A.A. 2015-2016 CORSO DI BIOINFORMATICA 2 per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA Scuola di Scienze, Università di Padova Docenti: Prof. Giorgio Valle Prof.

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1 A.A. 2015-2016 CORSO DI BIOINFORMATICA 2 per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA Scuola di Scienze, Università di Padova Docenti: Prof. Giorgio Valle Prof. Stefania Bortoluzzi

2 Introduzione alla bioinformatica Biosequenze, geni, genoma e trascrittoma Metodologie high-throughput Database primari e secondari Dati struttturali

3 DEFINIZIONI DI BIOINFORMATICA NIH: “research, development, or application of computational tools and approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire, store, analyze, or visualize such data” The application of computer technology to organize and analyze biological data. Analysis of proteins, genes, and genomes using computer algorithms.

4 BIOINFORMATICA Bioinformatics Medical Informatics Computational Biology GenomicsProteomicsPharmacogenomics Evolutionary Biology

5 BIOINFORMATICA The study and application of computing methods for classical biology

6 BIOINFORMATICA Analysis and comparison of the entire genome of a single species or of multiple species

7 BIOINFORMATICA Study of how the genome is expressed in proteins, and of how these proteins function and interact

8 BIOINFORMATICA The application of genomic methods to identify drug targets, for example, searching entire genomes for potential drug receptors

9 BIOINFORMATICA Study of the evolutionary processes that produced the diversity of life, the descent of species, and the origin of new species.

10 BIOINFORMATICA The study and application of computing methods to improve communication, understanding, and management of medical data

11 BIOINFORMATICA: AMBITI PRINCIPALI ? Sviluppo e implementazione di software per conservare, diffondere e elaborare diversi tipi di informazione Sviluppo di nuovi algoritmi e metodi statistici per integrare dati diversi, ricercare e studiare diversi tipi di relazioni e interazioni in grandi dataset Analisi e interpretazione di dati di varia natura, quali biosequenze, strutture, interazioni.

12 BIOINFORMATICA: SCOPI? Aumentare la comprensione della biologia a livello funzionale Modellizzare il funzionamento delle cellule e degli organismi Fornire informazioni utili a migliorare la qualità della vita (malattie, tumori) Database (design, handling,...) Analisi di dati d’espressione Predizione di funzioni geniche Identificazione di fattori di rischio per malattie Studio delle reti regolative e metaboliche … Mappaggio di geni e genomi Predizione di strutture Identificazione di target Drug design Terapia genica

13 Sequence data Structural information Expression data Molecular interaction data Mutation data Phenotypic data Imaging data BIOINFORMATICA: QUALI DATI?

14 BIOINFORMATICA 3 PROSPETTIVE CELLULA ORGANISMO ALBERO DELLA VITA

15 I : CELLULA

16 DNARNA Proteina CENTRAL DOGMA OF MOLECULAR BIOLOGY GenomaTrascrittomaProteoma CENTRAL DOGMA OF BIOINFORMATICS AND GENOMICS TrascrizioneTraduzione I : CELLULA

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18 Il ruolo della bioinformatica Questi miliardi di sequenze presentano sfide e opportunità, per studiare moltissimi problemi biologici diversi, quali: Stati cellulari in relazione a ciclo cellulare, differenziamento, malattia ecc. Regolazione dei processi, … I : CELLULA

19 Tempo Sviluppo Spazio e stato Regione del corpo, fisiologia, patologia, farmacologia II : ORGANISMO

20 Studia il genoma, e particolarmente l’insieme di geni espressi in trascritti RNA e in prodotti proteici. Gli strumenti bioinformatici posso esser usati per descrivere cambiamenti qualitativi e quantitativi degli elementi considerati:  durante lo sviluppo,  in relazione alle diverse zone del corpo,  e in una serie molto vasta di stati fisiologici o patologici. Il ruolo della bioinformatica II : ORGANISMO

21 III : ALBERO DELLA VITA Darwin (1837)Haeckel (1866) «In biologia niente ha senso se non alla luce dell’evoluzione» (Dobzhansky, 1973) “The green and budding twigs may represent existing species; and those produced during former years may represent the long succession of extinct species.”

