Università degli studi di Padova Biblioteca Centrale Arduino Corso di ricerca bibliografica con PubMed A cura della Dott.ssa Micaela De Col.

Presentazione sul tema: "Università degli studi di Padova Biblioteca Centrale Arduino Corso di ricerca bibliografica con PubMed A cura della Dott.ssa Micaela De Col."— Transcript della presentazione:

1 Università degli studi di Padova Biblioteca Centrale Arduino Corso di ricerca bibliografica con PubMed A cura della Dott.ssa Micaela De Col

2 PUBMED nasce nel 1997 grazie alla National Library of Medicine di Bethesda nasce nel 1997 grazie alla National Library of Medicine di Bethesda è uninterfaccia di ricerca gratuita per tutti gli utenti di Internet è uninterfaccia di ricerca gratuita per tutti gli utenti di Internet garantisce l'accesso a due banche dati principali: Medline e Premedline garantisce l'accesso a due banche dati principali: Medline e Premedline viene aggiornata ogni settimana. viene aggiornata ogni settimana.

3 MEDLINE è la banca dati bibliografica della U.S.National Library of Medicine e copre i settori della medicina, infermieristica, odontoiatria, MEDICINA VETERINARIA, il sistema sanitario e le scienze precliniche il sistema contiene all'incirca 9 milioni di dati a partire dal 1966 la banca dati contiene citazioni bibliografiche e abstracts di circa 4500 periodici biomedici.

4 Collegamento Per collegarti a Pubmed devi digitare: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ La schermata che ti apparirà sarà questa

5 Cosa cercare e quali risultati Si possono impostare ricerche su: 1. 1. un determinato soggetto 2. 2. un determinato autore 3. 3. per titolo di rivista 4. 4. altro Si ottengono: liste di citazioni bibliografiche di articoli, con eventuali link ai full-text o a articoli similari (related articles)

6 Struttura di MEDLINE Gli articoli, che giornalmente vengono inviati dagli editori alla NLM, in breve tempo e secondo limportanza della rivista vengono: indicizzati con più termini MESH (descrittori medici controllati) che sintetizzano il contenuto dellarticolo e permettono di effettuare una ricerca mirata suddivisi in campi (autore, titolo etc.)

7 Una premessa fondamentale: i MeSH (Medical subheadings) ogni documento viene indicizzato tramite descrittori (MeSH, Medical subheadings), che prescindono dal linguaggio naturale e sono organizzati secondo una struttura gerarchica ad albero (Tree structures) e raccolti in un Thesaurus ad ogni parola chiave può essere attribuito un subheadings (su) per focalizzare largomento Un MeSH può essere argomento principale di un articolo e si indica col qualificatore MAJR (MeSH Major Topic)

8 Esempio: Animal Diseases [C22] Abortion, Veterinary[C22.021] +Actinobacillosis [C22.039] Aleutian Mink Disease [C22.062] Anal Gland Neoplasms [C22.073] Anaplasmosis [C22.085] Bird Diseases [C22.131] +Borna Disease [C22.152] Cat Diseases [C22.180] +Cattle Diseases [C22.196] +Disease Models, Animal [C22.232

9 Mesh Browser http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html

10 Campi interrogabili Tutte le citazioni sono divise in campi (formato MEDLINE) che possono essere utili per raffinare la ricerca e vanno sempre inseriti dopo il termine tra parentesi quadre

11 Campi di indicizzazione MEDLINE E possibile scegliere di effettuare una ricerca direttamente sui campi di indicizzazione. La sintassi è: termine [etichetta di campo] Es.: merkel [au] ; liver cirrhosis [ti]; cancer [jour] Le abbreviazioni dei campi possono essere scritte indifferentemente in minuscolo o in maiuscolo. RICERCA AUTOMATICA DEL TERMINE (AUTOMATIC TERM MAPPING): Se in Pubmed inserisco un termine senza nessuna qualificazione (etichetta di campo), il sistema cercherà il termine nel seguente ordine in : Tabella dei termini MESH, Tabella dei nome delle riviste, Elenco di frasi, Indice degli autori

