Flusso delle informazioni biologiche. In ogni istante della propria vita ogni cellula umana contiene: 46 cromosomi (20.000 geni) 10-15.000 mRNA diversi.

Presentazione sul tema: "Flusso delle informazioni biologiche. In ogni istante della propria vita ogni cellula umana contiene: 46 cromosomi (20.000 geni) 10-15.000 mRNA diversi."— Transcript della presentazione:

1 Flusso delle informazioni biologiche

2 In ogni istante della propria vita ogni cellula umana contiene: 46 cromosomi (20.000 geni) 10-15.000 mRNA diversi DNA RNA Proteine

3 Fegato Corteccia cerebrale Muscolo liscio Hanno tutte lo stesso genoma, perché queste cellule sono così diverse in morfologia e funzione? Perché esprimono geni diversi

4 ESPRESSIONE GENICA E’ un processo molto complesso e finemente regolato che permette ad una cellula di rispondere dinamicamente sia agli stimoli ambientali che alle sue stesse necessità di cambiamento

5 Misurare l’espressione di un gene significa.... Dare una valutazione quantitativa della presenza dei trascritti (molecole di mRNA) o delle proteine codificate da quel gene nelle cellule in esame

6 I microarray possono misurare l’espressione di tutti i geni noti in poche ore Misurare il trascrittoma Rapidi miglioramenti nella misurazione dell’espressione dei geni

7 Trascrittoma L'insieme di RNA messaggeri espressi da ogni cellula Proteoma L'insieme di proteine espresse da ogni cellula

8 Espressione genica differenziale: valuta le differenze nell’espressione genica tra due trascrittomi cellule trattate con un composto esogeno a confronto con cellule non trattate un tessuto tumorale a confronto con uno sano Composto esogeno

9 Tecnologia dei microarray Sfrutta la capacità di una data molecola di mRNA di ibridizzare con il DNA stampo da cui è stata generata

10 Campione 1 Campione 2 cDNA Cy3 Cy5 RNA +

11 Acquisizione dell’immagine mediante scanner Cy5Cy3

12 L’intensità della fluorescenza è proporzionale alla quantità di molecola target nella soluzione e, quindi, costituisce una stima della quantità di RNA per ciascun gene espresso dalla cellula.

13 Tipico esperimento Microarray

14 Fonti di confondimento in un esperimento microarray Qualità dell’RNA estratto Retrotrascrizione Marcatura Deposizione delle sequenze sul vetrino Disomogeneità della superficie del vetrino Ibridazione Lavaggi Acquisizione dell’immagine

15 REPLICHE SPERIMENTALI REPLICHE BIOLOGICHE Stesso RNA testato su due vetrini distinti RNA proveniente da campioni simili ma distinti

16 Analisi computazionale dei dati

17 L’espressione differenziale dei geni “più interessanti” viene confermata con una metodica alternativa Validazione del risultato mediante Real-Time PCR