22 III : ALBERO DELLA VITA Gli esseri viventi oggi esistenti si sono evoluti a partire da altri esseri viventi ancestrali e sono legati da relazioni di tipo evolutivo Lo studio del patrimonio genetico (genoma) delle specie permette di ricostruirne la storia passata e le relazioni con altre specie  alberi filogenetici TREE OF LIFE WITH ENDOSYMBIOSIS

23 Storicamente l’evoluzione molecolare è stato il primo ambito che ha richiesto al nascita della bioinformatica Studiare i processi evolutivi (da macro- a micro-evoluzione) Ricostruire la storia passata Comprendere le pressioni evolutive in relazione alle informazioni funzionali e viceversa Il ruolo della bioinformatica III : ALBERO DELLA VITA

24 DATABASES AND DATA RETRIEVAL Biosequences and Gene-related info

25 Alfabeto molecolare GLI ACIDI NUCLEICI E LE PROTEINE SONO POLIMERI LINEARI  BIOSEQUENZE DNA e RNA sono polimeri lineari di nucleotidi, specializzati nel deposito, nella trasmissione e nell’utilizzazione dell’informazione genetica Gli acidi nucleici possono assumere specifiche forme nello spazio 3D, come le proteine, e svolgere attività diverse (ad es. catalisi) IL DOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA Molti altri RNA non coding

26 La biologia molecolare è nell'era dei "big data” Le metodologie sperimentali high- troughput permettono di studiare moltissimi processi su scala genomica, o utilizzando la genomica comparativa La grande disponibilità di dati sperimentali e conoscenza richiede approcci quantitativi basati sull'informatica e la statistica per lo studio dei fenomeni biologici THE BIG DATA ERA

27 Evoluzione delle tecnologie di sequenziamento Standard Sanger 1° generation: Next Generation Sequencing (NGS) 2° generation: Ion Torrent, Nanopore 3° generation: Roche/454 Illumina/Solexa ABI/Solid Oxford Nanopore LifeTechnologies’ IonTorrent Since: ‘70s 2004 2011 Read length: 1000 bp 35-1000 bp 100 bp Throughput: 300kb/run 700-50 Mb/day 12Gb/day DEEP SEQUENCING

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29 GENOME DE-NOVORE-SEQUENCING AMPLICONEXOME WHOLE GENOME TRASCRIPTOME LONGSHORT NON CODING miRNAOTHERCODING Aspetti positivi Grande mole di dati prodotti; Identificazione cause malattie sconosciute o poco conosciute; Applicazione delle conoscenze acquisite (farmacogenomica). Limiti Necessità di server capienti; Costruzione di strutture bioinformatiche complesse; Necessità di database integrati; Diverse domande biologiche.

30 RNA-seq for Reverse Engineering of the genome state Cells/Biosamples Library preparation Sequencing Computational analysis for reverse engineering Computational analysis for reverse engineering

31 < 3% del genoma umano codifica proteine Evidenze recenti ottenute con genomic-tiling array e sequenziamento del trascrittoma hanno mostrato che >70% del genoma è trascritto in maniera pervasiva in RNA codificante (  mRNA) Moltissimi prodotti trascrizionali sono RNA, piccoli e lunghi, con scarsissimo potenziale codificante  La maggior parte del DNA eucariotico trascritto è non codificante La production phase di ENCODE ha mostrato che >80% del genoma è biologicamente attivo e funzionale (ruolo regolativo per la maggior parte delle sequenze) Genoma

32  Le molecole di RNA possono contemporaneamente contenere informazione di sequenza e possedere plasticità strutturale  Gli RNA possono sia interagire con DNA ed altri RNA per appaiamento delle basi complementari, sia fornire siti di legame per proteine Il trascrittoma non-codificante RNA non codificanti noti da molto tempo:  rRNA e tRNA nella traduzione  snRNA e snoRNA nel processamento degli mRNA  ribozimi Ipotesi del “mondo ad RNA”