12 ETICHETTE DI CAMPO

13 Prima di cominciare: alcuni strumenti () : per modulare lordine in cui i termini di ricerca sono analizzati dal sistema utilizzando gli operatori booleani: quelli tra parentesi sono analizzati per primi [] :per racchiudere i qualificatori di campo – es. Albertini m[AU] per cercare nel campo autore, Liver diseases[MH] per cercare il termine come Mesh

14 Troncamento Usa lasterisco * per sostituire zero o più caratteri Ad esempio, risk* produrrà risk, risks, risk- taking Luso del termine infection* non produrrà infection control perché è presente uno spazio dopo il termine infection

15 RICERCA PER FRASE ESATTA: UTILIZZO DELLE …….. Per effettuare una ricerca per frase esatta è necessario mettere lespressione tra virgolette. Ad esempio: myocardial infarction restituirà tutti casi in cui questa frase compare così come lho scritta, ossia senza altri termini in mezzo. Senza ….. Pubmed inserisce per default loperatore AND tra i due termini brain death Questo metodo di ricerca permette di escludere lautomatic term mapping. In questa maniera PubMed cerca i termini solo nellindice delle frasi.

16 Operatori booleani Gli operatori booleani sono AND, OR e NOT Nella ricerca vanno digitati a lettere maiuscole Vanno usati per cercare più concetti o descrittori tra loro correlati secondo questa sintassi: termine [qualificatore di campo] - operatore booleano - termine [qualificatore di campo]

17 Operatori di base: OR Loperatore OR corrisponde alla somma logica di due o più termini; trova tutte le citazioni che contengono ALMENO UNO di essi. hepatitis C hepatitis B Hepatitis C OR Hepatitis B

18 Operatori di base: AND Loperatore AND ha valenza restrittiva: recupera i record che contengono TUTTI i termini di ricerca inseriti contemporaneamente Anesthesia dentalaged Anesthesia dental AND aged

19 Operatori di base: NOT E un operatore restrittivo e disgiuntivo: esclude infatti i record che contengono un dato termine. Mandibular diseases Mandibular neoplasms Mandibular diseases NOT mandibular neoplasms

20 Ordinamento degli operatori booleani Se usi due o più operatori booleani in una ricerca il primo a sinistra viene processato per primo In una stringa con più operatori AND viene processato prima di OR una ricerca con "influenza AND vaccine OR vaccination" produrrà articoli che hanno sia il termine "influenza" che il termine "vaccine" e produrrà anche tutti gli articoli su "vaccination" per cambiare il risultato scrivi così: "influenza AND (vaccine OR vaccination)"

21 Esempi Ricerca di record sulla rivista Javma e che contengano cancer nel testo: Javma [JOUR] AND cancer [TW] Record che contengano liver in genere, ma che non trattino di studi sulluomo liver [ALL] NOT human [MH] Record su neoplasie nei cani e/o nei gatti indifferentemente (cat or dog or small animal) and neoplasm

22 Strategia di ricerca di base Dividi il soggetto in concetti essenziali Trova i termini o i descrittori (MeSH headings) che rappresentano i concetti Combina i concetti con AND, OR e NOT

23 A. Ricerca semplice e avanzata senza Mesh 1. 1. Ricerca per parola libera o per soggetto 2. 2. Per frase 3. 3. Per autore 4. 4. Per titolo di rivista

24 Quando usarla per trovare gli articoli di un autore quando hai un solo termine di ricerca o cerchi più termini allinterno di uno stesso campo per trovare articoli con il titolo di un periodico per trovare gli articoli più recenti tramite la PREMEDLINE

