LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL SETTORE BIOMEDICO: Pubmed CENTRO DI BIOTECNOLOGIE SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA A.O.R.N. A.CARDARELLI- NAPOLI Prof.ssa.

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1 LA RICERCA BIBLIOGRAFICA NEL SETTORE BIOMEDICO: Pubmed CENTRO DI BIOTECNOLOGIE SETTORE DOCUMENTAZIONE BIOMEDICA A.O.R.N. A.CARDARELLI- NAPOLI Prof.ssa Daniela Scala Dott.ssa Barbara Andria

2 Pubmed rappresenta, con tutti i database disponibili, il sistema di ricerca bibliografica in campo biomedico

3 Pubmed è uninterfaccia web accessibile gratuitamente, sviluppata dal National Center for Biotechnology Information (NCBI), istituito dal 1988, presso la National Library of Medicine (NLM),a sua volta parte del National Institute of Health (NIH) di Bethesda (USA).

4 Eaccessibile dal seguente indirizzo: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

5 Altri fornitori di Pubmed gratuiti Fornitore URL Science direct http://www.sciencedirect.com/ HealthGate http://www.healthgate.com Infotrieve http://www3.infotrieve.com/medline/infotrieve/ Medscape http://www.medscape.com Sifohttp://www.sifoweb.it/sifo_ntw/dome.asp

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7 PubMed È il sistema di riferimento quando si intende effettuare una ricerca bibliografica via Entrez ENTREZ è il sistema integrato per la ricerca ed il recupero dellinformazione usato da NCBI per le principali banche dati. Entrez è un sistema che integra la banca dati Pubmed con archivi sulla biologia molecolare. Il sistema Entrez + MEDLINE è stato incorporato dallNCBI con il nome di PubMed

8 Pubmed: Cosa contiene? 4 database MEDLINE citazioni dal 1966 ad oggi; abstract; MESH; aggiornamento settimanale; OLDMEDLINE con citazioni dal 1951 al 1965, no abstract, no MESH PREMEDLINE (In Process citations) per citazioni non ancora indicizzate; no MeSH ; aggiornamento giornaliero PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS per citazioni ricevute via elettronica direttamente dalleditore, non ancora pubblicate in cartaceo

9 Nucleotide: sequence database (GenBank) Protein: sequence database Genome: whole genome sequences Structure: three-dimensional macromolecular structures Taxonomy: organisms in GenBank SNP: single nucleotide polymorphism Gene: gene-centered information HomoloGene: eukaryotic homology groups PubChem Compound: small molecule chemical structures PubChem Substance: chemical substances screened for bioactivity Genome Project: genome project information PubMed: biomedical literature citations and abstracts PubMed Central: free, full text journal articles UniGene: gene-oriented clusters of transcript sequences CDD: conserved protein domain database 3D Domains: domains from Entrez Structure UniSTS: markers and mapping data PopSet: population study data sets GEO Profiles: expression and molecular abundance profiles GEO DataSets: experimental sets of GEO data Cancer Chromosomes: cytogenetic databases PubChem BioAssay: bioactivity screens of chemical substances GENSAT: gene expression atlas of mouse central nervous system Books: online books OMIM: online Mendelian Inheritance in Man Site Search: NCBI web and FTP sites

10 Struttura integrata tra le banche dati di Entrez

11 Componenti del sistema Documenti primari Articoli originali Database (producers) National Library of Medicine (NLM), con sede a Bethesda USA Banche Dati (vendors) Terminali (users)