33 Translation PROTEINS mRNA Processing RNA Transcription ncRNA <3% of the genome is important since transcribed/coding abundant “junk DNA” <3% of the genome is important since transcribed/coding abundant “junk DNA” DNA

34 siRNAs tRFs ? ? Translation Alternative TSSs PROTEINS mRNA Trans-splicing Editing Polyadenylation Splicing Sequestration Turn-over Editing Processing RNA transcripts/precursors Sequestration Turn-over Silencing Nuclear export Transcription Processing Transcription ncRNA piRNAs snoRNAs circRNAs DNA >70% transcribed in “dark matter” Diverse functional roles for ncRNAs uncovered lncRNAs snRNAs miRNAs

35 Primary Databases: Databases consisting of data derived experimentally such as nucleotide sequences and three dimensional structures are known as primary databases. Secondary Databases: Those data that are derived from the analysis, treatment or integration of primary data such as secondary structures, hydrophobicity plots, and domain are stored in secondary databases.

36 DATABASE PRIMARI DATABASE DI SEQUENZE NUCLEOTIDICHE Collezioni di singoli record, ognuno dei quali contiene un tratto di DNA o RNA con delle annotazioni. Ogni record viene anche chiamato ENTRY, e ha un codice che lo identifica univocamente (ACCESSION NUMBER). B anche dati primarie di sequenze nucleotidiche EMBL nucleotide database, ora gestita dall’EBI (1980)  EMBL = European Molecular Biology Laboratory (Heidelberg)  EBI = European Bioinformatics Institute (Hinxton, UK) GenBank = banca dell NIH gestita dal NCBI (1982)  NIH = National Institutes of Health (Stuttura USA)  NCBI = National Center for Biotechnology Information, Bethesda, Maryland DDBJ = banca DNA giapponese (1986)  DDBJ = DNA DataBase of Japan

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39 SUBMISSION DIRETTA  La gran parte delle sequenze finisce in uno dei tre database perché l’autore (il laboratorio dove tale sequenza è stata ottenuta) la invia direttamente. La sequenza viene quindi inserita e il record corrispondente resta di proprietà solo di quel database, l’unico con il diritto di modificarlo. Il database che riceve la sequenza la invia poi agli altri due. ANNOTAZIONE  Ci sono poi anche degli “annotatori” che prendono le sequenze dalle riviste scientifiche e le trasferiscono nel database.  Problema della ridondanza DATABASE DI SEQUENZE NUCLEOTIDICHE – GenBank

40 Un po’ di storia … SCAMBIO DI DATI  Nel 1988, i gruppi responsabili dei 3 database si seq. nucleotidiche si sono organizzati nell’International Collaboration of DNA Sequence Databases per utilizzare un formato comune e scambiarsi giornalmente le sequenze. 2002  fondato WGS ( Whole Genome Shotgun )

41 GENBANK AND WGS STATISTICS GenBank WGS BasesSequencesBasesSequence 1, Dec 1982680338606 … 209, Aug 20151998236442871870668461163275601001302955543 DATABASE DI SEQUENZE NUCLEOTIDICHE – GenBank

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43 DATABASE PRIMARI DATABASE DI SEQUENZE PROTEICHE SWISS-PROT Database di sequenze proteiche annotate, “scarsamente” ridondanti e cross-referenced Contiene: SWISS-PROT TrEMBL, supplemento a SWISS-PROT costituito dalle sequenze annotate al computer, come traduzione di tutte le sequenze codificanti presenti all’EMBL TrEMBL contiene due sezioni: –SP-TrEMBL, sequenze da incorporare in SWISSPROT, con AC. –REM-TrEMBL, remaining (immunoglobuline, proteine sintetiche,...), senza AC. Oggi parte di Universal Protein Knowledgebase (UniProt)