25 Come effettuarla Digita i tuoi termini di ricerca nella casella "Search". Puoi usare "AND", "OR" e "NOT Pubmed disporrà i risultati nella forma standard di brevi citazioni in batches di 20 citazioni. Se vuoi cambiare il numero delle citazioni visualizzate in una schermata basta selezionare un numero diverso dal menu a tendina "show" e cliccare di nuovo"go"

26 Ricerca per parola libera o per soggetto da utilizzare quando non si trova alcun descrittore specifico tra i termini MeSH si può effettuare la ricerca su parole significative del titolo, abstract e campi del record digitare nella casella di ricerca uno o più termini significativi, che verranno ricercati nel Thesaurus, nellelenco delle riviste di Medline, nellindice autori, nellindice delle frasi Per visualizzare in quale elenco è stato trovato il termine cliccare su Details

27 Ricerca per parola libera o per soggetto Ricordare di digitare in SEARCH anche i sinonimi del termine Usare * per troncamento Vantaggio: si utilizzano parole usate comunemente e frasi colloquiali Svantaggio: non tutte le parole del linguaggio comune sono chiavi di ricerca

28 Ricerca per frasi si usa per cercare un soggetto composto da più parole che devono trovarsi nellesatto ordine es. molecular sequence data per essere certi che i termini introdotti vengano riconosciuti come frase racchiudili tra virgolette " " N.B. Senza il sistema unisce i termini con AND e li cerca in qualsiasi campo, ma non nellesatto ordine di scrittura

29 Attenzione: L'uso delle frasi o delle parole libere può dare risultati non sempre centrati perchè il sistema esegue la ricerca sul testo cercando le parole casualmente. Per impostare correttamente la ricerca consigliamo di utilizzare il MESh che, essendo un vocabolario controllato, permette di ridurre la dispersione dei record sotto sinonimi.

30 Ricerca per autore Per eseguire la ricerca esclusivamente nel campo autore inserisci cognome e iniziali tra virgolette e indica tra parentesi quadre letichetta di campo [AU] Es. Smith JB [AU] Il nome degli autori deve rispettare la forma Smith JB, ma le iniziali del nome di battesimo sono opzionali Se si digita cognome più iniziali il sistema cerca tutte le varianti come Jr, Senior, etc. Se digiti solo il cognome senza iniziali, Pubmed ricerca in tutti i campi, non solo in quello Autore Attenzione: Pubmed non distingue l'omonimia per cui nel caso degli omonimi sarà il contenuto dei documenti trovati a indirizzarci sulla selezione degli argomenti di nostro interesse

31 Ricerca per Autore – ricerca semplice lautore non è sempre 1° autore, ma può essere anche coautore

32 Ricerca per Autore – ricerca avanzata La ricerca per autore può essere effettuata anche da ADVANCED SEARCH, inserendo il cognome comparirà una lista di autori dalla quale si potrà effettuare la scelta.

33 Ricerca di più autori con operatore AND

34 Ricerca di più autori con operatore OR

35 Ricerca per titolo della rivista I titoli dei periodici possono essere digitati per esteso o con l'abbreviazione riconosciuta da MEDLINE seguiti dal qualificatore di campo [JOUR] oppure [TA] tra parentesi quadre, oppure con il numero ISSN e il qualificatore [IS] Se non si inserisce il qualificatore di campo il sistema potrebbe scambiare il termine inserito per parola chiave (es. Science) I risultati della ricerca appariranno dopo che avrai cliccato sul bottone "Go" o avrai premuto il tasto "Invio".

36 Ricerca di articoli su una o più riviste specifiche da Advanced search

37

38 B. La ricerca con Mesh intendi ricercare delle voci di soggetto MeSH devi cercare più di un concetto devi combinare tra loro più termini o più ricerche vuoi operare la tua ricerca in un settore specifico vuoi selezionare dei limiti alla tua ricerca (come la lingua, il tipo di pubblicazione,etc.)

