Esempio di utilizzo del programma BLAST disponibile all’NCBI

Presentazione sul tema: "Esempio di utilizzo del programma BLAST disponibile all’NCBI"— Transcript della presentazione:

1 Esempio di utilizzo del programma BLAST disponibile all’NCBI
Form di Nucleotide BLAST Per un uso più avanzato, si possono impostare parametri particolari (es. cost to open gap, cost to extende gap, penalty for mismatch ecc) Informatica e Bioinformatica – A. A

2 La risposta che si ottiene può essere suddivisa in 4 parti:
Sequenza query La risposta che si ottiene può essere suddivisa in 4 parti: dati generali allineamento grafico listato delle sequenze con allineamento significativo dettaglio degli allineamenti ottenuti 1. dati generali 2. allineamento grafico Informatica e Bioinformatica – A. A

3 3. listato delle sequenze con allineamento significativo
Ricordate che BLAST è un programma di allineamenti locali, quindi, per ogni confronto tra la sequenza query e una delle sequenza del database, potrebbero essere trovati più allineamenti differenti. Significato delle colonne Max score: punteggio dell’allineamento locale più significativo: punteggio alto  elevata similarità Total score: la somma dei punteggi di tutti gli allineamenti locali trovati tra la sequenza query e la sequenza del database Query coverage: percentuale della sequenza allineata E value: esprime la probabilità che l’allineamento trovato sia casuale. Più basso è maggiore è la probabilità che NON sia casuale. (dipende, oltre che dalla similarità, anche dalla numerosità delle sequenze in database) Max Identit: percentuale di identità dell’allineamento locale più significativo TTTCTCGACTGCAGAGAAA ||||| ||| |||||||| TTTCTAGACTGCAGAGAAA Identità =82% (16 / 19) Informatica e Bioinformatica – A. A

4 4. dettaglio degli allineamenti ottenuti
......continua con i dettagli degli altri allineamenti ..... Informatica e Bioinformatica – A. A

5 Risultato della ricerca (con la stessa sequenza nucleotidica) tramite BLASTX: ricerca di similarità in una banca dati di sequenze proteiche a partire da una sequenza query di nucleotidi, dopo aver tradotto automaticamente la query in aminoacidi utilizzando tutti i possibili frame di lettura. Informatica e Bioinformatica – A. A

6 ESEMPIO di BLAST 2 SEQUENCES
Utilizziamo BL2SEQ con due sequenze nucleotidiche Informatica e Bioinformatica – A. A

7 Form dell’NCBI nel quale immettere le due sequenze da confrontare
Visualizzazione dei risultati: dati generali Informatica e Bioinformatica – A. A

8 Zoom della regione di gap tra le due sequenze allineate
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9 BLAT Blast-like alignment tool
Programma specializzato in allineamenti di sequenze su interi genomi e sviluppato da J. Kent (Santa Cruz, CA). Informatica e Bioinformatica – A. A

10 BLAT Blast-like alignment tool
Proviamo a fornire a BLAT la sequenza di un mRNA e a vedere dove e come si allinea sul genoma umano Informatica e Bioinformatica – A. A

11 RISULTATO di BLAT Si può visualizzare il risultato dell’allineamento selezionando il link ipertestuale browser. E si possono visualizzare i dettagli dell’allineamento selezionando il link ipertestuale details. Informatica e Bioinformatica – A. A

12 I dettagli riguardano sia la sequenza di input (mRNA)
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13 Che le regioni della sequenza genomica che si allineano con l’mRNA
In maiuscolo la sequenza di input (mRNA) In minuscolo e nero la sequenza genomica che non allinea: INTRONE, oppure regione intergenica. Gli introni di solito iniziano con GT e finiscono con AG Informatica e Bioinformatica – A. A

14 BLAT contro BLAST BLAT mantiene in memoria un indice di un intero genoma: il database target di BLAT non è un set di sequenze GenBank, ma un indice derivato dall'assemblaggio dell'intero genoma. BLAT per gli acidi nucleici è scritto per individuare velocemente sequenze di 40 basi o più e con il 95% di similarità o più. Potrebbe non individuare allineamenti più divergenti o corti. BLAT per proteine individua sequenze proteiche con più dell'80% di similarità alla query lunga almeno 20 aa. In pratica, a causa del grado di divergenza tra sequenze nel corso dell'evoluzione: DNA BLAT lavora bene su uomo ed i primati, BLAT per proteine trova buoni match tra le proteine conservate di vertebrati terrestri e anche organismi più distanti filogeneticamente. Da un punto di vista pratico, BLAT ha diversi vantaggi rispetto a BLAST: * velocità (no code, risposte in secondi) ma ha una minore specificità * diverse modalità di ordinamento dell'output * collegamento diretto nel UCSC Genome Browser * dettaglio dei blocchi di allineamento nell'ordine naturale nel genomico BLAT viene solitamente usato per cercare la collocazione di una sequenze nel genoma o per determinare la struttura esonica di un mRNA. Informatica e Bioinformatica – A. A