Interazioni deboli Legami a idrogeno d- d+ d- D H :A ~ 0.9 2.5-3.5 Å
Interazioni deboli Legami a idrogeno
Interazioni deboli Legami a idrogeno DG = -R*T*lnKeq DG = DH –T* DS
Legami elettrostatici Interazioni deboli Legami elettrostatici E = k * q1* q2 / D * r k = 332 kcal mol-1 o 1389 kJ mol-1 Dvuoto = 1 DH2O = 80 q1 = 1; q2 = -1; r = 3 Å E = 1.4 kcal mol-1 (5.9 kJ mol-1)
Legami elettrostatici Interazioni deboli Legami elettrostatici + + DG = -R*T*lnKe DG = DH –T* DS
r r
Interazione idrofobica Interazioni deboli Interazione idrofobica CH3 CH3 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH3 O H d- d+ d+ CH3 CH CH2 H
Interazione idrofobica Interazioni deboli Interazione idrofobica O H O H O H H O H O H O H O H O H O H O H O H
Le proteine sono costituite esclusivamente da L-amminoacidi H O H N H N H 2 2 H R R H L-a-amminoacidi D-a-amminoacidi Le proteine sono costituite esclusivamente da L-amminoacidi I D-amminoacidi sono presenti solo in peptidi ad attività antibiotica prodotti da alcuni microorganismi
forma acida zwitterione forma basica AMMINOACIDI forma acida zwitterione forma basica pKa1 = ~ 2 pKa2 = ~ 9
A Ala Alanine B Asx Aspartic, Asparagine C Cys Cystein D Asp Aspartic E Glu Glutamic F Phe Phenylalanine G Gly Glycine H His Histidine I Ile Isoleucine K Lys Lysine L Leu Leucine M Met Metionine N Asn Asparagine P Pro Proline Q Gln Glutamine R Arg Arginine S Ser Serine T Thr Threonine V Val Valine W Trp Triptophan X Xxx,Xaa Unknown Y Tyr Tyrosine Z Glx Glutamic, Glutamine
R IDROFOBICI
H Fenolo O H Indolo N Benzene AROMATICI
POLARI NON CARICHI
BASICI (carichi positivamente) pKa = ~ 10 pKa = ~ 12 pKa = ~ 6
ACIDI (carichi negativamente) pKa = ~ 4.5 pKa = ~ 4
pKa = ~ 8-9 Cisteina (Cys, C) Tiolo Disolfuro