Software per la Bioinformatica

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Transcript della presentazione:

Software per la Bioinformatica Università degli studi di Siena sett.-nov. 2004

Cosa è esattamente la Bioinformatica? È la scienza che si occupa del trattamento ed analisi dei dati biologici con metodi informatici In altre parole è la scienza che, attraverso algoritmi, processa i dati biologici per formulare ipotesi sui processi vitali Algoritmi → software

Il Bioinformatico È uno sviluppatore È un utilizzatore

Perché un corso di bioinformatica? Insieme alle biotecnologie, la bioinformatica sta dando il maggior impulso alla ricerca nelle scienze della vita È utilizzabile in tutti i campi della biologia molecolare L’uso dei software bioinformatici sta diventando di routine… …forse troppo?

Dove posso trovare risorse per la Bioinformatica? Su internet si possono trovare Servizi online Software gratuiti Che genere di informazioni si ottengono? Primarie Derivate Parametri confronti I punti di partenza: www.expasy.org www.ncbi.nlm.nih.gov www.embl-heidelberg.de

Le parole da sapere Banca dati (database) Server & client entry query flat-file cross-reference XML (eXented Markup Language) Server & client algoritmo implementazione software online

Quali dati posso trattare? Sequenza Funzione Struttura

Banche dati Primarie Derivate Interconnesse

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Esempi Genbank Swissprot ORFinder ClustalW BLAST Expasy tools Prosite PDB CATH SCOP Pfam Deepview