A.A. 2015-2016 CORSO DI BIOINFORMATICA 2 per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA Scuola di Scienze, Università di Padova Docenti: Prof. Giorgio Valle Prof.

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Docenti: Prof. STEFANIA BORTOLUZZI Dr. GIANLUCA OCCHI
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A.A CORSO DI BIOINFORMATICA 2 per il CLM in BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA Scuola di Scienze, Università di Padova Docenti: Prof. Giorgio Valle Prof. Stefania Bortoluzzi

SVOLGIMENTO DEL CORSO I semestre del I anno Impegno didattico di 6 crediti: 32 ore di lezione frontale 32 ore di esercitazioni al computer Così suddivise: InsegnamentoLezioneEsercitazione Valle16 Bortoluzzi16

MODALITÀ D’ESAME Valutazione finale: Esito delle esercitazioni Verifica scritta per entrambe le parti del corso integrato Voto basato su media ponderata

WEB SITE DEDICATO AL CORSO

ORGANIZZAZIONE DEL CORSO Database e data retrieval (biosequenze, database secondari e di conoscenza, strutture) Allineamento di sequenze di acidi nucleici e proteine, matrici di sostituzione, metodi di allineamento esatto e euristici. Ricerca di similarità, BLAST. Allineamento multiplo di sequenze, Clustal Omega e Tcoffee. Predizione della struttura tridimensionale delle biomolecole. Folding delle proteine (metodi ab inizio, comparative modeling e threading). Evoluzione molecolare, determinazione delle distanze genetiche tra sequenze, filogenesi molecolare. Genome sequencing, assembly, and annotation. Genome resequencing. Risorse Genomiche (Navigare i genomi: NCBI, UCSC Genome Browser, ENSEMBL). Cenni su Metodi di mappaggio per l'analisi di dati NGS e transcriptome assembly. Genomica comparativa Metagenomica Valle Bortoluzzi

TESTI e materiali CONSIGLIATI Materiale lezioni Risorse e tutorial online Bioinformatica. Dalla sequenza alla struttura delle proteine Stefano Pascarella e Alessandro Paiardini Zanichelli 2014

“Researchers need to be obliged to document and manage their data with as much professionalism as they devote to their experiments.” THE BIG DATA ERA Nature journal Issue of  Importance of data: Retrieval Integration Analysis  An at least basic knowledge of bioinformatic methods in unavoidable also for experimental researchers  Bioinformatics from basic methods for managing biosequences to systems biology models

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