PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino ‘Carlo Bo’

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1 PUBMED INTRODUZIONE a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino ‘Carlo Bo’

2 Pubmed: che cosa è? Banca dati bibliografica biomedica accessibile gratuitamente online, sviluppata dal National Center for Biotechnology Information (NCBI) presso la NLM (National library of medicine’s) La NLM è la biblioteca affiliata all’NIH (National Institute of Health ) punto di riferimento per la ricerca medica degli Stati Uniti. E’ la base dati più grande e prestigiosa nel settore biomedico a livello mondiale

3 Cos'è una banca dati bibliografica?
è un archivio elettronico di riferimenti bibliografici contiene esclusivamente citazioni di articoli, spesso provvisti di abstract; l'applicazione di software specifici consente l’utilizzo di altri servizi di supporto (full text, localizzazione ) a causa dell'alto costo di mantenimento, la maggior parte delle banche dati è consultabile solo a pagamento interrogabile in modo dinamico

4 Vantaggi della ricerca in banche dati (rispetto a ricerche in internet)
Alta quantità di risultati positivi e mirati Alta qualità: Il valore scientifico delle informazioni è garantito dalla selezione condotta da qualificati comitati scientifici.

5 un po’ di storia 1879: INDEX MEDICUS
1964: NASCE IL MEDLARS (Medical literature Analysis and retrieval system) 1971: Dal MEDLARS AL MEDLINE 1980 Riversamento in CD-ROM 1997: DAL MEDLINE AL PUBMED 1.Esce il I vol. dell’indice periodico della letteratura medica corrente curato da direttore di una piccola biblio, la futura NLM 2. Nasce la Tecnologia informatica e quindi il Medlars=sistema di analisi e reperimento della letteratura medica (su nastro ) 3. MED (lars) onLINE: con lo sviluppo della tecnologia delle telecomunicazioni (via telefono). Inizialmente copertura limitata=1000 periodici 4. I volta che un archivio cosi’ prestigioso con informazioni controllate e selezionate viene reso accessibile a tutti dallo stesso produttore (la nlm)

6 MEDLARS Attualmente è composto da 40 banche dati. Ricordiamo: Pubmed
Toxnet: base di dati di tossicologia che permette di interrogare gli archivi CCRIS, DART,IRIS, GENETOX … Cancernet: b.d. per l’oncologia con gli archivi CANCERLIT (bibliografico) e PDQ (protocolli di trattamento) CancerLit CancerLit: Bibliographic database containing more than a million citations and abstracts related to cancer from over 4000 different sources.

7 Pubmed: Cosa contiene? 4 database MEDLINE : OLDMEDLINE:
citazioni dal 1966 ad oggi; abstract; MESH; aggiornamento settimanale; OLDMEDLINE: con citazioni dal 1951 al 1965 , no abstract, no MESH PREMEDLINE (In Process citations) per citazioni non ancora indicizzate; no MeSH ; aggiornamento giornaliero PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS per citazioni ricevute via elettronica direttamente dall’editore. Non ancora pubblicate in cartaceo AB dal 1975; 4800 riviste scientifiche più autorevoli di 70 paesi diversi indicizzate su tot. 4. e non ancora presenti in formato cartaceo

8 Medline: Un po’ di numeri:
circa 17 milioni di citazioni di articoli scientifici di ambito biomedico o scienze affini (dalle 500 alle 3000 ogni giorno) Copre circa il 25 % dell’intera produzione mondiale di riviste biomediche (4800 riviste) Le riviste provengono per il 40% dall’area statunitense e l’88% degli articoli è in lingua inglese Gli abstract sono presenti nel 76 % degli articoli il testo pieno non è previsto a meno che non si trovino articoli disponibili gratuitamente online. Questi sono raggiungibili grazie al sistema di linking ed al software ENTREZ

9 PUBMED e non solo : il sistema ENTREZ
ENTREZ (Entrez Molecular Sequenze Database System) sviluppato dal NCBI. Sistema che integra la banca dati Pubmed con archivi sulla biologia molecolare permette, in un insieme integrato, di ricercare sequenze molecolari e informazioni bibliografiche

