19/02/2002LITA, Milano1 Oncology over Internet (O2I) Paolo Romano, Istituto Nazionale per la Ricerca sul Cancro, Genova

19/02/2002LITA, Milano2 Oncology over Internet (O2I) Sviluppo e implementazione di software per la ricerca, il filtraggio e il reperimento dalla rete Internet di informazioni in formato standardizzato in supporto alla ricerca oncologica e di interesse pubblico Progetto Strategico MIUR Settore: Società dellinformazione Tema: Metodologie, modelli, tecniche e strumenti per indicizzazione, ricerca, filtraggio e reperimento delle informazioni

19/02/2002LITA, Milano3 Razionale enorme quantità di dati di interesse biomedico disponibili in rete disparità di software utilizzati complesso lavoro di ricerca, filtraggio e recupero delle informazioni: –analisi parzialmente manuale –trasferimento tramite FTP/HTTP –cut and paste uninterfaccia unica per lutente finale autonoma, intelligente, efficace, efficiente

19/02/2002LITA, Milano4 Obiettivo generale Lo sviluppo di un prototipo di sistema intelligente in grado di: –consentire la formulazione di interrogazioni complesse su un insieme eterogeneo di banche dati e siti web, sulla base di un insieme predefinito di percorsi logici e ricerche tipo, –accedere alle banche dati e ai siti coinvolti ed effettuare le necessarie ricerche, –filtrare i risultati ottenuti, –presentare i risultati in forma integrata allutente finale.

19/02/2002LITA, Milano5 Risultato atteso Disponibilità di un prototipo: –dedicato alloncologia, –testato e validato da ricercatori –esportabile, –pubblicamente accessibile tramite Internet

19/02/2002LITA, Milano6 Obiettivi dettagliati 1. Allestimento e gestione sito Web 2. Sviluppo della base di conoscenza per la ricerca oncologica 3. Sviluppo della base di conoscenza per la clinica 4. Sviluppo della base di conoscenza per la divulgazione 5. Sviluppo del software intelligente 6. Test e validazione 7. Coordinamento di progetto

19/02/2002LITA, Milano7 Moduli del sistema Interfaccia utente Base di conoscenza Motore di ricerca

19/02/2002LITA, Milano8 Interfaccia utente Accessibile via Internet Seleziona la ricerca desiderata Acquisisce informazioni necessarie Attiva il motore di ricerca Visualizza i risultati

19/02/2002LITA, Milano9 Base di conoscenza (meta db) Le ricerche predefinite Per ogni ricerca tipo definita: –lelenco delle banche dati da interrogare, –lelenco delle informazioni da recuperare, –le modalità di accesso e interrogazione, –le modalità di estrazione delle informazioni, –le modalità di integrazione dei risultati.

19/02/2002LITA, Milano10 Motore di ricerca Modulo di controllo Modulo di recupero dellinformazione Modulo di estrazione dellinformazione Modulo di integrazione

19/02/2002LITA, Milano11 Strumenti XML (eXtensible Markup Language) CORBA (Common Object Request Broker Architecture) SOAP (Simple Object Access Protocol) Agenti intelligenti

19/02/2002LITA, Milano12 Strumenti XML (eXtensible Markup Language) –BioML, CML, GAME (Genome Annotation Markup Elements), BSML –AGAVE (Architecture for Genomic Annotation, Visualization and Exchange) –XEMBL –XEWA (XML Enabled Wide Area Bioinformatics Initiative) –WAX (Wide Area XML System)

19/02/2002LITA, Milano13 Strumenti CORBA (Common Object Request Broker Architecture) –Life Sciences Research (LSR/DTF) –EBI CORBA servers –BSA, BSANE, BQS –bioCORBA

19/02/2002LITA, Milano14 Gruppo di lavoro Istituto Nazionale per la Ricerca sul Cancro, Genova (P. Romano) Dipartimento informatica e Scienze della Comunicazione, Università di Milano Bicocca, Milano (G. Mauri) Dipartimento di Matematica e Informatica, Università di Camerino, Camerino (MC) (E. Merelli) Laboratorio di Informatica, Sistemistica e Telematica per le Biotecnologie, Centro Biotecnologie Avanzate, Genova (F. Beltrame) Istituto Tecnologie Biomediche CNR, Milano (L. Milanesi) Istituto Circuiti Elettronici, CNR, Genova (P. Arrigo) Centro Interuniversitario Nazionale per la Ricerca sul Cancro, Genova (L. Santi) Intrasoft SpA, Milano (M. Bisoffi)

19/02/2002LITA, Milano15 Contatti Sito web (in allestimento) – coordinatore