39 Uso dei MeSH: Thesaurus Ogni citazione nella sezione MEDLINE della banca dati PubMed è indicizzata con il Medical Subject Headings ( o MeSH )

40 Thesaurus MESh E consigliabile partire utilizzando il Thesaurus MESh che, essendo un vocabolario controllato: permette di ridurre la dispersione dei record sotto sinonimi dà la possibilità di essere molto selettivi nell'impostare la ricerca (con l'utilizzo delle sottovoci) riduce al minimo il "rumore" che si otterrebbe lavorando solo con la parola libera (che viene infatti rintracciata in ogni campo del record)

41 Ricerca con descrittori MeSH Quando si digita un termine sulla barra di comando il sistema lo traduce ove possibile in MeSH e ne effettua lesplosione per default Per evitare esplosione (vd. Diapositiva 7) bisogna far seguire il termine da [MH:NOEXP] La parola chiave principale si trova nel campo MeSH Major Topic [MAJR]; per non farla esplodere [MAJR:NOEXP]

42 Ricerca su MESH Browser: perché? Il MeSH Browser ti permette di cercare articoli tramite i termini indicizzati in MeSH. Ad esempio, vogliamo effettuare una ricerca sull'efficacia della terapia farmacologica rispetto a quella chirurgica nel tumore al seno. Facendo una ricerca semplice con i termini "breast cancer", "therapy" e "surgery" otterremmo 17778 risultati, molti dei quali non hanno nulla a che fare con la nostra ricerca. Per raffinare la nostra ricerca possiamo allora usare il MeSH Browser

43 Per entrare nel MeSH browser http://www.nlm.nih.gov/mesh/meshhome.html Per cercare il termine MeSh corretto digita il tuo termine di ricerca nel form del browser MeSH oppure seleziona Mesh al posto di Pubmed nel box di ricerca iniziale Se il termine adoperato non è un termine MeSH, PubMed ti darà un elenco dei termini più simili

44 Ricerca con MeSH semplice Puoi attuare una ricerca direttamente sul termine spuntando il quadratino all sua sinistra e mandandolo nel box di ricerca come MeSH col tasto SEND e la scelta Search box with AND (il termine di ricerca successivo verrà automaticamente unito al primo con AND) oppure Search box with OR (il termine di ricerca successivo verrà automaticamente unito al primo con OR) oppure Search box with NOT (il termine di ricerca successivo verrà automaticamente unito al primo con NOT) oppure

45 Ricerca con MeSH composta Per delimitare meglio la ricerca cliccare sul termine MeSH proposto dal Browser Si visualizzano: tutti i Subheadings utilizzabili e applicabili spuntando i quadratini al loro fianco Restrict Search to Major Topic headings only per selezionare il termine come argomento principale Do Not Explode this term (i.e., do not include MeSH terms found below this term in the MeSH tree) per evitare lesplosione la struttura ad albero di cui fa parte il termine i termini correlati

46 Esempio di uso di MEsh Ricerca su Mesh Browser

47 Le citazioni sono visualizzate nell'ordine cronologico inverso in formato summary (titolo, autore, fonte bibliografica). Cliccare sul: titolo dellarticolo per vedere labstract di un singolo articolo. quadratino a sinistra della citazione per selezionare larticolo (apparirà il segno di spunta V); Display setting per scegliere il formato di visualizzazione dal menu a tendina; Display settings – Visualizzazione degli articoli

48 Menu a tendina

49 I formati principali di visualizzazione sono: Summary: per default (titolo, autore, rivista) Abdo A, Meddings J, Swan M Liver abnormalities in celiac disease Clin Gastroenterol Hepatol. 2004 Feb;2(2):107-12. PMID: 15017614 [PubMed - in process] Summary text : summary in formato testo In process: Articoli non ancoraindicizzati con MESH Display settings – Visualizzazione degli articoli

