POSTGENOMICA O GENOMICA FUNZIONALE

Presentazione sul tema: "POSTGENOMICA O GENOMICA FUNZIONALE"— Transcript della presentazione:

1 POSTGENOMICA O GENOMICA FUNZIONALE
Analisi della sequenza genomica per identificare geni, sequenze di controllo, e tutti gli altri elementi che contribuiscono all’espressione di geni specifici e del genoma nel suo insieme e Studio del trascrittoma: studio dei trascritti di una cellula per comprendere lo schema di espressione del genoma nel suo insieme Tecnica: microarray di espressione Studio della variabilità cellulare dell’espressione genica Tecnica: PCR quantitativa (RealTime PCR) Studio del proteoma: studio del contenuto proteico di una cellula per comprendere tutte le sue capacità biochimiche Tecnica: microarray di proteine

2 Analisi di una libreria di cDNA attraverso microarray
Microarray: deposizione (“stampa”) su vetrino di materiale particolare di microscopiche gocce. Ogni spot è uno specifico cDNA ottenuto per PCR gene-specifica dopo trascrizione inversa. Assetto ordinato in griglie dell’ intera libreria di cDNA. Campione: estrazione di RNA cellulare, conversione a cDNA con marcatura con fluorescenza di tutti i cDNA (diversa fluorescenza per i diversi campioni cellulari) Ibridazione ed esame microarray secondo tipo cellulare un tipo cellulare

3 Studio del trascrittoma attraverso microarray con cDNA
Esempio: valutazione dell’ espressione genica nel campione sperimentale trattato Esperimento Es: trattamento farmaco Esperimento: trattamento farmaco Immagine combinata controllo

4 Studio del trascrittoma attraverso chip a DNA
Microarray ad alta densità con oligo sintetizzati in superficie (1 milione/cm2); Uno o più oligo corrispondono ad un DNA (gene) espresso

5 Studio del trascrittoma attraverso microarray con DNA

6 Studio del trascrittoma attraverso chip a DNA

7 Studio del trascrittoma attraverso chip a DNA
Chip con 1046 cDNA Chip con oligonucleotidi rappresentante 1641 geni

8 Studio del proteoma La differenza tra due proteomi si può osservare confrontando lo schema delle macchie Purificazione proteina da gel Identificazione della composizione amminoacidica in funzione del rapporto tra massa e carica