Laura Losa La ricerca della letteratura: CONOSCERE E USARE MEDLINE Esercitazione su: linguaggio di medline ed il browser, creare stringhe d ricerca, gli operatori boleani e i limiti

Laura Losa Obiettivi dell’esercitazione Entro la fine di questo corso, saremo in grado di :  Capire I contenuti di PubMed  Capire come utilizzare I termini MeSH  Costruire una ricerca utilizzando il MeSH e gli strumenti di ricerca di PubMed (Details, Limits, History, etc.)  Gestire I risultati utilizzando: display, sort, the Clipboard, save, print, and order features.  Salvare le ricerche.  Link agli articoli full-text e altre risorse.  Utilizzare I filtri e le special query, e altri strumenti di PubMed/NCBI.

Laura Losa Il nostro programma di oggi Il linguaggio di MEDLINE Usiamo Pub Med: esempi e sperimentazioni sperimentazione guidata Sperimentazione libera

Laura Losa Il linguaggio di MEDLINE Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa IDEA… CONSIGLIO… Prima di iniziare le nostre ricerche … apriamo altre finestre nel browser con i seguenti strumenti:

Laura Losa Traduttori on line

Laura Losa Traduttori on line

Laura Losa Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa MEDLINE Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa MEDLINE E’ la principale banca dati bibliografica della NLM. Contiene circa 11 milioni di citazioni dal 1966 ad oggi. Le citazioni provengono da circa 4000 riviste internazionali. Copre i settori della medicina, odontoiatria, scienze infermieristiche, veterinaria, scienze precliniche ed organizzazione sanitaria. L’aggiornamento è settimanale. Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa STRUTTURA DI MEDLINE Medline è un insieme di citazioni bibliografiche ottenute dalla recensione di riviste; Ogni citazione crea un record Ogni record è suddiviso in campi che identificano e qualificano l’argomento Ogni articolo è identificato da parole chiave (MeSH headings) contenute nel Thesaurus Ad ogni parola chiave possono essere abbinati dei qualificatori (subheadings) Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa Videata iniziale di PubMed

Laura Losa Maschera per ricercare Per raffinare la ricerca Accesso a servizi aggiuntivi e strumenti utili

Laura Losa La Citazione bibliografica: autore Titolo articolo Rivista, anno, vol,fascicolo, pagine n. Identificativo del premedline

Laura Losa I record bibliografici : Database è una collezione di dati organizzati in record Ogni record è una citazione bibliografica Record è un insieme di campi Campo è un singolo specifico dato Ogni campo è contraddistinto da etichette o TAG importanti per effettuare ricerche mirate

Laura Losa TAG PRINCIPALI utili nella ricerca (elenco completo nell’help) [AU] campo autore [TI] campo titolo [TA] nome della rivista [LA] lingua di pubblicazione dell’articolo [MH] Mesh terms (soggetti) [DP] data di pubblicazione(A/M/G) [EDAT] data di inserimento nel pubmed (A/M/G) [AB] abstract

Laura Losa TAG PRINCIPALI utili nella ricerca (elenco completo nell’help)

Laura Losa Ricerca libera : i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi. Ricerca per Campi : al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore, [ti]=titolo, [so]= titolo della rivista. Ricerca per frase : racchiudendo due o più termini tra virgolette (“ “) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase. Ricerca per Titolo di Rivista Il “Journal database” : fornisce informazioni sui periodici indicizzati in PubMed (ISSN, abbreviazioni standard, link alla scheda catalografica della National Library of Medicine…). Ricerca per Autore : cognome + iniziali (es.: Bellingeri A.) Troncamento = * Operatori Booleani = AND, OR, NOT Parentesi per stabilire un ordine di priorità per ricerche con più termini. Limiti per campo, tipologia di pubblicazione (editoriale, lettera, metanalisi, linee guida, ecc.), età del gruppo di studio, data di pubblicazione, lingua, solo citazioni con abstract, uomo/animale, subset (AIDS, bioetica, tossicologia, ecc.) e sesso.