44 LOCUS AIL58882 140 aa linear BCT 29-AUG-2014 DEFINITION crystallin [Staphylococcus aureus]. ACCESSION AIL58882 VERSION AIL58882.1 GI:675303284 DBLINK BioProject: PRJNA240091 DBSOURCE accession CP007499.1 KEYWORDS. SOURCE Staphylococcus aureus ORGANISM Staphylococcus aureus Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcus. REFERENCE 1 (residues 1 to 140) AUTHORS Benson,M.A., Ohneck,E.A., Ryan,C., Alonzo,F. III, Smith,H., Narechania,A., Kolokotronis,S.O., Satola,S.W., Uhlemann,A.C., Sebra,R., Deikus,G., Shopsin,B., Planet,P.J. and Torres,V.J. TITLE Evolution of hypervirulence by a MRSA clone through acquisition of a transposable element JOURNAL Mol. Microbiol. 93 (4), 664-681 (2014) PUBMED 24962815 REFERENCE 2 (residues 1 to 140) AUTHORS Planet,P.J., Narechania,A., Shopsin,B. and Torres,V. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (18-MAR-2014) Pediatrics, Columbia University, 650 West 168th St, New York, NY 10032, USA COMMENT Annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (released 2013). Information about the Pipeline can be found here: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/ ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Date :: 03/20/2014 14:06:33 Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS+ Annotation Software revision :: 2.4 (rev. 429283) Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region Genes :: 2,836 CDS :: 2,729 Pseudo Genes :: 29 rRNAs :: 19 ( 5S, 16S, 23S ) tRNAs :: 59 ncRNA :: 0 Frameshifted Genes :: 23 ##Genome-Annotation-Data-END## FEATURES … FEATURES Location/Qualifiers source 1..140 /organism="Staphylococcus aureus" /strain="2395 USA500" /db_xref="taxon:1280" Protein 1..140 /product="crystallin" Region 1..137 /region_name="IbpA" /note="Molecular chaperone (small heat shock protein) [Posttranslational modification, protein turnover, chaperones]; COG0071" /db_xref="CDD:223149" Region 36..124 /region_name="alpha-crystallin-Hsps_p23-like" /note="alpha-crystallin domain (ACD) found in alpha-crystallin-type small heat shock proteins, and a similar domain found in p23 (a cochaperone for Hsp90) and in other p23-like proteins; cl00175" /db_xref="CDD:260235" CDS 1..140 /locus_tag="CH51_12820" /coded_by="CP007499.1:2592248..2592670" /inference="EXISTENCE: similar to AA sequence:RefSeq:WP_001010521.1" /note="Derived by automated computational analysis using gene prediction method: Protein Homology." /transl_table=11 ORIGIN 1 mnfnqfenqn ffngnpsdtf kdlgkqvfny fstpsfvtni yetdelyyle aelagvnked 61 isidfnnntl tiqatrsaky kseqlilder nfeslmrqfd feavdkqhit asfengllti 121 tlpkikpsne ttsstsipis //

45 PDB Database di strutture 3-D di proteine e acidi nucleici Dati ottenuti sperimentalmente e sottomessi direttamente dai ricercatori Fondato nel 1971 DATABASE PRIMARI

46 Myoglobin structure ribbon vs atom positions

47 PDB files The most common format for storage and exchange of atomic coordinates for biological molecules is PDB file format PDB file format is a text (ASCII) format, with an extensive header that can be read and interpreted either by programs or by people Next slide: PDB file format