50 Abstract:include anche labstract ma non le parole chiave (MESH) Clin Gastroenterol Hepatol. 2004 Feb;2(2):107-12. Liver abnormalities in celiac disease. Abdo A, Meddings J, Swain M. Celiac disease is an intolerance of the small bowel to gluten. Although most symptomatic patients have symptoms related to the gastrointestinal tract, many extra-intestinal manifestations have been described. A wide spectrum of hepatobiliary diseases have been described, including asymptomatic elevations of liver enzyme levels, nonspecific hepatitis, nonalcoholic fatty liver disease, and autoimmune and cholestatic liver disease. In addition, celiac disease may be the underlying cause of unexplained elevations of liver enzyme levels. Because most patients do not have overt gastrointestinal symptoms, a high index of suspicion is required. Moreover, in the majority of patients, liver enzyme levels will normalize on a gluten-free diet. We review the literature pertaining to hepatic abnormalities that may be seen in association with celiac disease. We also suggest an approach to the investigation and management of these patients. PMID: 15017614 [PubMed in process] Abstract text: abstract in formato testo Display settings – Visualizzazione degli articoli

51 MEDLINE:mostra tutti i campi dellarticolo con le relative etichette. PMID- 14618955 IS - 0001-5644 VI – 66 IP – 3 DP - 2003 Jul-Sep TI - Epidemiology of coeliac disease. PG - 234-6 AB - In this article we review recent worldwide epidemiological data of coeliac disease (CD). An emphasis is made on adult figures….. AD - Gastroenterologie, Hopital de Jolimont, 7100 Haine Saint Paul, Belgique. AU - Schapira M AU - Maisin JM LA - eng Etc. Display settings – Visualizzazione degli articoli

52 Variazione del numero di articoli da visualizzare per pagina web(per default 20) fino ad un massimo di 200

53 Sort by Per mettere gli articoli in ordine di: Data di pubblicazione (per default) Primo autore Ultimo autore Alfabetico per rivista (raggruppa insieme tutti gli articoli di una stessa rivista a prescindere dalla data di pubblicazione) Titolo degli articoli in ordine alfabetico

54 Links dalle citazioni Sotto a ogni record bibliografico: Related articles: conduce ad articoli su argomenti simili, in ordine di somiglianza Links(solo nel formato Abstract) 1. 1. Books:conduce a libri di testo in formato elettronico 2. 2. Link out: permette la localizzazione del testo tramite risorse su providers esterni fornitrici di full-text o biblioteche che possono fornire il documento

55 Links dalle citazioni

56 Send to File: per salvare gli articoli su file in formato testo Clipboard: per inviare articoli in una memoria temporanea Collections: per salvare articoli in una collezione di MyNCBI E-mail: per inviare gli articoli via mail Order: per ordinare gli articoli a un fornitore di documenti My bibliography: per salvare articoli in una bibliografia in MyNCBI

57 Stampare una pagina Accertati di avere selezionato il formato desiderato Seleziona "File" dalla barra degli strumenti del tuo browser web Seleziona "Stampa"

58 Salvare una pagina Per scaricare le citazioni: seleziona con la spunta le citazioni da salvare clicca su SEND TO e seleziona dal menu in Choose destination lopzione FILE seleziona il formato di salvataggio tra quelli del menu a tendina: puoi salvare le citazioni sia come file di testo che come file html

59 Strumenti opzionali Opzioni per approfondire le proprie ricerche: Clipboard (icona presente solo dopo il primo salvataggio di record col SEND TO) Search Details "Limits" Preview/Index (advanced search) Search History (advanced search)

60 Clipboard: Blocco appunti La Clipboard (Blocco Appunti) ti permette di salvare temporaneamente e visualizzare citazioni selezionate da una o più ricerche. Nella clipboard puoi quindi stampare,salvare o ordinare le citazioni. Il numero massimo di citazioni che puoi collocare nella clipboard è 500. I documenti della clipboard verranno persi dopo 8 ore di inattività.

