ESERCITAZIONE BIOINFORMATICA

Presentazione sul tema: "ESERCITAZIONE BIOINFORMATICA"— Transcript della presentazione:

1 ESERCITAZIONE BIOINFORMATICA
ALLE 16.15 AULA 17

2 Complesso d’inizio di pol III

3 Promotore minimo di pol II

4 Assemblaggio del complesso di inizio su un promotore Pol II Pol Pol II
TATA -1 -2 -3 -4 -5 1 2 TFII D TFII A TFII B Pol II TFII E 1 TBP + vari TAF TFIIF

5 Complesso d’inizio di pol II

6 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

7 Complesso d’inizio di pol II

8 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

9 Gli elementi di un promotore possono essere determinati
mediante geni “reporter”

10 I confini di un promotore possono essere determinati
mediante analisi di delezioni progressive attività 100 reporter reporter 100 reporter 100 reporter 100 reporter 30 reporter

11 Gli elementi di un promotore possono essere determinati
mediante analisi di mutazioni sito-specifiche

12 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

13 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

14 Elementi del promotore della metallotioneina

15 Altri elementi del promotore di pol II

16 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

17 Funzionamento degli Enhancer

18 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

19 Elementi Enhancer

20 Ruolo degli Isolatori

21 Possono essere distinti in: - Fattori generali - Attivatori
FATTORI DI TRASCRIZIONE NEGLI EUCARIOTI Trans-acting factors = fattori che agiscono in trans Transattivatori = attivatori che agiscono in trans Possono essere distinti in: - Fattori generali - Attivatori costitutivi inducibili

22 Attivatori costitutivi
Modulo Attivatore DNA occupato Consenso Distribuzione CAAT box CTF/NF1 22 bp GGCCAATCT ubiquitaria GC box SP1 20 bp GGGCGG Ottamero Oct-1 ATTGCAT Oct-2 23 bp linfoidi kB NFkB 10 bp GGGACTTTCC ATF GTGACGT

23 Attivatori inducibili e elementi di risposta
Agente regolatore Elemento di risposta Consenso Fattore Dimensioni (dalton) Shock termico HSE CNNGCCNNTCCNNG HSTF 93.000 Glucocorticoidi GRE TGGTACAAATGTTCT GR 94.000 Cadmio MRE CGNCCCGGNCNC MTF1 80.000 TPA TRE TGACTCA AP1 39.000 Siero SRE CCATATTAGG SRF 52.000

24 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

25 Struttura "modulare" degli attivatori
legame al DNA transattivazione dimerizzazione legame al ligando

26 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

27 Struttura degli attivatori

28 Scambio di domini di attivatori

29 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

30 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

31 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

32 Dominio Dito di Zinco

33 Omeodominio (HTH, Elica-giro-Elica)

34 Dominio Elica-Ansa-Elica (bHLH)

35 Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006

36 Famiglie di fattori di trascrizione
Dito di zinco (zinc finger) Omeodominio (elica-giro-elica, HTH) Elica-ansa-elica (helix loop helix, bHLH) Cerniera di leucina (leucine zipper, bZIP)

37 Dimerizzazione degli attivatori

38 Combinazioni di omodimeri ed eterodimeri

39 Struttura dell’ “Enhanceosoma”

40 Attivazione della trascrizione mediante reclutamento

41 Attivazione della trascrizione

42 Modificazioni della cromatina mediate dagli attivatori

43 Acetilazione e deacetilazione della cromatina
Corepressore

44 Gli attivatori sono "bersaglio" di vie di trasduzione

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