Laura Losa Single Citation Matcher : una maschera di ricerca con tutti i campi della citazione. Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano almeno alcuni elementi. Ricerca per descrittore: i MeSH - Medical Subject Headings (ca descrittori principali, ca 800 subheadings, più di voci supplementari)

Laura Losa Il Mesh Database Ogni termine è corredato da una definizione, dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati), dalle qualificazioni; una volta scelto il termine è possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca con l’operatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari: a questo punto è possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante “search PubMed”.

Laura Losa Clinical Queries : sono un particolare gruppo di filtri di ricerca sviluppati per il reperimento di studi clinici di particolare rilievo per i medici che praticano la medicina basata sull’evidenza (EBM). Funzioni avanzate:

Laura Losa Funzioni avanzate : Mappatura Automatica dei Termini L’opzione Details permette di vedere come il programma ha interpretato la richiesta

Laura Losa Funzioni avanzate: Index – permette di costruire stringhe di ricerca attraverso la consultazione dei vari indici. Preview – visualizza il numero di record risultanti da una ricerca prima di mostrare le citazioni, permettendo così di aggiustare la strategia.

Laura Losa Funzioni avanzate: History – memorizza fino a 100 ricerche e consente di incrociare i set.

Laura Losa Funzioni avanzate: Clipboard – cartella per l’archiviazione dei record provenienti da varie ricerche, fino ad un massimo di 500. My NCBI – Per salvare in modo permanente strategie di ricerca; permette l’invio di alert in posta elettronica qualora vi siano degli aggiornamenti. Richiede un’ iscrizione gratuita e si accede tramite password.

Laura Losa Funzioni avanzate: Related articles – gli articoli sono correlati fra loro attraverso la comparazione delle parole del titolo, dell’abstract, e dei termini MeSH. Vengono visualizzati in ordine di rilevanza. LinkOut – Visualizza i link esterni della citazione, dal full text alle biblioteche che possiedono il periodico.

Laura Losa Ricerca per parole-chiave Termine significativo rispetto al contenuto di un testo, collocato in uno specifico campo del record (keywords) ARGOMENTOParole chiave La fisiterapia respiratoria - Respiratory -Physiotherapy La riabilitazione del paziente infartuato - Myocardial infarction -Rehabilitation La forza muscolare nelle fratture di collo femore dell’anziano - Muscle strength -Hip Fracture Elderly

Laura Losa In base agli strumenti usati x la ricerca il risultato cambia in termini di SENSIBILITA’ e SPECIFICITA’ SENSIBILE= viene trovato il maggior n° possibile di articoli inerenti l’argomento SPECIFICA= gli articoli rinvenuti hanno un’elevata percentuale di pertinenza con l’argomento

Laura Losa Ricerca per Campi: al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore, [ti]=titolo, [so]= titolo della rivista. Limitare al ricerca:es.il titolo Esempio: “catheter” [TI]

Laura Losa Ricerca per Autore: cognome + iniziali (es.: Clerici G.) Limitare al ricerca:es l’autore Elenco delle abbreviazioni nella pagina HELP Esempio: “Clerici G”[AU]

Laura Losa Troncamento E’ possibile troncare un termine mettendo un asterisco* prima della fine della parola=> il motore trova tutte le possibili variazioni desinenziali dello stesso termine Esempio: myocard*

Laura Losa Troncamento inserendo l’asterisco dopo la radice di un termine di ricerca e’ possibile reperire il termine nelle sue diverse forme Esempio: librar*

Laura Losa Ricerca per frase: racchiudendo due o più termini tra virgolette (“ “) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase. Se si vuole cercare una frase composta da 2 o + termini: Racchiuderla tra le virgolette “…” Esempio: ”Pressure ulcer” All: 7836 Review: 880Review: 880 pressure AND ulcer All: Review: 1203Review: 1203 => Cambia il risultato

