Seminari degli studenti

Presentazione sul tema: "Seminari degli studenti"— Transcript della presentazione:

1 Seminari degli studenti
Divisione in gruppi di 3 (6) persone (ulteriormente suddivise in 3 coppie) Assegnazione di tre articoli originali per gruppo. Gli articoli sono divisi in tre tematiche (A, B, C) Ciascuno studente (coppia) del gruppo sceglie uno dei tre articoli da presentare in un breve seminario secondo un calendario prestabilito. Gli altri componenti del gruppo dovranno prepararsi a rispondere a domande (semplici) sull’articolo alla fine del seminario dei compagni di gruppo

2 VALUTAZIONE Seminario da 0 a 5
Domande ai componenti dello stesso gruppo di chi presenta (una per seminario) da 0 a 2 Esame finale da 8 a 21 Altri elementi che potranno contribuire al voto finale: 1) interventi durante la discussione dei seminari, 2) presenze

3 Letteratura scientifica
articoli originali rassegne “reviews” libri di testo enciclopedia

4 INDICATORI BIBLIOMETRICI
IMPACT FACTOR NATURE SCIENCE CELL EMBO J MOL CELL BIOL J BIOL CHEM EUR J BIOCHEM CITATION INDEX Citazioni per anno Indice h

5

6 Genoteche e banche di cDNA

7 Trasferimento (blot)

8 Ibridazione

9 Western blot

10 Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

11 Schema di Northern blot (Analisi di espressione)

12 Analisi di espressione
(mRNA)

13 Altre tecniche di analisi
Estensione del primer (primer extension) Protezione dalla S1/RNasi (mapping) RT-PCR RT-qPCR (Real time)

14 Estensione del primer (primer extension)
mRNA totale Estensione del primer (primer extension) cap mRNA globina 3’ 5’ oligo antisenso marcato ibridazione estensione con RT Analisi dei frammenti estesi su gel di sequenza frammento protetto

15 Protezione da RNasi (RNase Protection)

16 Protezione da RNasi (RNase Protection)
mRNA totale Protezione da RNasi (RNase Protection) cap mRNA globina 3’ 5’ sonda RNA antisenso ibridazione trattamento con RNasi Analisi dei frammenti protetti su gel di sequenza frammento protetto

17 Protezione da RNasi (RNase Protection)

18

19 (profilo trascrizionale)
Microarray (profilo trascrizionale)

20 Profilo differenziale mediante microarray

21 Tecniche di analisi di interazione
DNA(RNA)-Proteine Foot-printing EMSA (electrophoretic mobility shift assay) Chromatin immunoprecipitation (CHIP)

22 Analisi interazioni DNA-proteine: saggio di footprinting

23 Analisi interazioni DNA-proteine:
saggio EMSA

24 Analisi interazioni DNA-proteine: saggio EMSA

25 Analisi interazioni DNA-proteine: saggio EMSA

26 Chromatin immunoprecipitation (Chip)

27

28 Chromatin immunoprecipitation (Chip)

29 Chip in lievito per Gal4 e Sug1
An example of a ChIP assay done in yeast using an antibodies raised against the gene-specific transcription factor Gal4 and the general transcription factor and proteasome constituent Sug1. Different PCR primers (amplifying DNA segments A-E) were employed to probe for the presence of the two proteins along the GAL1 gene under non-inducing (raffinose) or inducing (galactose) conditions. Gal4 is known to be localized to the promoter. Therefore, the ChIP signals in regions B and C for this protein reflect the presence of longer DNAs in the sample which are co-IP’d with Gal4 and amplify using the B and C region primers. This reflects the relatively low resolution of the ChIP assay. Sug1 is an elongation factor and is therefore found throughput the gene.

30 Coimmunoprecipitazione

31 Affinity co-purification
(pull down)

32 CLIP (cross-linking immunoprecipitation)

33 CLIP seq By Bluewhale22 - Own work, CC BY-SA 3.0,

34 Sistema dei due ibridi

35 Sistema dei due ibridi

36 Sistema dei tre ibridi

37 Sistemi (sperimentali) di espressione
In vitro: - estratti cellulari In vivo: - cellule procariotiche cellule eucariotiche in coltura - animali transgenici

38 Gene reporter

39 Vettori di clonaggio per lievito

40

41 Ricombinazione omologa

42

43 Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

44 Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

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Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

46 Vettori episomali

47 Trasfezione di cellule in coltura
Vettore Tipo vettori plasmidici transiente o stabile vettori virali transiente/stabile siRNA transiente

48 Watson et al. , BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S. p
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

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Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

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Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

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Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

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Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005

53 CRISPR/Cas9 Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/CRISPR associated system

54 CRISPR/Cas9 Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/CRISPR associated system