Contare e ordinare files di testo Per contare i caratteri, le righe e le parole in un file di testo wc (word count) % wc human_proteins.fa Conta le parole nel file % cat human_proteins.fa | wc % ls | wc Conta i file nella directory corrente Per ordinare le righe di un file: sort % sort file1 > file2 % comando1 | sort L’ordinamento è in base ai caratteri. Per un ordinamento numerico: % sort -n file1 > file2
Ricerca di parole e pattern: grep % grep hypothetical human_proteins.fa Cerca la parola ‘hypothetical’ in un file di testo La ricerca è case sensitive. per cercare Hypothetical o HYPOTHETICAL % grep -i hypothetical human_proteins.txt Altre opzioni importanti: -v Mostra solo le righe che NOT contengono la parola -n Mostra anche il numero di riga in cui compare la parola -c Mostra solo il conto delle righe in cui compare la parola -w Mostra solo i match esatti Selezione di porzioni di file con grep % grep -2 hypothetical human_proteins.fa (mostra 5 righe. Le due precedenti e le due successive alla parola cercata) % grep -A2 hypothetical human_proteins.txt (mostra 3 righe. Le due successive alla parola cercata) % grep -B2 hypothetical human_proteins.txt (mostra 3 righe. Le due precedenti alla parola cercata)
Caratteri speciali e espressioni regolari.Un carattere qualsiasi [ ]Un insieme di caratteri [az] a oppure z. [a-z] tutti i caratteri minuscoli dalla a alla z [^az] né a né z. [^a-z] tutti i caratteri tranne le minuscole |Oppure ‘kinase|phosphorylase’ *Un qualsiasi numero di volte +Una o più volte ?Zero o una volta {m}m volte {m,n}Almeno m e non più di n ^Inizio riga $Fine riga Usare grep -E per le espressioni regolari