Software per la Bioinformatica Università degli studi di Siena sett.-nov. 2004
Cosa è esattamente la Bioinformatica? È la scienza che si occupa del trattamento ed analisi dei dati biologici con metodi informatici In altre parole è la scienza che, attraverso algoritmi, processa i dati biologici per formulare ipotesi sui processi vitali Algoritmi → software
Il Bioinformatico È uno sviluppatore È un utilizzatore
Perché un corso di bioinformatica? Insieme alle biotecnologie, la bioinformatica sta dando il maggior impulso alla ricerca nelle scienze della vita È utilizzabile in tutti i campi della biologia molecolare L’uso dei software bioinformatici sta diventando di routine… …forse troppo?
Dove posso trovare risorse per la Bioinformatica? Su internet si possono trovare Servizi online Software gratuiti Che genere di informazioni si ottengono? Primarie Derivate Parametri confronti I punti di partenza: www.expasy.org www.ncbi.nlm.nih.gov www.embl-heidelberg.de
Le parole da sapere Banca dati (database) Server & client entry query flat-file cross-reference XML (eXented Markup Language) Server & client algoritmo implementazione software online
Quali dati posso trattare? Sequenza Funzione Struttura
Banche dati Primarie Derivate Interconnesse
Banche dati di acidi nucleici Genbank Annotated nucleic acids sequences database Problemi: mantenere le annotazioni Sovrapposizioni delle sequenze Polimorfismo e varanti
Il DNA Trascrizione Traduzione Trascritto primario (pre-mRNA) mRNA cDNA Traduzione Precursore Proteina nativa
Banche dati di proteine Swissprot Annotated protein sequences database Problemi: Derivano per lo più da traduzioni
Banche dati di strutture Protein Data Bank 3D protein structures database
Banche dati derivate PROSITE ProDom FSSP, SCOP, CATH OMIM Pattern funzionali ProDom Domini proteici FSSP, SCOP, CATH Famiglie strutturali OMIM Geni e malattie geniche associate
Esempi Genbank Swissprot ORFinder ClustalW BLAST Expasy tools Prosite PDB CATH SCOP Pfam Deepview