Sebbene i polipeptidi in soluzione possano assumere facilmente, in certe condizioni, alcune forme ordinate stabili, essi possono anche interconvertirsi.

Presentazione sul tema: "Sebbene i polipeptidi in soluzione possano assumere facilmente, in certe condizioni, alcune forme ordinate stabili, essi possono anche interconvertirsi."— Transcript della presentazione:

1 Sebbene i polipeptidi in soluzione possano assumere facilmente, in certe condizioni, alcune forme ordinate stabili, essi possono anche interconvertirsi tra diverse forme ordinate oppure tra forme ordinate e forme disordinate (definite come gomitoli statistici). EQUILIBRI CONFORMAZIONALI DI POLIPEPTIDI E PROTEINE: LA TRANSIZIONE ELICA-GOMITOLO

2 Le variazioni conformazionali avvengono in risposta a variazioni di alcuni parametri esterni, come temperatura, pH, forza ionica o tipo di solvente. In molti casi sono sufficienti piccole variazioni per dare luogo a riarrangiamenti strutturali importanti. I riarrangiamenti possono essere seguiti attraverso misure spettroscopiche, come ORD e CD, oppure con misure di proprietà idrodinamiche (viscosità, coefficiente di sedimentazione etc.).

3 E' noto (da dati di cristallografia a raggi X, spettroscopia infrarossa, rotazione ottica, viscosità ed altre tecniche) che i polipeptidi possono adottare conformazioni  -elicoidali sia nello stato cristallino che in soluzione. Questa struttura coinvolge un efficace sistema di legami idrogeno nei quali l'ossigeno carbonilico del residuo i-esimo è legato all'idrogeno ammidico del residuo i+4-esimo.

4 Questo polimero contiene gruppi carbossilici ionizzabili cosicché la sua carica elettrica totale è funzione del pH. IL CASO DEL POLI-L-GLUTAMMATO

5 Le variazioni di rotazione ottica e di viscosità sono così nette che il fenomeno viene chiamato processo cooperativo, cioè un tipo di fenomeno "tutto-o-niente" dove la molecola preferisce stati o completamente elicoidali o completamente disordinati, ed evita stati intermedi. Qualche volta viene anche adoperato il termine "transizione di fase", in analogia con le variazioni nette delle proprietà che hanno luogo in una transizione di fase come per esempio la fusione da solido a liquido. Queste ultime sono fenomeni veramente discontinui, mentre le transizioni conformazionali sono fenomeni che mantengono il carattere di continuità.

6 Le transizioni elica-gomitolo possono anche essere indotte dalla temperatura ed inoltre la formazione di eliche mostra una certa dipendenza dalla lunghezza della catena polimerica. La figura mostra l'ellitticità molare della banda di dicroismo circolare a 222 nm in funzione della lunghezza di catena di un oligomero del N-carbobenzossi-  - etil-L-glutammato in trifluoroetanolo.

7 MECCANISMO MOLECOLARE DELLA TRANSIZIONE perché è così difficile iniziare la transizione e come mai una volta iniziato il processo procede facilmente? La figura mostra schematicamente le connessioni dei legami idrogeno di un'  -elica. La catena inizialmente possiede una distribuzione statistica di configurazioni per la quale un singolo residuo può adottare una certa varietà di coppie di angoli diedri , .

8 Se viene incoraggiata la formazione incipiente di un legame idrogeno, per es. abbassando la temperatura, viene incontrata una certa difficoltà a formare il primo legame idrogeno poiché devono essere immobilizzati 6 angoli di rotazione. Questo processo porta ad una perdita di entropia conformazionale con l'unica compensazione dovuta alle interazioni favorevoli che nascono da un singolo legame idrogeno. Tuttavia il secondo ed i legami idrogeno successivi non devono superare questa barriera entropica sfavorevole dal momento che essi si formano, in successione, adiacenti al primo. Questo succede perché, una volta formatosi il primo legame idrogeno, quelli adiacenti necessitano di immobilizzare soltanto una coppia ,  di angoli di rotazione.

9 Oltre al guadagno energetico portato dalla formazione dei legami idrogeno, la struttura compatta dell'elica favorisce interazioni dipolo- dipolo significative tra gruppi ammidici separati da alcuni residui. In questo modo l'energia dipolare di un'elica può essere elevata; inoltre la dipendenza di questo contributo alla stabilizzazione dalla lunghezza dell'elica ha un effetto sulla cooperatività. Posizione del dipolo elettrico in un gruppo ammidico

10 In un'  -elica i dipoli ammidici si allineano approssimativamente in modo parallelo all'asse dell'elica, quindi l'interazione tra dipoli ammidici successivi è repulsiva; tuttavia l'interazione di un certo dipolo con uno più distante può diventare favorevole quando i due hanno un allineamento testa-coda. Le interazioni di un dipolo con il terzo successivo sono molto favorevoli.