Laura Losa La videata di Limits

Laura Losa Sperimentiamo: LIMITI “pressure ulcers”  All: 2252 Review: 405Review: 405  Limits:trial clinici  Lingua inglese  Pubblicati dal 2000 al 2005 = Limits: Publication Date from 2000 to 2005, Clinical Trial, English  All: 126 Review: 1Review: 1

Laura Losa =Limits: Publication Date from 2000/01/01 to 2005/12/31, Clinical Trial, English All: 126 Review: 1Review: 1

Laura Losa Comandi

Laura Losa Comandi x stampare OBIETTIVO Stampare solo le citazioni della videata corrente in formato web Stampare in formato testo tutte le citazioni reperite dalla ricerca( es. 100) su + pagine DA MENU: FILE STAMPA SHOW: cambio da 20 a 100 SEND TO : scelgo text DA MENU : FILE STAMPA

Laura Losa Per migliorare la performance della ricerca è possibile utilizzare la sintassi: Se vengono digitati + termini, essi possono essere congiunti con gli OPERATORI BOLEANI, in modo che il motore di ricerca comprenda come devono essere combinati tra loro.  Devono il loro nome al matematico inglese George Boole

Laura Losa Gli operatori Booleani Centro studi EBN - Bologna Emicrania Cefalea Emicrania AND Cefalea L’operatore AND ha valenza restrittiva: recupera i record che contengono TUTTI i termini collegati (emicrania e cefalea) escludendo quelli contenenti solo emicrania o cefalea

Laura Losa Centro studi EBN - Bologna Gli operatori Booleani Emicrania Cefalea Emicrania OR cefalea L’operatore OR è un operatore a valenza sommatoria alla domanda trova tutte le citazioni che contengono ALMENO UNO di essi cioè o solo emicrania o solo cefalea oppure cefalea e emicrania

Laura Losa Centro studi EBN - Bologna Gli operatori Booleani Emicrania CefaleaEmicrania NOT cefalea E’ un operatore restrittivo e disgiuntivo: esclude infatti i record che contengono un dato termine. Alla domanda emicrania not cefalea esclude dia quelli contenenti cefalea, sia quelli contenenti cefalea e emicrania

Laura Losa Operatori logici un esempio ANDOR NOT Reperire articoli pubblicati dal Dott. Clerici Giacomo insieme con il Dott.Faglia E. (compresenza dei 2 autori) Clerici G.[AU] AND Faglia E.[AU] All: 13 Review: 0 ( 07/01/2009 reperiti 13 articoli in cui i 2 medici sono coautori) Reperire tutti gli articoli pubblicati dal Dott. Clerici Giacomo e tutti gli articoli pubblicati dal Dott.Faglia E. (quindi sia insieme che da soli) Clerici G.[AU] OR Faglia E.[AU] All: 63 Review: 9Review: 9 ( 07/01/2009 reperiti 63 articoli scritti dai 2 medici insieme o da soli) Reperire articoli pubblicati dal Dott. Clerici Giacomo senza il Dott.Faglia E. Clerici G.[AU] NOT Faglia E.[AU] All: 26 Review: 6Review: 6 ( 07/01/2009 reperiti 26 articoli scritti dal Dott. Clerici senza il Dott.Faglia)

Laura Losa THESAURUS Raccoglie i termini MeSH che sono assegnati alle citazioni bibliografiche; E’ un elenco strutturato di descrittori controllati sulla terminologia medica sviluppato da un’apposita commissione di esperti della NLM; Ogni anno viene revisionato con cancellazioni, aggiunte, sostituzioni per restare al passo con l’evoluzione della scienza; Contiene circa voci; Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa La funzione di ricerca dei vocaboli indicizzati può essere effettuata attraverso il MeSH BROWSER

