RNS_BOVIN ANG1_MOUSE TPA_HUMAN UROK_HUMAN

Presentazione sul tema: "RNS_BOVIN ANG1_MOUSE TPA_HUMAN UROK_HUMAN"— Transcript della presentazione:

1 RNS_BOVIN ANG1_MOUSE TPA_HUMAN UROK_HUMAN
Provate ad allineare RNS_BOVIN ANG1_MOUSE Oppure TPA_HUMAN UROK_HUMAN

2 DOMINI I domini proteici sono delle strutture ripiegate in maniera compatta con un loro proprio nucleo idrofobico . I domini di proteine che si sono evolute recentemente sono frequentemente codificati da esoni diversi e riflettono la fusione genica di moduli piu’ semplici . Sebbene i domini rappresentino un livello importante nella gerarchia organizzativa delle proteine, non tutte le proteine possono essere descritte come strutture multidominio.

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4 un metodo che misuri in base alla matrice di punteggio scelta e al la penalizzazione per i gap e per le loro estensioni scelte tutti i punteggi per tutti i possibili allineamenti di due sequenze, e’ molto dispendioso in termini di tempo e si puo applicare solo a poche sequenze alla volta. non si puo’ applicare per cercare in una banca dati sequenze omologhe alla nostra ATTGGLPPDRTGH | | | || ASGGQRPR---GH | || | || AS-GGQRPR--GH | | | | || ASGGQRP--R-GH

5 Metodi euristici 1) Si utilizzano metodi rapidi approssimati che consentono di selezionare da una bancadati le sequenze che piu’ probabilmente sono simili a quella di nostro interesse (query sequence) e si localizza la regione di similarieta’ in esse. 2) si restringe l’allinemanto solo alle sequenze della banca dati selezionate e solo ad alcune regioni di esse

6 Matrici di sostituzione (log-odds matrices)
Per una famiglia di proteine ben conosciute: si allineano le sequenze si contano le mutazioni ad ogni posizione si calcola il numero di volte che per esempio ser e’ sostiuta da thr e si divide per la frequenza di ser e di thr, cioe’ per la numero di volte atteso per una sostituzoione casuale di ser in thr (Leu, Ile): 2 (Leu, Cys): -6 ... Punteggi positivi:gli amminoacidi sono stati considerati simili dall’evoluzione e sono stati sostituiti l’uno nell’altro piu’ frequentemente di quando sarebbe accaduto per caso. Punteggi negativi:gli amminoacidi sono stati considerati dissimili dall’evoluzione e sono stati sostituiti l’uno nell’altro meno frequentemente di quanto sarebbe dovuto accadere per caso. PAM250

7 BLAST AAAERTYPFGRTSF..... si può scomporre in tante parole di lunghezza w. se w=3 avremo AAA, AAE,AER, ERT,RTY,YPF..... se si allinea AAA con AAA si ottiene un certo punteggio usando per esempio PAM250=6,allineando AER con AER =12. selezioniamo le parole che diano un punteggio per esempio >10 tipo AER

8 Cerchiamo nella banca dati tutte le sequenze che contengano la parola AER
AAAERTYPFGRTST query AAAERSFGGLWAA db a partire dalla parola allineata tra la query e la sequenza della db, cerchiamo di allungare l’allineamento fino a quando il punteggio che daremmo utilizzando PAM250 si mantiene alto

9 http://us.expasy.org/tools/ - similarity
provate il primo ed il terzo link a blast VSLLDFNGNMSQVTGETTLLYKEIARNVEKTKKIKIIDFGIGQPDLPTFKRIRDAAKEAL DQGFTFYTSAFGIDELREKIAQYLNTRYGTDVKKEEVIVTPGAKPALFLVFILYINPSDE VILPDPSFYSYAEVVKLLGGKPIYANLKWSREEGFSIDVDDLQSKISKRTKMIVFNNPHN PTGTLFSPNDVKKIVDISRDNKIILLSDEIYDNFVYEGKMRSTLEDSDWRDFLIYVNGFS KTFSMTGWRLGYIVAKREIIQKMGILAANVYTAPTSFVQKAAVKAFDTFDEVNQMVSLFK KRRDVMYDELTKVKGVEVSKPNGAFYMFPNVSKILKTSGFDVKSLAIKLIEEKGVVTIPG EVFPLNIGKEFLRLSFAVNEEVIKEGIQKIREFAEQMMNSR

10 UN ALLINEMENTO MULTIPLO RIFLETTE LA STRUTTURA DELLE PROTEINE

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12 COME SI COSTRUISCE UN CONSENSO

13 COME COSTRUIRE UN PATTERN

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15 COME SI COSTRUISCE UN PATTERN

16 dopo aver mandato l’analisi cliccate su PDOC00098
dopo aver mandato l’analisi cliccate su PDOC00098 secuite l’EC number e andate sulla banca Brenda VSLLDFNGNMSQVTGETTLLYKEIARNVEKTKKIKIIDFGIGQPDLPTFKRIRDAAKEAL DQGFTFYTSAFGIDELREKIAQYLNTRYGTDVKKEEVIVTPGAKPALFLVFILYINPSDE VILPDPSFYSYAEVVKLLGGKPIYANLKWSREEGFSIDVDDLQSKISKRTKMIVFNNPHN PTGTLFSPNDVKKIVDISRDNKIILLSDEIYDNFVYEGKMRSTLEDSDWRDFLIYVNGFS KTFSMTGWRLGYIVAKREIIQKMGILAANVYTAPTSFVQKAAVKAFDTFDEVNQMVSLFK KRRDVMYDELTKVKGVEVSKPNGAFYMFPNVSKILKTSGFDVKSLAIKLIEEKGVVTIPG EVFPLNIGKEFLRLSFAVNEEVIKEGIQKIREFAEQMMNSR