R.m.s.d. = root mean square deviation

Presentazione sul tema: "R.m.s.d. = root mean square deviation"— Transcript della presentazione:

1 R.m.s.d. = root mean square deviation
Di = distanza fra due atomi corrispondenti N = numero di coppie di atomi corrispondenti

2 . r.m.s.d. = 0.5Å . r.m.s.d. = 1.02Å . r.m.s.d. = 1.8Å

3 calcolo dell’energia totale di una conformazione di un polipeptide
k1 k2 E totale = + + Lunghezze di legame corrette Angoli di legame corretti k3 1 1 r9 r6  + Angoli di torsione corretti Interazioni attrattive e repulsive deboli +  1 r - + Interazioni elettrostatiche attrattive e repulsive (e?)

4 Energy minimization E Minimi relativi Minimi relativi Minimo assoluto
conformazioni Conformazione Iniziale E Minimi relativi Minimi relativi Minimo assoluto

5 Energy minimization E Minimi relativi Minimo assoluto Conformazione
Iniziale conformazioni E Energy Minimization Minimi relativi Minimo relativo Minimo assoluto

6 Vengono simulati i moti vibrazionali (termici) delle molecole
Strategie per il superamento dei massimi relativi : Dinamica Molecolare Vengono simulati i moti vibrazionali (termici) delle molecole Tempi di calcolo lunghissimi: si può simulare al più il comportamento su scala di nanosecondi Dinamica molecolare conformazioni E Minimi relativi Minimo assoluto

7 vengono cambiati di valori casuali in modo da deformare la struttura
Strategie per il superamento dei massimi relativi : Monte Carlo Ad ogni step una percentuale a caso degli angoli di torsione della proteina (phi, psi, chi, omega) vengono cambiati di valori casuali in modo da deformare la struttura Metodo Monte Carlo conformazioni E Minimi relativi Energy Minimization Minimo assoluto