48 HEADER TRANSCRIPTION REGULATION 25-AUG-94 1RPO 1RPO 2 COMPND ROP (COLE1 REPRESSOR OF PRIMER) MUTANT WITH ALA INSERTED ON 1RPO 3 COMPND 2 EITHER SIDE OF ASP 31 (INS (A-D31-A)) 1RPO 4 SOURCE (ESCHERICHIA COLI) 1RPO 5 AUTHOR M.VLASSI,M.KOKKINIDIS 1RPO 6 REVDAT 2 15-MAY-95 1RPOA 1 REMARK 1RPOA 1 REVDAT 1 14-FEB-95 1RPO 0 1RPO 7 JRNL AUTH M.VLASSI,C.STEIF,P.WEBER,D.TSERNOGLOU,K.WILSON, 1RPO 8 JRNL AUTH 2 H.J.HINZ,M.KOKKINIDIS 1RPO 9 JRNL TITL RESTORED HEPTAD PATTERN CONTINUITY DOES NOT 1RPO 10 JRNL TITL 2 ALTER THE FOLDING OF A 4-ALPHA-HELICAL BUNDLE 1RPO 11 JRNL REF NAT.STRUCT.BIOL. V. 1 706 1994 1RPO 12 JRNL REFN ASTM NSBIEW US ISSN 1072-8368 2024 1RPO 13 REMARK 1 1RPO 14 REMARK 1 REFERENCE 1 1RPO 15 REMARK 1 AUTH M.KOKKINIDIS,M.VLASSI,Y.PAPANIKOLAOU,D.KOTSIFAKI, 1RPO 16 REMARK 1 AUTH 2 A.KINGSWELL,D.TSERNOGLOU,H.J.HINZ 1RPO 17 REMARK 1 TITL CORRELATION BETWEEN PROTEIN STABILITY AND CRYSTAL 1RPO 18 REMARK 1 TITL 2 PROPERTIES OF DESIGNED ROP VARIANTS 1RPO 19 REMARK 1 REF PROTEINS.STRUCT.,FUNCT., V. 16 214 1993 1RPOA 2 REMARK 1 REF 2 GENET. 1RPOA 3 REMARK 1 REFN ASTM PSFGEY US ISSN 0887-3585 0867 1RPO 22 REMARK 2 1RPO 29 REMARK 2 RESOLUTION. 1.4 ANGSTROMS. 1RPO 30 REMARK 1RPO 94 REMARK 999 SEQUENCE NUMBER IS ALSO THAT FROM PDB ENTRY 1RPO 95 SEQRES 1 65 MET THR LYS GLN GLU LYS THR ALA LEU ASN MET ALA ARG 1RPO 96 SEQRES 2 65 PHE ILE ARG SER GLN THR LEU THR LEU LEU GLU LYS LEU 1RPO 97 SEQRES 3 65 ASN GLU LEU ALA ASP ALA ALA ASP GLU GLN ALA ASP ILE 1RPO 98 SEQRES 4 65 CYS GLU SER LEU HIS ASP HIS ALA ASP GLU LEU TYR ARG 1RPO 99 SEQRES 5 65 SER CYS LEU ALA ARG PHE GLY ASP ASP GLY GLU ASN LEU 1RPO 100 ATOM 1 N MET 1 1.132 3.053 2.801 1.00 25.53 1RPO 115 ATOM 2 CA MET 1 2.398 3.546 2.283 1.00 27.85 1RPO 116 ATOM 3 C MET 1 3.091 2.466 1.442 1.00 21.34 1RPO 117 ATOM 4 O MET 1 2.642 1.298 1.451 1.00 19.29 1RPO 118 ATOM 5 CB MET 1 3.281 3.936 3.463 1.00 23.96 1RPO 119 ATOM 6 CG MET 1 3.718 2.760 4.291 1.00 27.52 1RPO 120 ATOM 7 SD MET 1 4.491 3.371 5.797 1.00 26.29 1RPO 121 ATOM 8 CE MET 1 3.039 3.650 6.762 1.00 25.19 1RPO 122 ATOM 9 N THR 2 4.142 2.833 0.689 1.00 13.20 1RPO 123 ATOM 10 CA THR 2 4.851 1.806 -0.025 1.00 12.76 1RPO 124 ATOM 11 C THR 2 5.719 1.011 0.950 1.00 14.35 1RPO 125 xyz residuo 1 residuo 2 sequenzareferenze risoluzione nome compostoautore organismo num.atomo tipo atomo num. residuo tipo residuo

