Famiglie di DNA ripetuto

Presentazione sul tema: "Famiglie di DNA ripetuto"— Transcript della presentazione:

1 Famiglie di DNA ripetuto
Lezione 7 By NA

2 Famiglie di DNA ripetuto non genico
DNA RIPETUTO IN TANDEM: i blocchi possono mappare su piu’ cromosomi a seconda delle dimensioni medie delle unita si suddivide in: DNA satellite DNA minisatellite DNA microsatellite DNA RIPETUTO INTERSPERSO: Le singole unita’ sono sparse nel genoma. Contengono sequenze che possono essere retrotrasposte attraverso un intermedio di RNA. By NA

3 RIPETUTO IN TANDEM Il DNA satellite
Al pari del DNA codificante si distingue in: ripetuto in tandem intersperso RIPETUTO IN TANDEM SATELLITE, tipico delle sequenze centromeriche (a-satellite, monomero di 171 bp) MINISATELLITE, monomero 6-64bp, altamente polimorfico. Utilizzato per esami di fingerprint del DNA. Es.DNA telomerico (TTAGGG) MICROSATELLITE, 2-4 bp ripetuti in tandem. Espansioni di triplette sono responsabili di alcune patologie By NA

4 DNA ripetuto in tandem By NA

5 DNA ripetuto in tandem By NA

6 Origine DNA ripetuto By NA

7 HSA C-BANDE By NA

8 PTR Eterocromatina By NA

9 GGO C-BANDE By NA

10 cinetocore Il centromero By NA

11 Struttura del centromero
central domain: CENP-B a-satellite DNA kinetochore microtubules outer plate: CENP-E CENP-F Dynein Mad’s Bub’s inner plate: cenDNA CENP-C CENP-A CENP-G CENP-H CENP-I pairing domain: INCENP cohesin middle plate Struttura del centromero By NA

12 Le proteine centromeriche
CENP-C CENP-A/CENP-C Inner Plate CENP-B Central domain By NA

13 SATELLITI CENTROMERICI UMANI
By NA

14 DNA ALFOIDE HOR: higher order repeat By NA

15 DNA alfoide organizzazione genomica
Enzimi di restrizione diversi su genomico totale umano pBR12 Decamero Tetramero Dimero By NA

16 DNA alfoide:mappatura
Genomico totale di ibridi somatici uomo-hamster digeriti con lo stesso enzima HSA CHO pBR12 By NA

17 Variabilta’ dell’alfoide nella popolazione
Genomici totali di individui diversi digeriti con lo stesso enzima 23 kb 9.4 6.5 4.3 2.3 2.0 pBR12 By NA

18 Alfoide specifico per il crom.Y
pLAY5.5 By NA

19 Alfoide specifico per il crom.X
pDMX1 By NA

20 Alfoide specifico per il crom.15
pMC15 By NA

21 Alfoide per i crom.13,21 p21ZA Questi cromosomi condividono l’alfoide
anche ad alta stringenza By NA

22 Alfoide per i crom.14,22 Questi cromosomi condividono l’alfoide
anche ad alta stringenza By NA

23 PRINS a1-a2 sono le tracce di riarrangiamenti avvenuti
PCR in situ: un ciclo di estensione con primers costruiti sulla sequenza consensus si vedono alfoidi anche in regioni non centromeriche sono le tracce di riarrangiamenti avvenuti durante l’evoluzione recente By NA

24 L’uomo e le great apes Un po’ di dati sulle divergenze:
HSA PTR Un po’ di dati sulle divergenze: HSA-PTR (Pan troglodytes) 5.5 mya HSA-GGO (Gorilla gorilla) 6.7 mya HSA-PPY (Pongo pygmeus) 8.2 mya GGO PPY Alcune differenze citogenetiche: inversioni pericentriche e paracentriche fusione per dare l’attuale cromosoma 2 traslocazione reciproca in GGO tra 5 e 17 Localizzazione dell’eterocromatina By NA

25 Il cariotipo comparativo
By NA

26 Il cromosoma 2 di HSA 2 HSA PTR GGO PPY HSA PTR GGO PPY HSA=uomo
PTR= scimpaze’ GGO=gorilla PPY=orango 2 HSA PTR GGO PPY HSA PTR GGO PPY By NA

27 LISTA DI ALFOIDI probe chr. pAL pBS4D pAE p4n1/ pZ pZ pG-A pEDZ pZ pZ pMR9A pZ pRB probe chr. pBR p pMC pZ16A pZ 2Xba pZ pZ21A pI pDMX X pLAY5.5 Y pTRI-6 Sat.I pTRI-2 Sat.III Ognuna di queste sonde e’ diversa per organizzazione genomica, HOR anche quelle che mappano sullo stesso cromosoma: questo vuol dire che ogni cromosoma ha piu’ di un subset, inoltre a bassa stringenza..... By NA

28 FISH a bassa stringenza
Una sonda specifica per un cromosoma riconosce anche altri centromeri.... Ma sempre gli stessi e ogni alfoide specifico per uno di loro, vede anche gli altri e solo quelli p2Xba (fam.2) pDMX1 (fam 3) By NA

29 Famiglie sopracromosomiche
1: 2: 3: X 4: Y Alexandrov et al.1993 Questa classificazione e’ operativa, probabilmente evidenzia un meccanismo evolutivo che ha generato questi raggruppamenti By NA

30 Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma
Sonde alfoidi specifiche per (1-5-19) (5-19) Monochr. hybrid (#19) Fibre By NA

31 Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma
Fibre By NA

32 Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma
Fibre By NA

33 Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma
Fibre By NA

34 Organizzazione di subset diversi sullo stesso cromosoma
Fibre By NA

35 Sonda alfoide p82H su cromosomi di babbuino
By NA

36 Cromosomi di topo By NA

37 Cosa succede se si ibridano le sonde umane su cromosomi di Great Apes?
GGO X HSA X pDMX1 By NA

38 Cosa succede se si ibridano le sonde umane su cromosomi di Great Apes
GGO 12 HSA 12 12 pBR12 By NA