Dr. Giuseppe Pigola – pigola@dmi.unict.it Bioinformatica Dr. Giuseppe Pigola – pigola@dmi.unict.it

Piano Banche dati biologiche e sistemi di interrogazione; Allineamento e ricerca di similarità in DB; Gene Prediction e Backtranslation; Predizione della struttura secondaria; Microarray e Data Mining; Predizione di Target di miRNA; Linguaggi PERL e PHP; Network Biologiche; Algoritmi per la classificazione; Bioinformatica

Banche Dati Sistemi di Interrogazione: Banche dati Biologiche: GenBank - (NCBI – National Center for Biotechnology Information - 1982); EMBL - (EMBL – European Molecular Biology Laboratory - 1980); DDBJ - (DNA Database of Japan - 1986); Sistemi di Interrogazione: Entrez (Sviluppato da NCBI); SRS (Sviluppato da EMBL); Altre Banche Dati (con relativi sistemi di interrogazione on line): Swissprot / Uniprot; PIR – Protein Information resource; Bioinformatica

Banche Dati Banche dati specializzate: PDB: Banca dati di riferimento per i dati strutturali 3D di proteine; OMIM: Contiene informazioni sui geni umani e sulle patologie ad ereditarietà genetica nell'uomo; SNP – Single Nucleotide Polymorphism (integrato in NCBI): Banca dati di mutazioni; GEO Gene Expression Omnibus (integrato in NCBI): Database di dataset e espressioni geniche provenienti da esperimenti di microarray; Genome (Integrato in NCBI): Browser genomico; UCSC Genome Browser: Browser genomico; ENSEMBL: Browser Genomico; GO Gene Ontologies: Vocabolario unificato per la descrizione di tutte le funzioni dei geni e dei prodotti genici in generale; Bioinformatica

Banche Dati Banche dati specializzate: BioSystems – Pathways (Integrato in NCBI); KEGG Pathway Database; Pathway Commons; mirBase: microRNA Database; TarBase: microRNA Database; Mirò: Dati riguardanti target di miRNA predetti o validati corredati anche da informazioni su processi, funzioni e malattie; EST: Espressed Sequence Tag. Bioinformatica

Allineamento e ricerca di similarità in DB Matrici Dot-Plot: DotLet; Allineamento Pairwise: Matrici di score; EMBOSS; BLAST; FASTA; Allineamento Multiplo: CLUSTAW; T-COFFEE; ANTICLUSTAL; MUSCLE; PROBCONS; Bioinformatica

Gene prediction e backtranslation Catene di Markov, Distribuzioni Stazionarie, Hasting Metropolis, Gibbs Sampling, applicazioni; Hidden Markov Models; GenScan; EasyBack; Bioinformatica

Predizione della struttura secondaria MFOLD; Bioinformatica

Microarray Introduzione ai microarray; Tecniche di Data Mining; Bioinformatica

Predizione di target per miRNA miRanda; miRiam: Scansiona sequenze mRNA alla ricerca di binding site per miRNA. Utilizza proprietà termodinamiche ed empiriche; Bioinformatica

Linguaggi Linguaggio PERL (bioperl); Linguaggio PHP (in breve); Entrez-Utilities; Bioinformatica

Network Biologiche Cytoscape: Visualizzazione e analisi di network biologiche; NetMatch: Ricerca di strutture in una network; Mirscape: Annotazione di network biologiche con miRNA, processi, funzioni; Bioinformatica

Classificazione Support Vector Machine (SVM); Bioinformatica

Modalità di Esame Prova Orale: Un esercizio pratico al PC (Banche Dati, BLAST, allineamenti, Tool vari); Una domanda di carattere biologico; Una domanda di carattere informatico; Progetti (uno tra questi): Seminario su una pubblicazione bioinformatica; Realizzazione di un software per la Bioinformatica (argomento di ricerca o implementativo); Bioinformatica