Laura Losa Pagina del MeSH BROWSER

Laura Losa E’ organizzato in grandi strutture ad albero rovesciato nelle quali si procede dal generale al particolare; Il “tronco” è l’argomento generale; Il “ramo” quello particolare; Per default PubMed utilizza l’esplosione dei termini che hanno sotto di loro altre voci subordinate. THESAURUS Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa Ricercare: cell count

Laura Losa Termini MESH Definizione del termine sinonimi Termini correlati di possibile interesse Ulteriori descrittori

Laura Losa Termini MESH  Mesh database: Struttura ad albero Posizione del termine nella gerarchia MESH Questo termine è stato posto in 2 rami

Laura Losa Termini MESH Ulteriori descrittori sinonimi Per specificare meglio il soggetto o un aspetto (es: pathology, drug therapy) di questo vengono inserite sottointestazioni (subheadings) per ogni mesh

Laura Losa Esempio di ricerca con il mesh database Definizione del concetto

Laura Losa

Mesh database: Struttura ad albero

Laura Losa Ricerca con sottointestazioni, senza esplosione

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visualizza come viene interpretata la strategia di ricerca da pubmed Si possono inserire altri termini liberi o intestazioni usando AND,OR,NOT

Laura Losa Quali termini si trovano “nell’albero” sotto FEBBRE? SPERIMENTIAMO ?!?

Laura Losa Qual è il termine preferito nel MESH per "drooling” SPERIMENTIAMO ?!?

Laura Losa Ricerca+ specifica: Restrict Search to Major Topic headings only. Esempio: Ricercare l’associazione Tra rinite e asma “rhinitis” “asthma”

Laura Losa

Ora, proviamo ad usare il mesh database x costruire una strategia di ricerca per trovare articoli circa la diagnosi di borsite (utilizzando i subheading)

Laura Losa

Ora perfezioniamo la nostra ricerca per cercare specificatamente gli articoli sulla diagnosi di borsite al ginocchio.  Limitare le citazioni in cui l'obiettivo principale degli articoli è l’ articolazioni del ginocchio e quindi aggiungere questo termine per la strategia che stiamo costruendo:

Laura Losa Risultato

Laura Losa Troviamo articoli riguardanti il cancro alla prostata, come obiettivo principale di questo articolo. Usiamo il mesh database per iniziare la nostra ricerca. Limitiamo a studi riguardanti il trattamento da leuprolide.

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Risultato

Laura Losa Esercizi 10 domande-tempo previsto di risposta 10 minuti Risposte 1 Cercare articoli scritti da ROSSI A. evitando nomi composti 2 Cercare la rivista HUMAN GENETICS 3 Cercare il termine CANCER nel titolo dell’articolo 4 Cercare articoli che contengono nell’abstract la radice OSTEO 5 Cercare articoli pubblicati nel 2004 su AUTISMO 6 Cercare articoli scritti da Faglia E. in collaborazione con Caravaggi C. 7 Cercare articoli scritti da Faglia E. con autori diversi da Caravaggi C. 8 Comando per spedire via il risultato della ricerca 9 Comando per salvare il risultato della ricerca 10 Formato di visualizzazione che mostra il record completo

Laura Losa Soluzione degli esercizi 10 domande-tempo previsto di risposta 10 minuti Risposte 1 Cercare articoli scritti da ROSSI A. evitando nomi composti Rossi A.[AU] 2 Cercare la rivista HUMAN GENETICS “human genetics”[jour] 3 Cercare il termine CANCER nel titolo dell’articolo Cancer[TI] 4 Cercare articoli che contengono nell’abstract la radice OSTEO Osteo*[AB] 5 Cercare articoli pubblicati nel 2004 su AUTISMO Search PubMed for autism Limits: Publication Date from 2004 to Cercare articoli scritti da Faglia E. in collaborazione con Caravaggi C. Faglia E.[AU] AND Caravaggi C.[AU] 7 Cercare articoli scritti da Faglia E. con autori diversi da Caravaggi C. Faglia E.[AU] NOT Caravaggi C.[AU] 8 Comando per spedire via il risultato della ricerca Da tendina SEND TO  9 Comando per salvare il risultato della ricerca Da tendina SEND TO  FILE 10 Formato di visualizzazione che mostra il record completo MEDLINE

