WP12 Gruppi impegnati Univ. Padova, A. Apostolico, Univ. Genova, F. Beltrame, CNR Milano, L. Milanesi

WP12 Obiettivi del WP12: Fornire requisiti di applicazioni della Bionformatica, della Biologia Computazionale e della Neuroinformatica per la definizione e la realizzazione di una GRID. Sviluppare strumenti software per il supporto di applicazioni della Bionformatica, della Biologia Computazionale e della Neuroinformatica in ambiente GRID.

Ricerca di patterns e di motivi strutturali, estrazione di informazione Gestione di grandi basi di dati multimodali e distribuite di sequenze genomiche e di strutture proteiche Modellizzazione e visualizzazione remota di complessi cellulari

Per nessuna delle applicazioni proposte esiste attualmente una realizzazione completa ed usabile su grid.

Attività 1 Proteomica (A. Apostolico) Ricerca e confronto di proteine Task 1. Progetto e sviluppo di nuovi metodi per il confronto di proteine e per la ricerca di motivi strutturali Task 2. Integrazione di metodi esistenti operanti a livello di strutture secondarie con i metodi di cui al punto 1. Task 3. Visualizzazione remota di dati proteici Task 4. Contribuzione alla messa a punto di un portale web SS-PROTEIN-GRID all’interno di GRID- IT.

Scheduling

Deliverables Primo anno Deliverable 1: Distributed and integrated protein comparison algorithms Deliverable 2 : Development of a prototype using Globus Deliverable 3 : Results of Visualization of proteins

Personale Budget Alberto Apostolico, DEI, UNIPD,5mm,Tasks:1,2,4 Carlo Ferrari, DEI, UNIPD, 15mm, Tasks:1,2,3,4 Concettina Guerra, DEI, UNIPD, 3mm,1,2,3,4 Budget Budget DEI-UNIPD = 174,5 K Budget trattenuto da INFN per assistenza DEI 37,5 K Budget trasferito da INFN a DEI-UNIPD = 174,5 – 37,5 = 137 K Year 1: Funzionamento: 31,75k Year 2: Assegno di Ricerca, 21K,Funzionamento: 32K Year 3: Assegno di Ricerca, 21K , Funzionamento: 32K

Attività 2 Neuroinformatica (F. Beltrame) Task 1. Implementazione di un nodo computazionale basato su tecnologia GRID presso l’unità di ricerca Task 2. Ricerca, installazione e analisi dei principali database proteici, nucleotidici, cristallografici e specifici (Alzheimer e Parkinson). Studio e sviluppo di nuove interfacce web per l’accessibilità dei dati. Studio e realizzazione di test di accessibilità ai dati sia locali che su griglia Task 3. Ricerca di software per la realizzazione di modelli biologici, successivi test di performance su nodo GRID locale e rete GRID nazionale Task 4. Contribuzione alla messa a punto di un portale web NEURO-GRID all’interno di GRID-IT.

Scheduling

Deliverables Deliverable 1 : Installation of a user interface: description, material, methods, guidelines for future installations. Deliverable 2 : Results of using GRID network for the development of new models in neurosciences Deliverable 3: Integration of heterogeneous data about neuroscience on the GRID

Personale Francesco Beltrame , Professor, 3mm,Tasks: 1-2-3-4 Vincenzo Tagliasco , Professor, 2mm, Tasks: 2-3 Giovane Ricercatore, 17mm, Tasks: 1-2-3-4 Budget DIST-UNIGE = 174,5 K Budget trattenuto da INFN per assistenza DIST 37,5 K Consulenza giovane ricercatore (young researcher)  costo per 17 mesi uomo 49.753 Overhead  52.783 Missioni  17.344, Equipment  20.000, Totale = 178.100 Rd&RA  41.100 Finanziamento = 137K

Attività 3 Genomica (L. Milanesi) Task 1. Progetto e sviluppo di nuovi metodi per la predizione di geni e per la ricerca di segnali funzionali. Task 2. Realizzazione di una workflow basato su tecnologia GRID. Task 3. Integrazione con programmi utili all’analisi di sequenze. Task 4. Realizzazione di una portale WEB basato su tecnologia GRID.

Scheduling

Deliverables Deliverable 1 : Installation of a user interface: description, material, methods, guidelines for future installations Deliverable 2 : Implementation of programs for analysis of genomic data on the grid Deliverable 3: Implementation of programs for searching motifs on the grid

Personale Di Carlo Michela, ITB-CNR, 3 mm, Task:2 Rovida Ermanna, ITB-CNR, 3mm, Task:3-4 Hatton, John, ITB-CNR, 3 mm, Task: 2 Vesely Sara, ITB-CNR, 4, Task:3 Budget Budget ITB-CNR = 199.5K Budget trattenuto da INFN per assistenza DEI 37,5 K Year 1: Assegno ricerca, 30K, Funzionamento: 18,6k Year 2: Assegno di Ricerca, 30K , Funzionamento: 26,7 Year 3: Assegno di Ricerca, 30K ,Funzionamento: 26,7K