49 Occupancy : the fraction of unit cells that contain the atom in this particular location, usually 1.00, or all of them (can be used to represent alternative conformations of side chains); Temperature factor : an indication of uncertainty in this atom's position due to disorder or thermal vibrations (can be used by graphics programs to represent the relative mobility of different parts of a protein)

50 Occupancy Alternative conformations: myoglobin aa with two conf.

51 Temperature factor Electron density depends on vibrations Atoms colored by the temperature factors

52 HEADER SYNTHETIC PROTEIN MODEL 02-JUL-90 1AL1 1AL1 2 COMPND ALPHA - 1 (AMPHIPHILIC ALPHA HELIX) 1AL1 3 SOURCE SYNTHETIC 1AL1 4 AUTHOR C.P.HILL,D.H.ANDERSON,L.WESSON,W.F.DE*GRADO,D.EISENBERG 1AL1 5 REVDAT 2 15-JAN-95 1AL1A 1 HET 1AL1A 1 REVDAT 1 15-OCT-91 1AL1 0 1AL1 6 JRNL AUTH C.P.HILL,D.H.ANDERSON,L.WESSON,W.F.DE*GRADO, 1AL1 7 JRNL AUTH 2 D.EISENBERG 1AL1 8 JRNL TITL CRYSTAL STRUCTURE OF ALPHA=1=: IMPLICATIONS FOR 1AL1 9 JRNL TITL 2 PROTEIN DESIGN 1AL1 10 JRNL REF SCIENCE V. 249 543 1990 1AL1 11 JRNL REFN ASTM SCIEAS US ISSN 0036-8075 038 1AL1 12 REMARK 1 1AL1 13 REMARK 1 REFERENCE 1 1AL1 14 REMARK 1 AUTH D.EISENBERG,W.WILCOX,S.M.ESHITA,P.M.PRYCIAK,S.P.HO 1AL1 15 REMARK 1 TITL THE DESIGN, SYNTHESIS, AND CRYSTALLIZATION OF AN 1AL1 16 REMARK 1 TITL 2 ALPHA-*HELICAL PEPTIDE 1AL1 17 REMARK 1 REF PROTEINS.STRUCT.,FUNCT., V. 1 16 1986 1AL1 18 REMARK 1 REF 2 GENET. 1AL1 19 REMARK 1 REFN ASTM PSFGEY US ISSN 0887-3585 867 1AL1 20 REMARK 2 1AL1 21 REMARK 2 RESOLUTION. 2.7 ANGSTROMS. 1AL1 22 REMARK 3 1AL1 23 REMARK 3 REFINEMENT. BY THE RESTRAINED LEAST SQUARES PROCEDURE OF J. 1AL1 24 REMARK 3 KONNERT AND W. HENDRICKSON (PROGRAM *PROLSQ*). THE R 1AL1 25 REMARK 3 VALUE IS 0.255 FOR ALL DATA. THE R VALUE IS 0.211 FOR ALL 1AL1 26 REMARK 3 REFLECTIONS IN THE RESOLUTION RANGE 10.0 TO 2.7 ANGSTROMS 1AL1 27 REMARK 3 WITH FOBS.GT. 2*SIGMA(FOBS). THE RMS DEVIATION FROM 1AL1 28 REMARK 3 IDEALITY OF THE BOND LENGTHS IS 0.013 ANGSTROMS. THE RMS 1AL1 29 REMARK 3 DEVIATION FROM IDEALITY OF THE BOND ANGLE DISTANCES IS 1AL1 30 PDB file example