10 NUCLEOTIDE: sequenze di DNA PROTEIN: sequenze di proteine
Accesso agli archivi disponibili NUCLEOTIDE: sequenze di DNA PROTEIN: sequenze di proteine GENOME: dati su genoma STRUCTURE : strutture a 3D TAXONOMY OMIM: catalogo dei geni umani e dei disordini genetici PMC (Pubmed central) Depositate presso GeneBank, EMBL(european molecular biology laboratory), DDBJ(DNA databank of Japan Registrate presso Swiss Prot, PIR (protein identification resources, PDB(protein Data Bank) Genoma e mappature di cromosomi con strutture proteiche a 3D derivate dalla PDB e incorporate nella MMDB (Molecular modelling data base) i nomi di tutti gli organismi associati ad almeno una sequenza nucleotidica Catalogo dei geni umani Archivio digitale con le risorse libere disponibili in rete

11 PUBMED http://pubmed.gov
II. LA RICERCA

12 L’archivio a cui si è automaticamente collegati è pubmed
L’archivio a cui si è automaticamente collegati è pubmed. L’utente però può selezionare una delle basi dati previste dal sistema

13 http://pubmed.gov Maschera per ricercare Per raffinare la ricerca
Accesso a servizi aggiuntivi e strumenti utili

14 La Citazione bibliografica:
autore Titolo articolo Rivista, anno, vol,fascicolo, pagine La corretta trascrizione di questi dati è essenziale per una successiva localizzazione in un catalogo o corretta citazione in una bibliografia n. Identificativo del premedline

15 I record bibliografici:
Base dati è una collezione di dati organizzati in record Ogni record è una citazione bibliografica Record è un insieme di campi Campo è un singolo specifico dato Ogni campo è contraddistinto da etichette o TAG importanti per effettuare ricerche mirate

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17 TAG PRINCIPALI utili nella ricerca (elenco completo nell’help)
[AU] campo autore [TI] campo titolo [TA] nome della rivista [LA] lingua di pubblicazione dell’articolo [MH] Mesh terms (soggetti) [DP] data di pubblicazione(A/M/G) [EDAT] data di inserimento nel pubmed (A/M/G) [AB] abstract

18 Funzioni di ricerca comuni a tutte le basi dati
Stopwords (articoli, congiunzioni…): trascrizione superflua Troncamento: (*) si cercano le varianti che hanno radice in comune Operatori booleani: AND, OR, NOT n.b. trascriverli in maiuscolo Parentesi: si stabilisce un ordine di priorità

19 Tipologie di ricerca: semplice o complessa
Per cercare gli articoli più recenti Quando si ha un solo termine di ricerca Per cercare gli articoli di un autore Per cercare gli articoli con il titolo di un periodico Può essere LIBERA (1) o PER CAMPI (2) Esempi in pubmed: aids, prader-willi,

20 1. RICERCA LIBERA la maschera di ricerca consente di inserire liberamente i termini che vengono così ricercati in tutti i campi. N.B.: Utile usare la funzione Limits (filtri) per delimitare la ricerca (Esempi : AIDS (n.b.: n. di citazioni ), Ubiquitin; Sindrome Prader-Willy), Alzheimer,Salmonella infections Limits: stabilire l’ambito della ricerca

21 Ricerca libera

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23 Ambito di ricerca: Tutti i campi o un campo specifico – tipo di pubblicazione – lingua – uomo o animale – genere – gruppi di età – date di pubblicazione – vari sottoinsiemi di pubmed: medline, premedline, Aids (selezione AIDS di Medline) e Pubref (estensione di medline)

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25 2. RICERCA PER CAMPI Serve a limitare i risultati di una ricerca con termine non qualificato che ha dato troppi risultati Come limitare ? Termine [TAG del campo] 1.eccessiva in quantità o con molto rumore causato da un termine non qualificato. 2. Per limitare la ricerca a singoli campi: digitare il termine seguito dal TAG del campo di interesse fra parentesi quadre

26 Esempi di ricerca per campi
Cell Cell [AU] Cell [TA] Cell [TI] Come si ricerca un autore: Cognome + iniziale/i nome (es Veronesi U) oppure Cognome [AU] far notare la differenza in num.