61 Salvare risultati in clipboard Effettuare una ricerca secondo le modalità preferite Ottenuti i risultati selezionare lopzione SEND TO clipboard

62 Esempio:clipboard

63 DETAILS visualizza: 1. 1. la strategia e la sintassi che Pubmed ha usato per eseguire la ricerca (può includere termini MESH cos ì come frasi cercate nell indice di PubMed. La visualizzazione includer à tutti i messaggi di errore, come gli stopwords, gli avvertimenti di troncamento oltre le 150 varianti e gli errori d'ortografia); 2. 2. il numero di risultati ottenuto per la ricerca corrente (cliccando sul numero verrano visualizzate le citazioni); 3. 3. query translation (che mostra come ogni termine è stato tradotto); 4. 4. user query (come l utente ha posto la domanda) Search details

64 Search details - Esempio Query= Search Pubmed for cats Details: Query translation = "cats"[MeSH Terms] OR cats[Text Word] Results 110821 Database = Pubmed User query = cats

65 Search details - Esempio

66 Applicazione dei limiti (LIMITS) Search field tag (Selezione per campo): per limitare ad un campo specifico di ricerca (es. parola del testo). Per default viene dato all fields. Permette di applicare dei limiti alla ricerca per focalizzare largomento a determinati aspetti o per cercare in un determinato campo etc.

67 Applicazione dei limiti (LIMITS) Type of Article tipo di materiale che l'articolo rappresenta. Languages Le riviste indicizzate in PubMed sono scritte in circa 50 lingue diverse. Con questa opzione si possono scegliere una o più lingue di pubblicazione dellarticolo.

68 Ages Per selezionare un gruppo d'età specifico per gli studi umani; Species: Humans or animals Selezionare un gruppo di studio specifico ( essere umano, animale); Sex: Male/Female Selezionare un genere specifico per gli studi umani (femminile o maschile). Applicazione dei limiti (LIMITS)

69 Subsets: Limita la ricerca a specifici gruppi di riviste o di banche dati della NLM. Applicazione dei limiti (LIMITS)

70 Index (advanced search) La ricerca sull'Indice(Index) presenta una lista di termini ordinati alfabeticamente nell'indice della banca dati e la ricorrenza numerica degli stessi termini. E' un metodo per consultare l'indice. Il termine "index" si può riferire anche ad un solo campo ( ad esempio Author, MeSh, Publication Type) e si attiva a partire dalla ricerca avanzata attraverso il Search builder, cliccando su Show index

71 Preview (advanced search) Per vedere solo il numero di occorrenze del termine "hypertension" : digitare "hypertension" nella casella di ricerca della Advanced search cliccare su Preview Si otterrà un risultato di questo tipo: #10(nr. query) Search hypertension 08:02:07 239196 (nr. occorenze)239196

72 È possibile operare sulle query già eseguite a partire dalla Search history, cliccando col tasto destro del mouse sul numero preceduto da # (es. #1) corrispondente alla ricerca, ottenendo una serie di opzioni: And Or per inviarle nel box di ricerca e combinarle Not Delete per cancellarle dalla History View per visualizzare i risultati Details per vedere i dettagli della ricerca Save in MyNCBI per mettere la ricerca nellarea personale ed eventualmente creare un alert Search history (advanced search): funzioni per le ricerche

73 Search history (advanced search): ricerche combinate Per operare ricerche combinate, ad esempio per "Obesity" e "Heart Attacks": effettua le due ricerche separatamente e vai in Search history per visualizzare i numeri assegnati (es. #2) vai in PubMed Advanced Search digita i numeri corrispondenti alle ricerche, preceduti dal #, combinandoli con AND e clicca su Search" (es.: #2 AND #6) Le ricerche su "History" vanno perse dopo unora dal termine delle ricerche stesse.

74 Esempio: history

75 Grazie per lattenzione e… buon lavoro!!!!!!! Per qualsiasi chiarimento o suggerimento scrivete a: micaela.decol@unipd.it