11 E' stato stimato che un dato residuo raggiunge la massima stabilizzazione dipolare possibile se è seguito da circa dieci unità elicoidali. In altre parole, i residui vicini alla fine della sequenza elicoidale avranno energia sfavorevole e quindi l'effetto dell'interazione dipolare sarà quello di scoraggiare la formazione di molte sequenze elicoidali corte (dove il numero di residui vicino la "fine dell'elica" è grande) e di incoraggiare la formazione di lunghe sequenze dove il numero di interazioni dipolari è ottimizzato. Questo aspetto porta un altro contributo importante alla cooperatività della formazione dell'elica.

12 PRIMO MODELLO: TRATTAMENTO TERMODINAMICO SEMPLICE DELLA TRANSIZIONE CONFORMAZIONALE Ciascuna catena viene assunta essere o tutta elica o tutta gomitolo senza situazioni in cui i due tipi di strutture coesistono nella stessa catena. Questo significa che quando la frazione di  -elica, , è 0.5 metà delle molecole sono tutte in elica e l'altra metà sono tutte in gomitolo.  G, per convertire un residuo in gomitolo in uno in elica legato da legame idrogeno è:  G r =  H r - T  S r dove  H r e  S r sono le variazioni di entropia e di entalpia per residuo.

13 La variazione di entalpia è associata alla formazione di legami idrogeno e la variazione di entropia dipende dalla differenza in libertà conformazionale tra un residuo in gomitolo ed uno in elica. Non vengono considerati effetti dovuti al solvente. La variazione di energia libera totale per una transizione di una catena di n residui non è semplicemente n  G r a causa degli effetti terminali.

14 Infatti, agli estremi dell'elica c'è una mancanza di quattro legami idrogeno: nel terminale amminico vi sono quattro gruppi N-H donatori senza partner, analogamente nel terminale carbossilico vi sono quattro gruppi C=O accettori spaiati. Allo stesso modo, la libertà conformazionale dei due residui terminali è indipendente dallo stato di elica o di gomitolo della catena.

15  G tot = (n-4)  H r - (n-2)T  S r La costante di equilibrio K è Se n è grande è facile capire che piccole variazioni di k, dovute per esempio a variazioni di temperatura, possono causare grandi variazioni nella costante di equilibrio macroscopica K

16 Calcoliamo la dipendenza della temperatura, relativa a metà transizione (T m ) dalla lunghezza di catena n. Per T=T m avremo che  G tot =0 e K=1, quindi: per n  5 T m dipende dalla lunghezza della catena. Per n=5 si ha T m =(1/3)  H r /  S r ;se n è molto grande, T m tende asintoticamente a  H r /  S r. La variazione di T m con n non è significativa sopra n = 30. Buon accordo qualitativo con i risultati sperimentali, ma basso accordo quantitativo: T m varia in un intervallo più ampio di valori di n.

17 Calcoliamo la dipendenza del grado di cooperatività della transizione dalla lunghezza della catena che è definito dalla pendenza della curva  (T) nel punto  =1/2 o T=T m.  rappresenta la frazione di residui che sono in elica. Dobbiamo ottenere un'espressione per (d  /dT) nel punto T=T m. per T=T m  =1/2 per T=T m :

18 applicando la relazione di van't Hoff: poichè per eguagliando le due espressioni per

19 Secondo l'equazione precedente il grado di cooperatività aumenta con la lunghezza della catena; questa predizione è in accordo qualitativo con le osservazioni sperimentali. L'aumento del grado di cooperatività è dovuto semplicemente all'aumento della variazione di entalpia al crescere del numero di residui. L'equazione trovata predice pure che il grado di cooperatività aumenta sempre all'aumentare del numero di residui, ma questo risultato non è in accordo con i dati sperimentali.

20 Il fallimento di questa trattazione termodinamica semplice nell'accordo quantitativo con i dati sperimentali è una conseguenza dell'assunzione troppo restrittiva che una catena possa esistere solo e completamente o in elica o in gomitolo statistico. Quanto più lunga è la catena tanto più grande sarà la probabilità di avere regioni in elica separate da sezioni in gomitolo.