Sequenziamento dei genomi

Presentazione sul tema: "Sequenziamento dei genomi"— Transcript della presentazione:

1 Sequenziamento dei genomi
Biologia Molecolare Sequenziamento dei genomi

2 Il pirosequenziamento
Il pirosequenziamento può essere automaztizzato grazie all’utilizzo di una tecnologia con micropozzetti. Un pozzetto ha il volume inferiore a 100 pl In un vetrino 6x6 cm possono essere contenuti più di un milione di pozzetti. Il pirosequenziamento può determinare sequenze più corte rispetto al metodo di Sanger ma è possibile parallelizzare il processo perottenere globalmente sequenze molto più lunghe

3 Il pirosequenziamento
Il pirosequenziamento si basa sull apossibilità di rilevare la luminescenza emessa dalla luciferasi che viene attivata (per produzione di ATP) da una reazione accoppiata alla sintesi del DNA. - Il primer si lega allo stampo e viene incubato con: DNA polimerasi, ATP solforilasi, luciferasi e luciferina, apirasi, dNTP, adenosin 5’ fosfosolfato (APS) -nucleotidi trifosfato complementare alla prima base dello stampo viene incorporato dalla polimerasi. Viene rilasciato pirofosfato (PPi) -In presenza di APS, la solforilasi converte stechiometricamente il PPi ad ATP. La luciferasi utilizza l'ATP per produrre (tramite la conversione della luciferina ad ossiluciferina) luce.

4 Strategie di sequenziamento

5 Annotazione delle sequenze genomiche
Open Reading Frame: Presenza dei codoni di stop Codon usage