ESERCITAZIONE BIOINFORMATICA ALLE 16.15 AULA 17
Complesso d’inizio di pol III
Promotore minimo di pol II
Assemblaggio del complesso di inizio su un promotore Pol II Pol Pol II TATA -1 -2 -3 -4 -5 1 2 TFII D TFII A TFII B Pol II TFII E 1 TBP + vari TAF TFIIF
Complesso d’inizio di pol II
Lewin, IL GENE VIII, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2006
Complesso d’inizio di pol II
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Gli elementi di un promotore possono essere determinati mediante geni “reporter”
I confini di un promotore possono essere determinati mediante analisi di delezioni progressive attività 100 reporter reporter 100 reporter 100 reporter 100 reporter 30 reporter
Gli elementi di un promotore possono essere determinati mediante analisi di mutazioni sito-specifiche
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Elementi del promotore della metallotioneina
Altri elementi del promotore di pol II
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Funzionamento degli Enhancer
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Elementi Enhancer
Ruolo degli Isolatori
Possono essere distinti in: - Fattori generali - Attivatori FATTORI DI TRASCRIZIONE NEGLI EUCARIOTI Trans-acting factors = fattori che agiscono in trans Transattivatori = attivatori che agiscono in trans Possono essere distinti in: - Fattori generali - Attivatori costitutivi inducibili
Attivatori costitutivi Modulo Attivatore DNA occupato Consenso Distribuzione CAAT box CTF/NF1 22 bp GGCCAATCT ubiquitaria GC box SP1 20 bp GGGCGG Ottamero Oct-1 ATTGCAT Oct-2 23 bp linfoidi kB NFkB 10 bp GGGACTTTCC ATF GTGACGT
Attivatori inducibili e elementi di risposta Agente regolatore Elemento di risposta Consenso Fattore Dimensioni (dalton) Shock termico HSE CNNGCCNNTCCNNG HSTF 93.000 Glucocorticoidi GRE TGGTACAAATGTTCT GR 94.000 Cadmio MRE CGNCCCGGNCNC MTF1 80.000 TPA TRE TGACTCA AP1 39.000 Siero SRE CCATATTAGG SRF 52.000
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Struttura "modulare" degli attivatori legame al DNA transattivazione dimerizzazione legame al ligando
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Struttura degli attivatori
Scambio di domini di attivatori
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Dominio Dito di Zinco
Omeodominio (HTH, Elica-giro-Elica)
Dominio Elica-Ansa-Elica (bHLH)
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Famiglie di fattori di trascrizione Dito di zinco (zinc finger) Omeodominio (elica-giro-elica, HTH) Elica-ansa-elica (helix loop helix, bHLH) Cerniera di leucina (leucine zipper, bZIP)
Dimerizzazione degli attivatori
Combinazioni di omodimeri ed eterodimeri
Struttura dell’ “Enhanceosoma”
Attivazione della trascrizione mediante reclutamento
Attivazione della trascrizione
Modificazioni della cromatina mediate dagli attivatori
Acetilazione e deacetilazione della cromatina Corepressore
Gli attivatori sono "bersaglio" di vie di trasduzione