53 SEQRES 1 13 ACE GLU LEU LEU LYS LYS LEU LEU GLU GLU LEU LYS GLY 1AL1 39 HET SO4 13 5 SULFATE ION 1AL1A 5 FORMUL 2 SO4 O4 S1 1AL1 41 HELIX 1 HL1 ACE 0 LEU 10 1 1AL1 42 CRYST1 62.350 62.350 62.350 90.00 90.00 90.00 I 41 3 2 48 1AL1 43 ORIGX1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 1AL1 44 ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 1AL1 45 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 1AL1 46 SCALE1 0.016038 0.000000 0.000000 0.00000 1AL1 47 SCALE2 0.000000 0.016038 0.000000 0.00000 1AL1 48 SCALE3 0.000000 0.000000 0.016038 0.00000 1AL1 49 ATOM 1 C ACE 0 31.227 38.585 11.521 1.00 25.00 1AL1 50 ATOM 2 O ACE 0 30.433 37.878 10.859 1.00 25.00 1AL1 51 ATOM 3 CH3 ACE 0 30.894 39.978 11.951 1.00 25.00 1AL1 52 ATOM 4 N GLU 1 32.153 37.943 12.252 1.00 25.00 1AL1 53 ATOM 5 CA GLU 1 32.594 36.639 11.811 1.00 25.00 1AL1 54 ATOM 6 C GLU 1 32.002 35.428 12.514 1.00 25.00 1AL1 55 ATOM 7 O GLU 1 32.521 34.279 12.454 1.00 25.00 1AL1 56 ATOM 8 CB GLU 1 34.093 36.609 11.812 1.00 25.00 1AL1 57 … ATOM 102 OXT GLY 12 20.888 27.022 1.650 1.00 25.00 1AL1 144 TER 103 GLY 12 1AL1 145 HETATM 104 S SO4 13 31.477 38.950 15.821 0.50 25.00 1AL1 146 HETATM 105 O1 SO4 13 31.243 38.502 17.238 0.50 25.00 1AL1 147 HETATM 106 O2 SO4 13 30.616 40.133 15.527 0.50 25.00 1AL1 148 HETATM 107 O3 SO4 13 31.158 37.816 14.905 0.50 25.00 1AL1 149 HETATM 108 O4 SO4 13 32.916 39.343 15.640 0.50 25.00 1AL1 150 CONECT 104 105 106 107 108 1AL1 151 CONECT 105 104 1AL1 152 CONECT 106 104 1AL1 153 CONECT 107 104 1AL1 154 CONECT 108 104 1AL1 155 MASTER 29 0 1 1 0 0 0 6 100 1 5 1 1AL1A 6 END 1AL1 157 PDB file example

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56 Subunits view Interactive view

57 DATABASE SECONDARI

58 UniProt (Universal Protein Resource) Il piu’ grande catalogo di informazioni sulle proteine. Contiene informazioni sulla sequenza e sulla funzione di proteine ed e’ ottenuto dall’insieme delle informazioni contenute in Swiss- Prot, TrEMBL e PIR.

59 UniProt http://www.uniprot.org/uniprot/ http://www.uniprot.org/uniprot/ UniProt Knowledgebase, due parti: Records annotati manualmente, informazioni dalla letteratura (UniProtKB/Swiss-Prot) Records risultato di analisi computazionali, in attesa di annotazione completa (UniProtKB/TrEMBL).

60 NCBI GENE Interfaccia unificata per cercare informazioni su sequenze e loci genetici. Presenta informazioni sulla nomenclatura ufficiale, accession numbers, fenotipi, MIM numbers, UniGene clusters, omologia, posizioni di mappa e link a numerosi altri siti web.

61 NCBI GENE

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63 RefSeq - Reference Sequence collection of genomic DNA, transcripts, and proteins. Distinguishing Features: non-redundancy explicitly linked nucleotide and protein sequences updates to reflect current knowledge of sequence data and biology data validation and format consistency accessions with '_' character ongoing curation by NCBI staff and collaborators, with reviewed records indicated

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65 DATABASE SECONDARI NCBI - Information retrieval system E' stato sviluppato all’NCBI (National Center for Biotechnology Information, USA) per permettere l'accesso a dati di biologia molecolare e citazioni bibliografiche. Sfrutta il concetto di “neighbouring”: possibilita' di collegare tra loro oggetti diversi di database differenti, indipendentemente dal fatto che essi siano direttamente “cross- referenced”. Tipicamente, permette l'accesso a database di sequenze nucleotidiche, di sequenze proteiche, di mappaggio di cromosomi e di genomi, di struttura 3D e bibliografici (PubMed).