Laura Losa SPERIMENTIAMO

Laura Losa La ricerca della parola chiave “pain” ha dato questi risultati

Laura Losa Individuato il termine che più risponde alle nostre esigenze, lo selezioniamo e clicchiamo su “SEND TO ” Il termine prescelto verrà automaticamente inserito nella stringa di ricerca che comparirà al centro della schermata.

Laura Losa A questo punto possiamo: cliccare su “PubMed Search” ed iniziare la ricerca degli articoli

Laura Losa Oppure affinare la ricerca … … associando al primo uno o più termini utilizzando gli operatori Booleani

Laura Losa Sperimentazione guidata

Laura Losa QUESITO I sedativi della tosse sono utili nel bambino con tosse? Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa RICERCA CON TERMINI LIBERI

Laura Losa RICERCA CON TERMINI MESH

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RICERCA CON TERMINI MESH

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RICERCA CON TERMINI MESH "cough"[MESH] AND "Antitussive Agents"[MESH]

Laura Losa Perfezionare la ricerca :LIMITS

Laura Losa Perfezionare la ricerca :LIMITS

Laura Losa RISULTATI DELLA RICERCA

Laura Losa Per stampare Per salvare

Laura Losa Anteprima di stampa (selezionando send to printer)

Laura Losa Selezionare formato con abstract per le citazioni che interessano e selezionare il file stampa del browser 0ppure

Laura Losa SPERIMENTIAMO

Laura Losa Esempio di ricerca Punto di partenza: quesito in forma “narrativa”: “Il saccarosio può essere impiegato come analgesico per i neonati che devono essere sottoposti a procedure dolorose (es.: circoncisione, puntura del calcagno …)?” Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa Trasformazione con P.I.C.O. Patient: neonati da sottoporre a procedure dolorose Intervention: saccarosio come analgesico: –Dose a cui è efficace –Possibilità di ripetere il trattamento –Possibili effetti avversi Comparison: altri trattamenti non farmacologici (“pacifiers”, ecc.) Outcome: ridotta percezione del dolore da parte del neonato, in modo da poter portare a termine la procedura –Con quali scale e indicatori si misura? Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa Come ricercare il “contenuto”? Termini di ricerca: –“Infant, Newborn” [MeSH Terms] (esploderlo?) –AND –"pain"[MeSH Terms] OR pain[Text Word] OR painful procedure*[Text Word] –AND –"analgesia"[MeSH Terms] OR analgesia[Text Word] OR pain management[Text Word] OR pain relief[Text Word] –AND –"sucrose"[MeSH Terms] OR sucrose[Text Word] 28 risultati Centro studi EBN - Bologna

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Esempio di ricerca Punto di partenza: quesito in forma “narrativa”: “Quali sono gli accorgimenti assistenziali x prevenire le infezioni nosocomiali in H nei pz geriatrici?” Centro studi EBN - Bologna

Laura Losa Trasformazione con P.I.C.O. P – pz geriatrico in ambito ospedaliero I – atti infermieristici di prevenzione C - / O – riduzione infezioni nosocomiali

Laura Losa Come ricercare il “contenuto”? "Cross Infection/nursing"[Mesh] AND "Cross Infection/prevention and control"[Mesh] Limits: published in the last 10 years, only items with abstracts, English, Italian, Aged: 65+ years

Laura Losa Risultati

Laura Losa Ed ora… sperimentazione libera Grazie per l’attenzione Laura Losa grazie ad Angela Peghetti, Enrico Naldi e il centro studi EBN Centro studi EBN - Bologna