Bioinformatics Da wikipedia: Involve the use of techniques including: applied mathematics, informatics, statistics, computer science, artificial intelligence, chemistry and biochemistry to solve biological problems usually on the molecular level

I Computers nella scienza Comunicazione Informazione Calcolo

Banche dati Sequenze: (proteine, geni, reg. regolative, rna - 100 miliardi di basi 100 milioni di sequenze 100 mila organismi Testi: letteratura scientifica 15 milioni di articoli 5 mila riviste Altre: strutture, enzimi, malattie, promotori etc..

Analisi di sequenze Sequenze: (proteine, geni, reg. regolative, rna) 1 sequenza nel 1977 nel 1983 2000 in banca dati strumenti e metodi per l'analisi delle sequenze sono alla base di quasi tutta la bioinformatica

Annotazione funzionale Ricerche in banche dati Motivi funzionali

Analisi filogenetiche Ricostruire la storia evolutiva di geni e organismi

Bioinformatica strutturale Classificazione e funzione Visualizzazione

Predire la struttura Trovare la struttura 3D di una proteina a partire dalla sua sequenza

Simulazioni Drug design Protein design Docking

Genomica Genomi al 4-2006 Finiti Incompleti In corso Totale Procarioti acaccacacc cacaccacac ccacacccac acaccacacc cacacacaca cacacaccac acccacacac acccacacac cacaccacac ccacacacca cccacacaca cacaacacta ccctaatcta accctgtcca acctgtctcc aaacttaccc tccattacct tacctccccactcgttaccc tgccccattt aaccatacca cagcgaacca cgatccacat ctctacttcc taccaccaac ccaccgtcca ccataaccgt taccctccaa ctacccatat cctactccac tgccacttac cctgccattc ctctaccatc catcatctgg tactcactat actgttgttc tacccaccat attgaaacgc taacaaatga tcgtaaataa tacacatata cttaccctaccactccaatc ccaccaccac atgccatact caccttcact tgtatattga tatgccatac gcccacggat gctatagtat ataccatctc aaacttaccc tactttcaca ttccactcca tggcccatct ctcactaaat cagtaaatat gcacccacat cattatgcac ggcgcttgcc tcagcggtct ataccctttg ccatttaccc ataaattcca tgattatcta cattttaata tctatatctc atttggcggc ccaaaatatt gtataactgc ccttaataca tacgttatac tattttacac cgtatactaa ccactcaatt tatatacact tatgtcaatg t Genomi al 4-2006 Finiti Incompleti In corso Totale Procarioti 330 238 342 910 Funghi 9 33 20 62 Altri eucarioti 11 41 110 162 350 312 472 1134

Assemblaggio Ricostruire un genoma da milioni di sequenze di DNA

Annotazione genomica Cercare geni e promotori all’interno di un genoma

Browser genomici 200 Mb 1 Mb 10 Kb 200 bp

Genomica Comparata

altri "...omi" Proteoma Trascrittoma Interattoma Metaboloma Nuove tecnologie + dati - qualità

Analisi dei microarrays Classificare i geni a seconda di quando e dove sono trascritti in RNA

Systems biology Studio dei processi biologici (spesso a livello cellulare e molecolare) considerati come sistemi composti da molte parti interagenti Raccolta dati Modello matematico Simulazione e previsione Verifica

Reti di interazioni

Reti metaboliche

Simulazioni

Cellule virtuali in vitro in vivo in silicio

Analisi di testi Cercare di estrarre in modo automatico informazione scientifica dalla letteratura

Analisi di testi

Ontologie Classificare e ordinare la conoscenza biologica