intero insieme di specie che sono rappresentate da M i ed M i-1

16 K 1 sarà data da:

17 La relazione tra K i e k è proporzionale ai fattori statistici  n,i quindi Usando espressioni simili per [M i-1 ], [M i-2 ] etc., si ottiene:

18 nella definizione di Il termine in produttoria è identico a  n,i :

19 nell’espressione precedente Il denominatore dell’espressione precedente è semplicemente l’espansione della potenza di un binomio:

20 differenziando l’espressione precedente rispetto ad [L]/k e poi moltiplicando ancora per [L]/k si ottiene: sostituendo le due precedenti espressioni nella definizione di :

21 Ovvero: