Docente: Dr. Stefania Bortoluzzi Dipartimento di Biologia Universita' di Ferrara - Corso di laurea in Scienze Biologiche, A.A. 2001-2002 BANCHE DATI BIOLOGICHE Docente: Dr. Stefania Bortoluzzi Dipartimento di Biologia Universita' di Padova viale G. Colombo 3, 35131, Padova Tel. 0039 049 8276214 Email: stefibo@bio.unipd.it
PROGRAMMA DEL CORSO (36 ore) Introduzione all’utilizzo di database (3+3+3) Struttura e organizzazione di database (cenni). Database compositi e information retrieval. Database primari: database di sequenze nucleotidiche e proteiche e database di strutture. Database secondari. Database di sequenze genomiche.
PROGRAMMA DEL CORSO (36 ore) Analisi di sequenze (3+3+3+3) Formato FASTA, traduzione, mascheramento, inverso complementare: utilizzo di BCM sequence utilities. Ricerca di similarità. Omologia e Analogia, Ortologia e Paralogia. Allineamento di sequenze a coppie. Allineamento globale o locale. Algoritmo di Needleman & Wunsch; algoritmo di Smith & Waterman Comparazione di una sequenza con un database: introduzione a FastA e BLAST. BLAST specializzati: Human Genome, BLAST 2, PSI- and PHI-BLAST. Allineamento multiplo di sequenze (cenni); ClustalW.
PROGRAMMA DEL CORSO (36 ore) Analisi di una regione genomica di interesse (3) Mappa fisica (NCBI MapView). Uso di Genome Browser ed ENSEMBL per l’annotazione di Gaps della sequenza genomica, STS, geni noti, trascritti, ESTs.
PROGRAMMA DEL CORSO (36 ore) Recupero di informazioni riguardanti un gene umano di interesse (3) LOCUSLINK UniGene GenCards OMIM
PROGRAMMA DEL CORSO (36 ore) Esercitazione pre esame (3) Un paio di domande “teoriche” Insieme di esercizi simili a quelli che avremo fatto insieme durante il corso, ma con integrazione dei diversi argomenti con breve relazione