66 PubMed

67 Bookshelf

68 Database secondari di strutture PFAM, CATH, SCOP Organizzano strutture in base a criteri gerarchici, evoluzionistici e di similarità strutturale Banche dati secondarie derivate da PDB

69 Pfam Proteins contain conserved regions Based on the conserved regions, proteins are classified into families Domains can be considered as building blocks of proteins. Some domains can be found in many proteins with different functions, while others are only found in proteins with a certain function. The presence of a particular domain can be indicative of the function of the protein.

70 The Pfam database is a large collection of protein domain families. Each family is represented by multiple sequence alignments and hidden Markov models (HMMs). HMM -> modelli probabilistici che descrivono evoluzione e conservazione di famiglie proteiche Provides links to external databases like PDB, SCOP, CATH etc. Pfam

71 Procedura per la costruzione degli allineamenti Allineamenti seed, curati, di membri rappresentativi della famiglia HMM All. full contengono tutti i membri della famiglia

72 Family: A collection of related protein regions Domain: A structural unit Repeat: A short unit which is unstable in isolation but forms a stable structure when multiple copies are present Motifs: A short unit found outside globular domains Related Pfam entries are grouped together into clans; the relationship may be defined by similarity of sequence, structure or profile- HMM. Pfam classification

73 Allineamenti seed e full  Pfam-A Famiglie “incomplete”  Pfam-B Due sezioni: Pfam-A and Pfam-B

74 Pfam-B families are un-annotated and of lower quality as they are generated automatically from the non-redundant clusters of the latest ADDA (Automatic Domain Decomposition Algorithm) database release.ADDA Although of lower quality, Pfam-B families can be useful for identifying functionally conserved regions when no Pfam-A entries are found.

75 Pfam HMM logo Seed alignment

76 CATH Protein Structure Classification Database at UCL Classification of proteins based on domain structures Each protein chopped into individual domains and assigned into homologous superfamilies. Hierarchial domain classification of PDB entries.

77 CATH hierarchy Class – derived from secondary structure content is assigned automatically Architecture – describes gross orientation of secondary structures, independent of connectivity (based on known structures) Topology – clusters structures according to their topological connections and numbers of secondary structures Homologous superfamily – this level groups together protein domains which are thought to share a common ancestor and can therefore be described as homologous

78 Class, C-level mainly-alpha, mainly-beta and alpha- beta (including alternating alpha/beta structures and alpha+beta structures) plus a fourth class with low secondary structure content. Architecture, A-level Overall shape; ignores the connectivity between the secondary structures. Assigned manually using literature for well-known architectures (e.g the beta- propellor or alpha four helix bundle) as reference. Topology (Fold family), T-level Structures are grouped into fold families at this level depending on both the overall shape and connectivity of the secondary structures. This is done using the structure comparison algorithm SSAP.

79 CATH – dominio maggiore serina idrossimetiltransferasi umana

80 SCOP Structural Classification of Proteins Description of structural and evolutionary relationships between all the proteins with known structures Uses the PDB entries Search using keywords or PDB identifiers

81 Hierarchy in SCOP While the four major levels of CATH are class, architecture, topology and homologous superfamily SCOP uses: Class (all α, all β, α/β, α + β) Fold Superfamily Family Species SCOP database is mainly based on expert knowledge, while CATH grounds more on automation

82 What about Genomic databases? Saranno trattati nella parte del corso riguardante la Genomica

83 Homework: leggere tre abstract e un articolo scelti dall’Ultimo NAR DB issue http://www.oxfordjournals.org/our_journals/nar/database/c/