Epidemiologia della tubercolosi in Toscana

Presentazione sul tema: "Epidemiologia della tubercolosi in Toscana"— Transcript della presentazione:

1 Epidemiologia della tubercolosi in Toscana

2 Il questionario

3 La rete dei laboratori Laboratori di I livello
Invio dei campioni al rispettivo laboratorio di II livello per l’esecuzione della coltura Laboratori di II livello Conservazione di tutti i ceppi di M. tuberculosis complex Raccolta delle notizie epidemiologiche Invio di ceppi e schede al Laboratorio di III livello Laboratorio di III livello Esecuzione o completamento dell’identificazione Eventuale esecuzione dell’antibiogramma Conservazione dei ceppi Elaborazione dei dati epidemiologici Studio dei ceppi a livello molecolare (Univ. Pisa)

4 Gli aderenti Tutte le Aziende dell’area fiorentina
Microbiologia Ospedale di Arezzo Microbiologia Ospedale di Grosseto Microbiologia Ospedale di Lucca Microbiologia Università di Pisa Malattie Infettive Ospedale di Pistoia Malattie Infettive Ospedale di Prato Microbiologia Università di Siena Microbiologia Ospedale di Empoli

5 Pazienti per classe di età

6 Distribuzione in base al sesso

7 Le resistenze 1

8 Le resistenze 2

9 Sede della malattia

10 Paese di origine

11 HIV-status

12 Isolamenti per provincia

13 http//:

14 Epidemiologia molecolare
Ricerca di marcatori, all’interno del genoma del microorganismo, dotati di specificità di ceppo Permette di ricostruire i flussi epidemici Permette di raggruppare i ceppi in grandi “famiglie” che riflettono il cammino dell’evoluzione

15 Fingerprinting in base al IS6110

16 Alcuni pattern RFLP

17 RFLP: anno 2002 Ceppi raccolti: 245 Pattern RFLP: 215 Cluster
di 2 ceppi: 19 di 3 ceppi: 3 di 4 ceppi: 1 Nessun focolaio epidemico Tre contaminazioni di laboratorio

18 Il locus DR (direct repeat)

19 Il locus DR Da 9 a 50 sequenze ripetute di 36 bp (DR) inframmezzate da sequenze non ripetute di bp (spaziatori) 1 2 4 5 6 DR BCG DR 1 2 4 5 6 H37Rv 3 spaziatore DR

20 Spoligotyping BCG H37Rv X

21 I ceppi Beijing H37Rv Beijing I ceppi della famiglia Beijing hanno soltanto gli spaziatori 35-43 Individuati 7 ceppi Beijing pari al 3%

22 I ceppi Beijing 804 836 763 952 669 884 974

23 I ceppi Beijing toscani
n.t. Polmonare - Cinese 974 R Italiano 952 Extrapolmonare + 884 836 804 763 669 PZA ETH RIF INH STR Farmaco-resistenza Tubercolosi HIV Età Sesso Paziente Isolato No. 40/M 27/F 39/F 28/F 34/M 23/F 42/M

24 RFLP e spoligotyping RFLP: interessa l’intero cromosoma
Alto potere discriminante Impossibile l’impiego dell’amplificazione Spoligotyping: interessa una porzione limitata de genoma Ceppi diversi possono avere identico spoligotipo Possibilità di ricorso all’amplificazione Possibile compromesso: esecuzione dello spoligotyping su tutti i ceppi e approfondimento mediante RFLP su quelli risultati identici o “interessanti”

25 Raccomandazioni finali
Centralizzazione dell’esame colturale nei Laboratori di II livello Coinvolgimento dei Laboratori che non hanno ancora aderito allo studio epidemiologico Esecuzione dell’antibiogramma su tutti i nuovi isolati