27 RICERCA COMPLESSA: Quando:
si utilizza più di un concetto e bisogna combinare più termini o più ricerche si vogliono usare voci di soggetto (MESH) ES. Digestive System AND liver Osteoporosis + limits AGE >60 e Gender

28 Ricerca complessa con più termini
Utilizzare gli operatori booleani (in maiuscolo): AND (intersezione) per recuperare documenti che contengono entrambi i termini inseriti in ricerca OR (unione) per recuperare documenti che contengono almeno uno dei due termini NOT per recuperare documenti che contengono solo il primo termine di ricerca escludendo l’altro

29 Anche hypertension and heart arrest

30 Ricerca per frase Racchiudere i termini fra virgolette o usare il tag [tw] Automaticamente trova le frasi da una lista preordinata Esempio: - Breast tumours = così trova i casi di tumore – non necessariamente al seno - and ghiandola mammaria (145593) - “breast tumours” = tumori al seno (1347) L’immissione di più termini nella maschera di ricerca viene interpretata solitamente da pubmed effettuando una ricerca sui singoli termini combinandoli con l’operatore AND

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32 Ricerca con parentesi: ordine di priorità nella lettura della stringa di ricerca
Le parentesi stabiliscono un ordine di priorità nella lettura della stringa di ricerca: Altro es.: (digestive system AND liver) NOT (Biliary tract OR Pancreas): senza parentesi pancreas (termine non voluto) verrebbe incluso nei risultati

33 Ricerca per soggetto: i MESH
Tesauro MeSH (Medical Subject Headings) dizionario di termini controllati usati per sintetizzare i soggetti del documento e descrivere il contenuto informativo dell’articolo Vantaggi: Ricerca completa: non si perdono i sinonimi o voci affini Precisione nella ricerca Svantaggi: Non si trovano record premedline e publisher supplied (i più recenti!) Headings=intestazioni

34 I Mesh Per ogni articolo vengono assegnati uno o più intestazioni (max=15) Per specificare meglio il soggetto o un aspetto (es: pathology, drug therapy) di questo vengono inserite sottointestazioni (subheadings) per ogni mesh Per visualizzare le intestazioni scegliere il formato di visualizzazione Medline

35 Ricerca con il TAG Mesh: risultati 0

36 Il Mesh database = Archivio dei soggetti
1. Se un termine non è presente vengono proposte voci simili o affini

37 Vantaggi del Mesh Database
Controllo del termine immesso: se non presente vengono proposte voci simili o affini e le definizioni Visualizzazione: dei sinonimi (entry terms), della struttura ad albero delle sottointestazioni Automatic explosion, No expl Argomento principale (Major Topic) Scelta una voce: vengono mostrate i sinonimi

38 Esempio di ricerca con il mesh database
Definizione del concetto Voce non presente (brain cancer)--- vengono proposte le voci del mesh database con la dafinizione del concetto

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41 Mesh database: Struttura ad albero

42 Ricerca con sottointestazioni, senza esplosione

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44 Erano 87317 con brain neoplasm [mesh

45 visualizza come viene interpretata la strategia di ricerca da pubmed
Si possono inserire altri termini liberi o intestazioni usando AND,OR,NOT

46 Altre funzioni utili nella ricerca: A. La barra degli strumenti
Limits Preview/Index History Clipboard Details

47 3. History (archivio delle ricerche)
Pubmed conserva le strategia di ricerca e i risultati numerandole e ponendole nell’ordine in cui sono state eseguite Si possono combinare le ricerche eseguite usando gli operatori booleani (si deve riportare il simbolo cancelletto) Accetta un massimo di 100 ricerche Le ricerche vanno perse dopo un’ora Vedi diapositiva n.39

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49 2. Preview/index (no premedline, né publisher supplied )
Permette di vedere e selezionare i soggetti presenti nel DB in ordine alfabetico partendo dal termine in esame fra parentesi accanto c’è l’indicazione del numero dei record es: per cercare complicazioni dovute all’ipertensione

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51 Altre funzioni: B. La barra a sinistra
PUBMED TUTORIAL (guida ufficiale interattiva) PUBMED help (strutturato a capitoli come un libro) SINGLE CITATION MATCHER CLINICAL QUERIES ( per articoli che si riferiscono alla ricerca clinica) JOURNAL DATABASE

52 1. Single citation matcher
utile per rintracciare rapidamente una citazione si conoscono già alcuni dati del riferimento, ma la citazione è incompleta o sbagliata utile anche per trovare gli indici della rivista indicando la rivista e l’anno

53 2. CLINICAL QUERIES Scopo: facilitare la ricerca di articoli che si riferiscono alla ricerca clinica Strategia di ricerca: suddivisione degli articoli in - 4 ambiti: terapia – diagnosi - prognosi – eziologia - 2 livelli: Sensitivity (< precisione) – specificity

54 Ricerca clinica Revisioni sistematiche: sintesi rigorose della letteratura medica Revisioni sistematiche, metanalisi, revisioni di clinical trial, evidence-based medicine, linee guida

55 3. JOURNAL DATABASE Permette di selezionare un periodico tramite il titolo (anche abbreviato), ISSN. Serve per cercare citazioni tratte da quel periodico

56 PUBMED http://pubmed.gov
III. I RISULTATI DELLA RICERCA IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI

57 I risultati REVIEW=articoli dove si trova una panoramica dei risultati che sono stati ottenuti in un determinato campo. Di solito è l’editore che chiede ad un esperto nel settore di scivere una review Quadro sintetico ma esauriente dello stato della ricerca in determinati settori RASSEGNA ANNUALE (Annual review) Presentazione e valutazione delle opere più importanti relative ad un determinato settore e pubblicate nel corso di un anno, al fine di aggiornare sulla letteratura e sui progressi compiuti negli studi relativi ad un ambito disciplinare specifico. Quadro sintetico ma esauriente dello stato della ricerca in determinati settori

58 Visualizzazione dei risultati

59 Risultati Lista in ordine cronologico inverso (dal più recente al meno recente) Per visualizzarne uno cliccare sugli autori Per visualizzarne più di uno: spuntare le citazioni e cliccare su display dopo aver scelto il formato Il formato automatico è il summary Altri formati: Brief (con primo autore parte del titolo e pmid) Abstract con ‘abstract ma non i mesh Citation con abstract più mesh Medline: con tutti i campi Brief con primo autore parte del titolo e pmid Abstract con ‘abstract ma non i mesh Citation con abstract più mesh Medline: con tutti i campi

60 PUBMED: dalla citazione al full-text
(A sinistra di ogni citazione) Foglio vuoto: citazione priva di abstract Foglio scritto: citazione con abstract Foglio evidenziato in arancio e verde: citazione con fulltext disponibile in nell’archivio pubmed central Foglio evidenziato in verde: citazione con link al sito dell’editore che offre gratuitamente il full text Simboli: dalla citazione al full-text

61 Pubmed: i servizi Related articles Links:
permette di cercare articoli su argomenti simili, in ordine di somiglianza Links: si può accedere a books (libri attinenti), link out (ulteriori risorse online), composti e altro. Variano per ogni citazione

62 Link out: esempio Link al full text fornito dall’editore o dal PMC, link a biblioteche che hanno il ful text, Link ad altre risorse correlate come database biologici, tossicologici (es.:HSDB), medline plus (informazione x il grande pubblico

63 Selezionando la citazione:
Links al full text dell’editore e del PMC = related articles

64 IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI
TEMPORANEA: Clipboard = blocco appunti max 500 citazioni selezionate si svuota dopo 8 ore di inattività PERMANENTE: Send to file = salva fino a record alla volta in formato .txt o .html

65 Per stampare Per salvare

66 Anteprima di stampa (selezionando send to print)

67 Per Stampare Selezionare send to print Oppure
Selezionare formato con abstract per le citazioni che interessano e selezionare il file stampa del browser

68 Per salvare una strategia di ricerca: MyNcbi
Utile per strategie che hanno dato ottimi risultati Occorre registrarsi (gratuita) Salva fino a 100 ricerche Permette aggiornamenti: servizio che ripete periodicamente le ricerche e invia i risultati alla mail data in fase di registrazione

69 Salvare in MyNCBI

70 Filtri in MyNCBI

71 TOXNET: l’informazione tossicologica

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73 TOXNET: archivi contenuti
Base dati Produttore Contenuto CCRIS Chem. Carc. Res Inform sys NCI National Cancer Inst 8000 record chimici con risultati di test di carcinogeneticità e mutagenicità CHEMID PLUS NLM schede di sostanze chimiche DART/ETIC Develop. Reproductive toxic / Environ. Terat. Inform center > citazioni bibliografiche relative alla tossicologia dello sviluppo e della riproduzione TOXLINE + di 3 milioni di citazioni bibliografiche a carattere tossicologico GENE-TOX EPA Environm Protection Ag Dati di mutagenesi su oltre 3000 sostanze IRIS Dati relativi al rischio umano da esposizione a oltre 500 sostanze chimiche TRI Stime annue dei rilasci di sostanze chimiche nell’ambiente

74 HSDB (Hazardous Substances Data Bank)
Base dati fattuale prodotta dalla NLM Contiene informazioni sulla tossicità di oltre 4500 sostanze chimiche potenzialmente pericolose Dati peer-reviewed = revisionati da una commisione di esperti (fra pari) nominati dalla NLM Lactmed (Drugs and Lactation Database) Base dati con informazioni riguardanti l’allattamento al seno e la tossicità dei farmaci ai quali sono esposte madri e neonati

75 Basi dati bibliografiche
Dizionario chimico Basi dati fattuali

76 ChemIDPlus: l’informazione chimica

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78 LINK UTILI NLM Gateway: interfaccia unica per la ricerca contemporanea in tutte le risorse della NLM Dizionario dei termini medici in internet (italiano/inglese) Mesh / traduzione italiana a cura dell’Istituto superiore di Sanità: accesso gratuito previa registrazione

79 LINK utili SCIRUS (http://www.scirus.com)
motore di ricerca specializzato per informazione scientifica (selezione di oltre 300 milioni di pag web) integra ricerca su web con ricerca su basi dati disponibili online (citazioni Medline, articoli di archivi come Biomed central,e-prints depositati in ArXiv e CogPrints) DOAJ (directory of open access journal) archivio di oltre 2500 periodici scientifici disponibili gratuitamente online

80 NLM Gateway: interfaccia unica

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82 Ricerca nel gateway con linguaggio indicizzato

83 Esempi

84 Esempi di ricerca: all’inizio libera

85 Poi con due termini per specificare l’aspetto che interessa

86 Poi con frase esatta “”

87 Associando più termini con operatori

88 Infine qualificando il termine come soggetto

89 E associando il soggetto con un altro termine

90 Riassumendo:

91 Esempio di ricerca integrata: pubmed-Omim
Ricerca di articoli sulla Corea di Huntington (termine di soggetto) Invia la ricerca in Pubmed

92 Selezionare Linkout

93 Link al Medline Plus: l’informazione per il grande pubblico
Link ad un archivio del Toxnet

94 Archivio Hazardous Substances Database (toxnet)

95 Medline Plus: informazione medica per tutti
Spiegazione del difetto genetico e link a banche dati genetiche

96 Link all’archivio OMIM dei disordini genetici

97 Per la localizzazione su cromosoma

98

99 Corea di Huntington: localizzazione sul cromosoma ricerca in archivi GENE e OMIM

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101 Struttura dell’emoglobina

102 Esercitazioni 1 Ricercare articoli di Johnson J sulla rivista science pubblicati negli ultimi 5 anni Usando i mesh Ricercare articoli di Grossbard ML sul tumore al seno, e precisamente sulla diagnosi e terapia con tamoxifen. Articoli dal 1990 al 2006 Cercare articoli sull’ischemia cerebrale (cerebral ischemia) come argomento principale nella fascia di età fra i 45 e 60 anni. Articoli in italiano con carattere di rassegna (review ) Ricercare articoli sulla osteoporosi (osteoporosis) che insorge dopo la menopausa e la terapia alimentare

103 Esercitazioni 2 Incidenza dell’ipertensione nella malattie cardiache sopra i 50 anni Obesità, come argomento principale, nei bambini e malattie correlate. Articoli in italiano Mammografia: può causare tumori al seno? cancro al cervello: prognosi e terapia Ruolo dell’ubiquitina nell’apoptosi cellulare e nell’ insorgenza delle neoplasie Comparsa della TBC farmaco resistente in Italia negli ultimi 10 anni Distrofia muscolare e Corea di Huntigton: localizzazione cromosomica e bibliografia correlata Studio di una proteina a piacere con “Structure”

104 Scrivi la frase che esprime la tua ricerca
Come impostare una strategia di ricerca: consigliato l’uso del mesh database Scrivi la frase che esprime la tua ricerca Es cerco articoli che parlino del sangue dal naso in rapporto all’ipertensione) Dividi il soggetto in concetti essenziali es. sangue dal naso e ipertensione Traduci in inglese (nosebleed, hypertension) Cerca i termini nel Mesh database (epistaxis, hypertension) Combina i concetti con AND, OR, NOT

105 Per approfondimenti: PubMed Tutorial : guida realizzata dalla National Library of Medicine, contiene anche dimostrazioni animate delle procedure di interrogazione, un glossario e link ad altre pagine web Pubmed in pillole : (come imparare ad usare PubMed in un'ora o poco più), a cura di Carlo Drago e Rita Strazzeri, Università di Roma "La Sapienza" La ricerca nelle banche dati bibliografiche: l'esempio di PubMed : (una piccola introduzione per i non addetti ai lavori), di Caterina Barazia